就在和朝廷討價還價的同時，王守仁開始重新整編軍隊，以二十五人為一伍，兩伍為一隊，四隊為一哨，兩哨為一營，三營為一陣，兩陣為一軍，實行逐級負責制，又重新設計兵符的形制與使用規範，以收整齊劃一、如臂使指之效。同時他奏請朝廷，在新近平定的地區置縣設防，以免將來賊勢復起。
如此規模的改制整編，從管理的角度看確實是很高明的手段。說它高明，倒不在於這個新的組織結構本身。
任何一個機構，只要時間久了，內部關係都會盤根錯節，嚴重影響管理效率。一個銳意有為的新任管理者註定會面臨這個問題，但解決起來麻煩很大，牽一髮而動全局，尤其是崗位調動、職務升降之類的事情，總會伴隨著無邊的怨言和謠言。所以最有效的辦法莫過於全部洗牌，重新來過，如此則一切人事問題都自然變成「對事不對人」了。
再者，雖然俗話說「養兵千日，用兵一時」，但兵不是一般的難養。人之常情，很難長時間一直保持緊張狀態，機構也是如此，所以養兵不但耗時耗力，還往往越養便越渙散。我們看歷朝歷代「養兵千日」，越是承平日久，這一規律便體現得越是明顯。商鞅曾經懵懂地意識到這個問題，而提出的對策毫無道德操守：「國力一強就應該出去侵略。」（《商君書·去強》）儒家陣營里的王夫之意識到養兵的弊端，認為用兵的關鍵就在於利用好以下三點：
1. 士兵短時間內凝聚起來的士氣。
2. 士兵對作戰習以為常的心態。
3. 打仗則有利可圖，不打仗則無利可圖的形勢。（《宋論》卷一）
我們看王守仁的做法完全暗合上述三點原則。
王守仁在前線積極備戰，王瓊則在後方積極為他免除一切後顧之憂。權力所在，總有人想要分一杯羹。既然王守仁有了提督軍務的權力，江西的鎮守太監畢真理所當然地提出監軍的要求。面對這樣一個「合理要求」，王瓊提出了一個很中肯的反對意見：用兵最忌遙控；在南安、贛州一帶用兵，卻要事事去和遠在南昌的鎮守太監商議，這個仗就沒法打了；只能說南昌有了危機時，南安、贛州可以派兵策應。
太監監軍之事就這樣在有驚無險中沒了下文，接下來的一切就只看王守仁的手段了。
王守仁的策略是剿撫並用，先易後難。三大勢力暫且放在一邊，先從樂昌、龍川的各路叛軍入手。為防浰頭叛軍乘間作亂，王守仁派人送去牛、酒、銀、布，以示政府慰問。慰問總要有個名義，這正是宣傳攻勢得以施展的機會。這一回王守仁全用老百姓的語言，言諄諄，意切切，一副苦口婆心的態度：
本院巡撫是方，專以弭盜安民為職。蒞任之始，即聞爾等積年流劫鄉村，殺害良善，民之被害來告者，月無虛日。本欲即調大兵剿除爾等，隨往福建督征漳寇，意待回軍之日剿盪巢穴。後因漳寇即平，紀驗斬獲功次七千六百有餘，審知當時倡惡之賊不過四五十人，黨惡之徒不過四千餘眾，其餘多系一時被脅，不覺慘然興哀。因念爾等巢穴之內，亦豈無脅從之人。況聞爾等亦多大家子弟，其間固有識達事勢，頗知義理者。自吾至此，未嘗遣一人撫諭爾等，豈可遽爾興師剪滅；是亦近於不教而殺，異日吾終有憾於心。故今特遣人告諭爾等，勿自謂兵力之強，更有兵力強者，勿自謂巢穴之險，更有巢穴險者，今皆悉已誅滅無存。爾等豈不聞見？
夫人情之所共恥者，莫過於身被為盜賊之名；人心之所共憤者，莫甚於身遭劫掠之苦。今使有人罵爾等為盜，爾必怫然而怒。爾等豈可心惡其名而身蹈其實？又使有人焚爾室廬，劫爾財貨，掠爾妻女，爾必懷恨切骨，寧死必報。爾等以是加人，人其有不怨者乎？人同此心，爾寧獨不知；乃必欲為此，其間想亦有不得已者，或是為官府所迫，或是為大戶所侵，一時錯起念頭，誤入其中，後遂不敢出。此等苦情，亦甚可憫。然亦皆由爾等悔悟不切。爾等當初去後賊時，乃是生人尋死路，尚且要去便去；今欲改行從善，乃是死人求生路，乃反不敢，何也？若爾等肯如當初去從賊時，拚死出來，求要改行從善，我官府豈有必要殺汝之理？爾等久習惡毒，忍於殺人，心多猜疑。豈知我上人之心，無故殺一雞犬，尚且不忍；況於人命關天，若輕易殺之，冥冥之中，斷有還報，殃禍及於子孫，何苦而必欲為此。我每為爾等思念及此，輒至於終夜不能安寢，亦無非欲為爾等尋一生路。惟是爾等冥頑不化，然後不得已而興兵，此則非我殺之，乃天殺之也。今謂我全無殺爾之心，亦是誑爾；若謂我必欲殺爾，又非吾之本心。爾等今雖從惡，其始同是朝廷赤子；譬如一父母同生十子，八人為善，二人背逆，要害八人；父母之心須除去二人，然後八人得以安生；均之為子，父母之心何故必欲偏殺二子，不得已也；吾於爾等，亦正如此。若此二子者一旦悔惡遷善，號泣投誠，為父母者亦必哀憫而收之。何者？不忍殺其子者，乃父母之本心也；今得遂其本心，何喜何幸如之；吾於爾等，亦正如此。
聞爾等辛苦為賊，所得苦亦不多，其間尚有衣食不充者。何不以爾為賊之勤苦精力，而用之於耕農，運之於商賈，可以坐致饒富而安享逸樂，放心縱意，游觀城市之中，優遊田野之內。豈如今日，擔驚受怕，出則畏官避仇，入則防誅懼剿，潛形遁跡，憂苦終身；卒之身滅家破，妻子戮辱，亦有何好？爾等好自思量，若能聽吾言改行從善，吾即視爾為良民，撫爾如赤子，更不追咎爾等既往之罪。如葉芳、梅南春、王受、謝鉞輩，吾今只與良民一概看待，爾等豈不聞知？爾等若習性已成，難更改動，亦由爾等任意為之；吾南調兩廣之狼達，西調湖、湘之土兵，親率大軍圍爾巢穴，一年不盡至於兩年，兩年不盡至於三年。爾之財力有限，吾之兵糧無窮，縱爾等皆為有翼之虎，諒亦不能逃於天地之外。
嗚呼！吾豈好殺爾等哉？爾等苦必欲害吾良民，使吾民寒無衣，飢無食，居無廬，耕無牛，父母死亡，妻子離散；吾欲使吾民避爾，則田業被爾等所侵奪，已無可避之地；欲使吾民賄爾，則家資為爾等所擄掠，已無可賄之財；就使爾等今為我謀，亦必須盡殺爾等而後可。吾今特遣人撫諭爾等，賜爾等牛酒銀錢布匹，與爾妻子，其餘人多不能通及，各與曉諭一道。爾等好自為謀，吾言已無不盡，吾心已無不盡。如此而爾等不聽，非我負爾，乃爾負我，我則可以無憾矣。嗚呼！民吾同胞，爾等皆吾赤子，吾終不能撫恤爾等而至於殺爾，痛哉痛哉！興言至此，不覺淚下。（《告諭浰頭巢賊》）
這篇告諭不僅體現了王守仁的軍政原則，也暗含陽明心學的學術要領，很值得我們重視。開宗明義是，巡撫一方，職責就是弭盜安民。言下之意是，兵和賊雖然勢同水火，但那是兵的職責所在，彼此並沒有私人恩怨，兵對賊並沒有出於私人恩怨的偏見。
繼而談到之前平亂的體會：「斬獲雖然有七千六百多人，卻發現真正的首惡不過四五十人，黨羽不過四千多人，其餘的人都是被賊人脅迫罷了。由此想到你們這些山寨，恐怕也有不少人是心不甘情不願地被脅迫參與的。還聽說你們當中有不少人都是大家子弟，明是非，懂義理。我如果就這麼帶兵圍剿過去，這就近乎於孔子所批評的不教而誅了，所以我特地派人給你們講講道理。」
道理似乎相當淺易直白：「人人都恥於盜賊之名，人人都痛恨被盜賊劫掠，人同此心，心同此理。那麼，你們之所以做盜賊，之所以出門行搶，一定有不得已的苦衷，想來或是被官府所迫，或是被大戶所逼，一時行差踏錯做了賊，後來便不敢回頭了。那麼，你們當初決意做賊的時候，是活人尋死路，尚且要去便去，如今悔改的話，是死人尋活路，又擔心什麼呢？」
我們看儒家心學一脈，從陸九淵到王陽明，都有個「人同此心，心同此理」做根基，事實上王守仁這裡所講的理，即便在當時的價值一元論的背景下看，也只是知識分子的理，而不是平民百姓的理。
王守仁試圖以「己所不欲，勿施於人」的道理說服叛亂分子，然而這樣的一種道德原則完全是理性反思的結果，並非出於人性的自然，換言之，在人的天性里，並不存在「己所不欲，勿施於人」這個道理。相反，出於天性的一面正如阿克頓勛爵的名言「權力導致腐敗，絕對的權力導致絕對的腐敗」，或者是它的義大利諺語版「只要有機會，人人都會做賊」。一個人不知要經過多少自覺或不自覺的道德教育，才有可能內化出「己所不欲，勿施於人」的道德操守。所謂活人求死路、死人求活路之類的說法更沒道理，明朝開國豈不正是從「活人求死路」上來的，只不過覆雨翻雲、成王敗寇罷了。
王守仁如此剖白，甚至說出了因果報應的道理：「我們這些做官的人難道真的殘忍好殺嗎？無故殺一隻雞都不忍心，何況殺人！輕易殺人的話，冥冥之中自有報應，禍及子孫，真是何苦來哉？！」
倘若這樣的冥報真的存在，王華一家四子多年不育不知道意味著什麼；王守仁後來真的有一場子孫之難，難