四月五日，鳳全死難。四月二十二日，清廷下旨「委明干曉事大員，添派得力營伍，飛馳前進，查察情形，會同馬維騏分別剿辦」。和過去的遲緩遷延相比，反應真是夠迅速了。
馬維騏，雲南人，參加過1883年的中法戰爭，多有戰功。時任四川提督。得令後，馬率新軍五營出打箭爐，於六月中旬就進到巴塘。
同馬維騏進剿的「明干曉事大員」就是建昌道趙爾豐。
此次巴塘戰事，時任成都將軍的綽哈布奏報平定巴塘的奏文描述甚詳：
「維時巴塘喇嘛土司等誓眾祭旗，出而抵禦，節節關隘，扼險設伏，圮橋掘塹，拒我師徒。馬維騏以為殲寇必貴神速也，亟於六月十一二三日親率五營，次第開拔，分道前進。十八日師次二郎灣，其山後頭殿喇嘛寺地勢高峻，已有悍匪嘯聚，竟圖橫襲我軍，馬維騏先派中營黃啟文、馬德昌帶隊往攻，炮石雨下，我軍張病奎等受傷。次日，馬維騏親往應援搏戰，軍土攀木猱升而上，斃匪數十名，陣斬首要喀殊達哇、惻忍、吉村三名，而照珠等二名亦屬魁酋，並為槍斃，余匪始各逃散，奪獲槍械，並有開墾官物在內。是日，後營馬汝賢，甫至三壩關，諸營會圍兜擊，勇氣百倍，酣戰兩時之久，陣斬逆目日根彭錯、喇嘛因句夾伙等四名，遂奪其關。二十日，副中營馬德，又在喇嘛寺突遇賊隊三百騎劫取官糧，該營奪其精銳以敗之，於是群匪皆退據大所關，并力扼守。關本石壁峭峙，盛夏猶積冰雪，尚恐仰攻不易，密遣馬德暨幫帶江定邦、馬榮魁等，繞道六十里，以拊其背。馬榮魁於二十三日丑刻，途遇匪糧，奪獲糌粑八馱。是日午刻，諸營前後夾擊，匪等擁眾撲犯，把總陳天恩等，連發巨炮，沖分中道，因各突馳而上，克取雄關，要逆喇嘛工布汪阿那等俱被殲。是役也，斃匪數百名，我軍亦有傷亡。由此迭破要隘，直搗奔察木。二十四日，各營克複巴塘。喇嘛本踞丁林寺為巢穴，及是勢不能支，舉火自燔，率眾渡河，拆橋而遁，我軍追逐江干，槍斃淹斃者百餘名。」
二十六日，馬維騏抵達巴塘。這時，建昌道趙爾豐還未到前線。
馬維騏當即著手調查巴塘事變的前因後果：「詰究倡亂本末，安撫被難商民，解散脅從，分別良莠，立將正土司羅進寶、副土司郭守扎保，一併從嚴拘禁。查知戕害鳳全之喇嘛阿澤、番匪隆本郎吉，並寺中堪布壩哥未格，以及稔惡最著之阿江及格桑洛米、阿松格鬥等，猶多竄逸。且肇亂之由，原因溝內七村之番燒毀墾場而起，該番現猶散伏象山一帶，若不痛加懲創，將虞灰盡復燃，馬維騏分派營員，帶隊四齣，期於剪巨憝而清餘孽，七月初三至初十等日，馬汝賢搜匪於阿奶西，生擒格桑洛米、羅戎卻本二名，惟林箐深密，馬汝賢搜匪遇伏，受傷甚重，裹創以還。而張鴻聲則於三岔路擒獲阿江，李克昌則於象山擒澤昌汪學，馬德則於河西嗎呢熱山生擒阿澤，與汪定邦、賈廷貴等，均多斬獲。各營搜剿殆遍，日有俘獲，共拿繳九子槍七十餘桿，並在阿江身旁搜獲鳳全頂珠翎管。澤昌汪學身旁，亦有殉難各員衣具。又在土司處，搜獲教堂銀物，兩司鐸屍骸，均經尋獲，辨視無誤。主教倪德隆單開最要之匪玠休硬不，及往鹽井調兵打毀教堂之喇嘛格桑吉村，先後弋致。共有擒到各匪孰為凶逆，悉經當時目擊之糧員吳錫珍等指認的確，緝獲隆本郎吉，供認槍中鳳全腦後不諱，而阿松格鬥等亦就獲。」
說到巴塘事變，奏文中說：「伏查鳳全遵旨籌辦邊務，雖欲振興屯墾，亦未嘗以峻急行之，只因擬請限制寺僧人數一疏，喇嘛聞之中懷怨懟，飛誣構謗，蠱惑愚頑。正副土司初不過潛預逆謀，繼則公然助惡，屢投印文於奴才等署，竟稱鳳全操練洋操，袒護洋人，應即加之誅謬，若川省派兵壓境，惟有糾合台眾，聯聚邊番以死抗拒等語，狂悖實為至極。」
馬維騏將巴塘正副土司及丁林寺參亂喇嘛等人在巴塘處決後，「酌留所部，凱旋迴省」，「善後諸務暨應歸剿捕匪犯，即飭趙爾豐統兵留駐，詳加審度，妥籌辦理」。
再用文字記錄這個過程，已經很老套了。清軍幾次進兵瞻對不就是這樣嗎？不就是得勝以後，再冊封一個願意聽命於朝廷的地方豪強為土司，事情就結束了嗎？不就是等待下次什麼地方再有同類事情發生，再把同樣的故事重複一遍嗎？
不，歷史是嚴峻的。
歷史的教訓是嚴峻的，歷史提供的選擇也是嚴峻的。
歷史讓你必須做出選擇。
清廷錯過了許多選擇機會，但終於做出了新的選擇。噶廈政府與川屬土司們則放棄了更多的選擇，或者說，在世界格局發生了天翻地覆變化的時候，依然拒絕選擇。土司們、喇嘛們還在人性消極的慣性中繼續下墜著，而不自知。
馬維騏鎮伏了巴塘，得勝回省。
留下趙爾豐善後經營。
趙爾豐上任時，就已胸懷「治邊六策」，其內容為：
一、設官，就是改土歸流；
二、練兵；
三、屯墾；
四、通商，就是開發當地資源，促進商業流通；
五、建學，興辦新式學校，開啟民智，培養建設人才；
六、開礦。
興邊六策中，所有事情，都需要以第一條為基礎。要無意改變現狀的土司們騰出地面來，做他施行藏區新政的舞台。不只是土司，還有勢力更為強勁的寺院。
巴塘事變發生時，周圍各土司寺院也騷動不寧。「雲南維西廳屬番夷勾結叛亂，焚教堂，戕教士，圍困官軍」。居於打箭爐到巴塘要道上的里塘土司也拒絕為進剿巴塘的馬維騏運送軍糧，供應柴草。而雍正年間岳鍾琪請設里塘土司正是為了保障川藏大道運輸流暢。
任乃強《康藏史地大綱》載：「趙爾豐誅里塘抗差頭人，拘其土司……遂清查戶口糧賦，準備改流。里塘正土司四朗占兌，殺看守兵，逃至稻城貢噶嶺，嘯聚土民作亂。鄉城亂民皆應之。中鄉城桑披寺僧普中扎哇者，怙惡不法，曾叛里塘土司，誘殺守備李朝富。川督鹿傳霖派兵往討，游擊施文明被生擒，剝皮實草，供歲時逐祟刺擊。趙定巴塘，使人招之，回書侮慢。十一月，趙派兵攻鄉，並剿稻城。稻城平，而鄉師無功。三十二年（1906）正月，趙親攻桑披寺，至閏四月，破之。」
史料之中，說趙爾豐雄才大略，建立勛業者多，同時也說他手段殘暴，嗜殺過度。與趙同時代人吳光耀《西藏改流本末紀》對此就有記載：「趙爾豐報克服桑披寺，盡抄沒所有，令屠降夷七千餘。行刑百人，有墜淚者至於罷極。」就是說，他用百人的劊子手殺幾千人，這些劊子手中，有人殺到後來殺不下去了，流著眼淚而放下屠刀。「富順知縣熊廷權時管糧台，為夷人請命不得，而出坐石上，見行刑如此」。
不只是對「降夷」殘暴，對自己的士兵也相當酷虐。攻克桑披寺後，自然取得了相當多財物，他下令官兵上繳後，全部擺放一起，對官兵說，可以按自己的功勞大小，隨意拿走與自己功勞相當的財物。「黠者知其性情不敢取，愚者遵令自取物。明日，盡斬自取物者官兵數十人」。
吳光耀說：「張俊生統師歸，為予言暴骸骨遍野。」
桑披寺戰後，趙爾豐即在原巴塘土司和里塘土司地面重新規划行政區域，請設巴安、定鄉、理化三縣，派出流官，管理民事。
民國年間，一位湖北的中學教員叫賀覺非，於日本侵佔東北後入國民黨中央軍校學習，結業後被派往四川，1941至1944年，出任原里塘土司地面的理化縣長，有《西康紀事詩本事注》一書傳世。其中對清末至民國年間，川邊地面的重大事件及民情風俗多有記錄。他在該書中說：「趙爾豐之治邊也，先之以兵威……而遂其改流大計。」
「邊地既定，趙即從事各種建設。」
賀覺非在理化縣長任上，研讀史志，遍訪高僧老吏，修成該地第一部地方志《理化縣誌》。他編縣誌時，距趙爾豐主政川邊不過三十多年，由他記敘趙爾豐事迹，應該是比較切實的。賀總結趙爾豐從事邊地各種建設舉措，也頗為精當。
「以言內政：則慎選官吏，改良禮俗，規定支給烏拉章程，頒發百家姓氏，延醫購葯。
「以言教育：則奏派吳嘉謨為學務局總辦，於改流各地，遍設學校，併購印刷機至巴安（巴塘的新名字）印課本。
「以言交通：則修建關外台站，賓士康川道路，敷設川藏電線，雇比利時工程師建河口鋼橋。
「以言實業：則招募墾民，改良農業，踏勘礦藏，購置紡紗機、磨面機器等。」
這時的清廷，已把川屬土司地面看成一個戰略性的整體。隨著這種新思維的出現，一個新詞出現了：「川邊」。這是一個地理名詞，囊括了康巴地區所有川屬土司地面。從清初開始的土司時代，清廷在這個地面上只求平安無事，所以「多封眾建以分其勢」，從此開始，卻要將這些地方視為一個整體，加以經營開發了。
在此新思維下，