當時的實際情形是，四川總督觀望不前，駐藏大臣有泰明確反對，鳳全計畫中的新軍還遠在康定編練，他身邊只有一支百餘人的衛隊，自是孤掌難鳴。瞻對改土歸流，事情沒有真正著手，他就把動靜鬧得很大，未免有些操之過急了。
吳光耀《西藏改流本末紀》中說：「當是時，收瞻對改流議傳遍草地，夷人咸憤怒，鳳全不知變計。」
吳光耀清末時也在四川為官，曾任職於四川總督衙門，和鳳全是同時代人。所著《西藏改流本末紀》，雖然態度趨於保守，但所記事實應該還是可信的。他說鳳全「強抗開爽，能吏也。苦不學，好謔侮人」。意思是說，鳳全性格強悍爽快，是個能幹事的人。但學問和修養差，不尊重人。不尊重人這個缺點，到了藏區，加上他的大漢族主義思想，就更加膨脹。吳光耀記他「在巴塘亦以旱煙桿熱窩擊土司頭，曰：『此頭在爾身能幾時？』土司或受朝廷一品封紅頂花翎，夷人之小君長也。大臣向務柔遠人，恆以均禮。鳳全獨廷辱之，於是夷人益怨憤」。
「明年正月春，夷人流言愈狂悖。」
他要墾地開礦，當地就傳言，「夷人服事大皇帝數百年，大皇帝故愛厚夷人，何來欽差奪我礦地，奪我墾地？」
他在巴塘操演新軍，當地又傳言，「大皇帝兵何來洋裝，是洋欽差，非大皇帝欽差」。
並公開揚言：「夷人當為大皇帝殺此人。」
巴塘丁林寺更提出，要他收回每寺只給三百名喇嘛名額等限制寺院的命令。
鳳全自然不會聽從。
於是，從1905年，巴塘亂髮。三月，「丁林寺始搶墾場兵」，「殺法教士」。
丁林寺，是格魯派在巴塘的最大寺院，時有僧人一千五百餘人。
「四月二日，燒載石洞墾場，遂燒教堂。鳳全居糧台……夷人三千餘圍攻糧台，槍石如雨，徹夜不絕。知縣秦宗藩知事已不救，獨出糧台開導，死之。參將吳以忠領炮隊亦死之，衛隊傷亡二十餘。夷人傷亡百餘。」
鳳全退居正土司官寨，「使告夷人解散赦罪」。
鳳全更不知道，巴塘正土司羅進寶和副土司，也怕他在巴塘的種種舉措危及自身利益，見此情形，只是一味勸他離開巴塘。這時鳳全身邊只有一百多名兵丁，事變發生之前，他見巴塘局面一天壞過一天，就多次向四川總督和打箭爐催請調兵，但直到亂髮，局面不可收拾，也未見一兵一卒前來增援。鳳全見狀，不得已只好答應離開巴塘。
四月五日，鳳全一行動身離開。行至距巴塘五里處一個叫鸚哥嘴的地方，便中了早已設下的埋伏。「伏發，夷人隆本郎吉槍鳳全中腦後，喇嘛阿澤就而戕之。取其頂珠翎管。巡檢陳式鈺、縣丞王宜麟、趙潼、千總李勝貴衛隊五十餘人同時被戕」。
之後，又上演一番官場故事。
巴塘案發，清軍近在打箭爐等地，鳳全也曾請求援兵，但打箭爐同知劉廷恕因何按兵不動？這一件公案當時就莫衷一是，至今也各有說法。還有一則公案，鳳全到巴塘，無以為居，便駐進糧台。當地糧員吳錫珍讓出住房後，另擇民房居住。所以事發之時，這位吳糧員匿身於寄住的藏民家中，沒有陷入包圍。這也是情理中事，沒有什麼不正常的地方。但事變之後，死去的鳳全從生前頗有爭議的人物搖身變為一個死於國事的英雄，吳錫珍作為巴塘亂後少數的倖存者，需要出來說明自己在事變中的表現。
大部分記巴塘事變的書都說，鳳全臨離巴塘前，吳錫珍推窗望見鳳全正要離開土司官寨，便不顧房主勸阻，衝出房屋，攔住鳳全的轎子痛哭勸阻，但鳳全不聽。於是吳錫珍要求隨行護送，鳳全見他衣冠不整，命他回去穿戴整齊，戴上官帽再來。等他收拾妥當後，鳳全一行已經去遠，而他又被用作乘騎的騾子踢傷，以致不能前往追趕。
這個故事中，鳳全要糧員正了衣冠再一同上路一節，在一個英雄故事中正是一個動人的細節。所以，很少有人質疑，而是作為一個傳奇故事中的生動細節一再被人重複提起。
但作為這個事件的見證者，吳光耀在《西藏改流本末紀》對此卻有質疑。他說，「吳糧員實無土司官寨挽留之事」。根據是「予在營務處，見吳糧員報鳳全死事，前後兩稟歧異，皆極力摹寫急迫不及救護之狀」。
初稟曰：「跣一足，提一襪，造欽差之所居挽留，欽差令且著襪。」
後稟易為：「欽差所居，夷人攻毀，痛哭不得往見，派人為欽差請安。」並明言「前數日已為夷人隔絕，漢官不得往來相見。是時夷人巴塘劫殺，橫暴市間，睚眥之怨不能免」。這是說，變亂一起，亂民橫行，不但劫殺漢官，就是平常民間積累的仇怨，也在這時趁亂報復。這樣的情形，吳糧台孤身一人，怎麼可能跑到被亂民包圍的欽差跟前？
吳光耀說：「吳糧員習氣油滑見於文牘，非赴難之人也。」
中國社會，一個人要成就一番事業，干一番大事，往往得不到理解與支持，反而時時被吹毛求疵。但這個社會同時又極歡迎別人成為烈士，一旦成為烈士，又唯恐其人格不完美，願意隨時替這個傳奇增添動人的細節。
於是，吳糧員送欽差的故事又有了完美版，從鳳全要求吳糧員穿襪子變成要求他正衣冠。往事已矣，巴塘事件已經過去一百多年了，哪個故事最接近真實的情形呢？我已無力判斷。但吳光耀所批評的現象，在今天卻是愈演愈烈了：「近世公牘，上下相欺如此，未嘗有長官詰責之者。」
不僅如此，染有鳳全那種只求事功，藐視民眾，藐視少數民族作風的，在各級政府官員，恐怕也不是官樣文章中「少數人」一詞可以指代的。
鳳全死難，其在巴塘藏區嘗試實施清末新政的舉措徹底失敗，朝廷收回瞻對的想法也隨之流產。
清廷命新任駐藏幫辦大臣聯豫不再駐巴塘或察木多，仍到拉薩就任，這意味著朝廷已放棄了由駐藏幫辦大臣在康巴一帶墾殖練兵的打算。
此次巴塘事變中，亂民趁勢燒毀天主教堂，殺死法國傳教士牧守仁和蘇列，此外打死打傷教民多人，並挖了此前死在巴塘的兩位司鐸的墓，棄遺骨於野外。在此前的1900年，當地人也殺過天主教堂的傳教士，當地有史料說，「將法國神父捆在河西村木樁上，胸畫黑圈，活靶射死」。有史料說，這是「巴塘人民在義和團反帝運動影響下，聞風而起」，這我就存疑了。
與此疑問相比，我想知道的是，此時逃亡在外的達賴喇嘛是否知道了巴塘事變的情況，他又作何反應。但查《第十三世達賴喇嘛年譜》，只說：「四月中，三次會見欽差大臣和庫倫辦事欽差大臣，交談有關西藏苦樂安危等事，增進相互間友誼。」不知道「有關西藏苦樂安危事」是哪些事。這時中英間正在就西藏問題展開艱苦談判，他自然會關心談判的結果，這算是「安危事」。再者，在他逃亡路上，經駐藏大臣有泰上奏，清廷已革去了他達賴喇嘛的名號。這應是他的「苦樂事」之一，但他一直說，這是駐藏大臣的陰謀，不是朝廷的真實旨意。所以，他與皇上和皇太后派來的欽差大臣見面，對此事也定會談及。而巴塘事變，與清政府正面衝突的主要力量是奉他為最高領袖的格魯派寺院，對他，對西藏地方來說，就既是「安危」事，也是「苦樂」事。但年譜中既然未著一字，我也就不能妄加推測了。
凡操心「苦危安樂事」的人，心情都不會輕鬆。在外蒙古，達賴喇嘛還遇到了更不愉快的事情。外蒙古的格魯派最大活佛哲布丹增巴，見宗教地位高於自己的達賴喇嘛久居不走，便一改當初熱情歡迎的態度，時時顯得倨傲無禮，這就讓和自己同一教派的最高領袖感到不愉快了。《第十三世達賴喇嘛年譜》明確記載：「哲布丹增巴日漸不愉，逐步產生厭離之感，搗毀了達賴喇嘛法座，當著達賴喇嘛的面吸煙，做了各種有失體統的事情。」幾個月後，達賴喇嘛就離開庫倫，轉往他處。
這也說明，即便是一個教派的最高領袖，身處同一教派中，實力不濟時，其權威也會下降，甚至受到挑戰。
如果說這時清政府已經衰弱不堪，但這個龐大帝國相對長期積弱的噶廈政府，還是具有相當強大的力量。所以，達賴喇嘛此時更為關注的還是清廷在藏區的種種舉措。
瞻對，也是他關心的事務之一。
1906年，他在途中收到噶廈政府送來的「就條約本事的報告」，同時收到的還有「瞻對總管稟報的漢藏文信函」。達賴作出的指示是：「瞻對總管稟報之事，應根據時局變化，無遺漏地掌握基本事實，爭取毫無過激，毫不推遲地逐步解決為要。」年譜文字沒有涉及瞻對總管具體上報了什麼內容，但達賴在瞻對問題上的態度卻十分清楚，一面要求「毫無過激」，同時又要求「毫不推遲地逐步解決」。
應該說，即便事情到了這樣的地步，川屬藏區包括瞻對局面如何變化，主動權還是在清廷的手裡。土司制度，成形於清朝，但在元明兩朝已經發端。許多土司家族在被清朝冊封前