戰爭結果自然可想而知。
戰勝的英國軍隊進駐拉薩，拿出早已擬定的條約。這個條約史稱《拉薩條約》，共十條。
內容無非還是鴉片戰爭以來外國強制中國簽訂的諸多條約的一個翻版：被侵略者向侵略者賠償軍費，英國人提出賠款額五十萬鎊；開闢新的通商口岸；削平西藏通往印度要道上的一切武備；要求西藏開放，但是只對英國開放。
在英軍大兵壓境的情形下，所謂談判其實就是在別人定好的文本上簽字畫押。榮赫鵬簽了字，達賴喇嘛任命的攝政甘丹赤巴也簽了，駐藏大臣有泰也準備簽字蓋印，但被他的秘書何文燮力阻，理由是沒有清政府外務部批准，他無權簽字蓋印。
有泰這才把條約內容呈報清廷。
清政府認為此條約有辱大清主權，複電有泰，拒絕簽字。「藏約十條，尚須妥酌，第九條尤為窒礙，其有損中國利益」。
英國人自己談到這個條約時說，「條約雖不能使大英帝國確立為西藏的宗主國，至少也居於西藏保護者的特殊地位」。但英國人也知道，這個只有噶廈政府簽字，而沒有清政府代表簽字的條約是一個無效條約。
榮赫鵬《印度與西藏》（中文譯本名《英國侵略西藏史》）對在布達拉宮簽約時的情形有詳細記述：
「駐藏大臣坐於中央，攝政王在其左方，余則坐於右方。就座後，藏人以香茗進客，中英官吏各送一杯，並以矮几羅列乾果，置諸中央官吏之前。茶點畢，余即開始請命駐藏大臣，進行公務。」
這個公務就是條約的簽字儀式。
「余先命人用藏語宣讀條約全文，並詢藏方官吏對於簽字一層有無異議，答雲無有。於是出示條約稿本，中英藏三種語言同時繕寫一紙，蓋依藏人之習慣也。余請藏方先簽，藏人遂依次履行手續。當噶布倫、三大寺及國會代表先後用印完畢時，與攝政同趨案前，駐藏大臣及全場官員亦同時起立。攝政遂代蓋達賴喇嘛之印章，余最後簽字蓋印。手續既畢，余將約章遞交攝政，並言今既實行媾和，望能永守弗渝。」
這裡有兩點引起我注意。一個是榮赫鵬提到的「國會」，那時的西藏地方政府遇到一些大事，會召集一個更多僧俗官員參加的擴大會議，有時這個擴大會議也被稱為「民眾大會」，或「擴大的民眾大會」，藏語叫作「春都傑錯」。美國人梅·戈爾斯坦詳考過「民眾大會」是哪些人參加，他指出這個大會分成大小不同的兩種規模。他說，對擴大的民眾大會外界「可能有些誤解，因為其組成人員並不是來自西藏各地」。他詳列了會議的出席者為：一、格魯派三大寺即甘丹寺、色拉寺和哲蚌寺的全體現任堪布和卸任堪布；二、西藏地方政府管理宗教事務的機構譯倉的四位名叫「仲譯欽莫」的僧官和西藏地方政府管理財政稅收的四位名叫「孜本」的官員；三、召集會議時正在拉薩的全體官員；四、西藏三大寺以外一些重要寺院的代表；五、駐紮拉薩的藏軍代表；六、在拉薩徵收住宅稅和安排差役稅的大約二十名低級官員；七、西藏地方政府一般職員大約三十名。這樣的會議「都是應噶廈的請求而非正式召開的，會議的宗旨是對噶廈所提供的特殊問題進行協商並發表意見」。
「最小型的『民眾大會』的固定出席者包括譯倉的四位仲譯欽莫和孜康的四名孜本。通常由噶廈召集，目的在於對達賴喇嘛所提供的特殊問題進行協商並發表意見。」參加這個小型「民眾會議」的人，可不是一般民眾，而是地位僅次於四位政府噶倫的重要辦事機構「譯倉」和「孜康」的行政首領。
想必出席條約簽字儀式的應是這八位官員組成的「民眾大會」。榮氏把這當成「國會」，是別有心裁的有意提升，還是無心之過，就不得而知了。
再一個，駐藏大臣未在條約上簽字，卻出席了簽字儀式。
在清政府的堅持下，關於這個條約的談判改到加爾各答進行。這回，清廷派唐紹儀作為全權代表與英國人直接談判，噶廈政府沒有再參與談判。加爾各答的談判也沒有結果。英國方面其實也清楚單獨與西藏方面簽署的《拉薩條約》是無效的，所以如此重視，按榮赫鵬的話說是「完成藏印直接交涉」。這個「印」，不是今天的印度，而是那時由英國殖民地總督所統治的印度。榮赫鵬知道接下來就是「進而要求清政府正式承認《拉薩條約》之有效」。
但「唐紹儀奉使印度，毫無結果，未幾因病回國」。直到1906年4月27日始在北京簽訂《中英條約》六款。英國應允不佔並西藏領土或干涉西藏內政，但有權在西藏各商埠敷設電線，聯絡印度。清廷經過力爭，主要爭得的還是一個條約的簽字權，最重要的意義就是以此方式重申了對西藏的主權。
1904年西藏軍民抗英戰爭失敗，西藏地方政府這次直接與英國人進行的條約談判，成為「藏獨」意識與行動的發端，也是西藏問題國際化的一個開端。
榮赫鵬的書中說：「《拉薩條約》締結後，藏人對我態度和好，逾於尋常。」
自此，西藏地方部分僧俗上層見清朝因國力衰微而無力再如康雍乾時代那樣，有強力保護西藏，便漸漸疏遠清廷，而親近英印。此前藏區地面種種動亂，多是因為藏區社會內部不同宗教派別，不同地方勢力為爭權奪利而發生。他們不聽中央節制，甚至武力反抗，也不過是地方豪強和寺院勢力，為擴張地盤爭奪人口而發生的局部衝突，背後並沒有什麼明晰的政治理念支撐。但從此開始，藏區發生的很多事情，就跟整個世界大勢有了更深廣的關聯。西藏乃至藏區地面發生不安定的事件時，民族、國家等概念開始包含其中，因此便具有了深長的政治意味。
西藏軍民第二次抗英失敗，十三世達賴喇嘛在英軍進入拉薩前，慌忙出逃。其原因與目的，至今各種說法不能達成一致。
比較多的說法是說達賴此行，因為對清廷無力庇護西藏大感失望，企圖從外蒙轉投俄國，尋求沙皇支持，以此抗衡英國。只是因為沙皇俄國和日本在爭奪大清朝「龍興之地」東北的戰爭中失敗，自顧不暇，達賴喇嘛無奈放棄了打算。
據近年發掘整理的藏方史料，達賴離開拉薩前，曾接到正率軍前往拉薩的英軍統帥榮赫鵬信件，言明進兵拉薩是要簽訂新的條約，「一經達賴簽字，即當立即退出拉薩」。
達賴說：「我與洋人的觀點行為截然相異，實不能聚首會談。」這肯定不是虛偽之言，不然，此前就不會有一敗再敗而堅持抗英的舉動。現今談論往事，歷史學家們提倡要抱「同情之理解」，以此知人論事。十三世達賴喇嘛身為西藏宗教與行政的雙重領袖，固然具有很大的事權。但清朝節制西藏地方的權力，除達賴班禪等宗教領袖的名號封賜予轉世的認定，達賴未成年時攝政與地方政府官員任免外，就體現在軍事與外交方面。過去，清朝國力強勢時，幾次對西藏用兵，多數是為驅除侵略，保衛西藏疆土。戰後條約締結，也是清廷駐藏大臣作為中方的當然代表。榮赫鵬是知道這個定例的，但他偏偏致信達賴，要迫他簽訂城下之盟，自然懷有疏離清廷與西藏關係的打算。而達賴喇嘛既不願與英國人媾和，而且即便願意，也無權在條約上簽字，只有一走了之，才能迴避這尷尬的局面。
達賴出走外蒙，或許也有藉助俄國力量抗衡英國入侵的打算，但他自己似乎並沒有什麼明確的說法與舉動。駐藏大臣有泰上奏說「該達賴違例遠出，並未咨報，究竟有無狡謀，實難懸揣」。當時，西藏地方的政治現實是複雜的，達賴喇嘛恐怕很難像日本人山口縣君在其《西藏通覽》中所說那樣，一下就做出非此即彼的選擇。日本人這時也開始覬覦西藏，他們這樣說，或許是基於某種事實根據，更大可能還是基於當時日俄關係和日本自身的利益。
近年來，漸漸有西藏當地的藏文史料披露出來，給我們提供新的參考。
2007年民族出版社《西藏文史資料選輯》中《第十三世達賴喇嘛年譜》就屬於這樣的史料。該文長達數萬字，沒有作者或譯者署名，但從行文風格可知是從藏文譯出，或是基於藏文史料整理而成。
該文對達賴喇嘛出走一事也有詳細記載：「入侵英軍到達曲水鐵索弔橋渡口，基巧堪布帕西·阿旺歐珠受達賴喇嘛派遣，帶著六月八日達賴喇嘛簽發並蓋有內府印章的指示前去與英軍軍官榮赫鵬談判，但是英軍堅持要到拉薩與達賴喇嘛直接談判。達賴喇嘛考慮，如果會見英國軍官，談判時只能屈從於英方條件，這樣本人難以承擔由此而給政教大業的現今和未來帶來危害性的責任。於是產生了出走內地，向皇太后和天子以及內臣面奏佛業遭難的念頭。六月十二日，突然中斷修行，直赴布達拉宮，任命甘丹赤巴·洛桑堅贊為攝政王，並對政事詳盡叮囑。十五日後半夜時分，向所依靠和供奉的護法神做囑託後，帶了少量隨從人員離開拉薩。」
六月三十日，在那曲往唐古拉山中的半途中，達賴喇嘛又致信給他指定的攝政王甘丹赤巴，其實還是在訴說他內心的委屈：「正如