大師遂喚門人，法海、志誠、法達、智常、志通、志徹、志道、法珍、法如、神會。大師言：汝等拾弟子近前，汝等不同餘人。吾滅度後，汝各為一方頭。吾教汝說法，不失本宗。舉三科法門，動用三十六對，出沒即離兩邊。說一切法莫離於性相，若有人問法，出語盡雙，皆取對法，來去相因，究竟二法盡除，更無去處。
三科法門者，陰、界、入。陰是五陰；界是十八界；入是十二入。何名五陰？色陰、受陰、想陰、行陰、識陰是。何名十八界？六塵、六門、六識。何名十二入？外六塵，中六門。何名六塵？色、聲、香、味、觸、法是。何名六門？眼、耳、鼻、舌、身、意是。法性起六識——眼識、耳識、鼻識、舌識、身識、意識；六門；六塵。自性含萬法，名為含藏識；思量即轉識。生六識，出六門，見六塵，是三六十八。由自性邪，起十八邪含；自性正，起十八正含。惡用即眾生，善用即佛。用由何等？由自性起有對，外境無情對有五：天與地對，日與月對，暗與明對，陰與陽對，水與火對。語言與法相對有十二對：有為無為對，有色無色對，有相無相對，有漏無漏對，色與空對，動與靜對，清與濁對，凡與聖對，僧與俗對，老與少對，大大與小小對，長與短對，高與下對。自性起用對有十九對：邪與正對，痴與慧對，愚與智對，亂與定對，戒與非對，直與曲對，實與虛對，險與平對，煩惱與菩提對，慈與毒對，悲與害對，喜與嗔對，舍與慳對，進與退對，生與滅對，常與無常對，法身與色身對，化身與報身對，體與用對。性與相有十九對，言語與法相有十二對，外境無情有五對，都合成三十六對法也。
此三十六對法，解用通一切經，出入即離兩邊。如何自性起用三十六對？共人言語，出外於相離相，入內於空離空。著空即惟長無明，著相惟邪見謗法。直言不用文字，既雲不用文字，人不合言語，言語即是文字。自性上說空，正是語言。本性不空，迷人自惑語言際故。暗不自暗，以明故暗，以明變暗，以暗現明，來去相因，三十六對亦復如是。
大師言：十弟子！已後傳法，遞相教授一卷《壇經》，不失本宗。不稟受《壇經》，非我宗旨。如今得了，遞代流行。得遇《壇經》者，如見吾親授。拾僧得教授已，寫為《壇經》，遞代流行，得者必當見性。
慧能下面這段話足以把很多人嚇住。
有一天，慧能把十位弟子叫到身邊，這十位弟子就是著名的十大弟子：法海、志誠、法達、智常、志通、志徹、志道、法珍、法如、神會。——有政治敏感度的人一定會捉摸這個名單的排序：嗯，這不是按姓氏筆畫排序的，一定有什麼深刻涵義在！
不錯，中國人是很講究排座次的，哪怕是開個幾百人的大會，誰在前、誰在後，一點兒也錯不得。排名越是靠前，越說明職位高、地位重。現在我們看這個名單，法海排名第一，這是有道理的，法海畢竟是這部《壇經》的編纂人，但有趣的是，為禪宗出力最大的神會卻排名最後。這是為什麼呢？
如果你手裡也有《壇經》，看看這段，也許會發現排名次序和我現在列的這個完全不同——是這樣的，我用的是敦煌一系的版本，雖然其中有多處內證可以證明此前該有更早的版本，但這已經是現存版本中最早的了。後出的版本中，比如很通行的宗寶本，神會的名次排在第四，提前了足足六位。如果以小人之心揣測，排名的不同意味著傳承譜系的不同——誰家的弟子都願意把自己老師的名次提前。
話說回來，慧能召來十大弟子，這是要立遺囑了。這事一般人恐怕聽來稀奇，和尚四大皆空、身無長物，難道也有遺囑可立嗎？——還別說，和尚們還真有自己的一套遺產繼承法的，律宗的祖師爺道宣為我們留下了很多這方面的記載。唐朝時期，寺院很多都富得流油，和尚們也可以合法地擁有千頃良田，那麼，誰來種田呢？除禪宗之外，大多是有佃農來干這些粗活兒。和尚也要吃喝拉撒，所以粗活兒自然不止種田一項，可想而知的是，和尚們除了有佃農種田之外，還有不少奴婢來照料日常生活。佃農和奴婢們的勞動創造了大量的剩餘價值，這些剩餘價值都哪兒去了呢？至少有一部分是歸了和尚們自己了，如果按馬克思的標準，和尚就屬於剝削階級。
佃農、奴婢、財物，一切種種，有屬於寺院公產的，也有屬於和尚們的私產的。在稱謂上，如果一個奴婢屬於一位高僧，那麼這位高僧就是這個奴婢的「本主」。在一座寺院里，公有產權和私有產權交織在一起，繼承法自然是要應運而生的。
那麼，慧能也這樣嗎？不是的，禪宗是山林佛教，或者說是農民禪，很有一些馬克思主義精神，這也是會昌滅法能夠把那些「剝削階級」的宗派打擊得一蹶不振而慧能禪宗卻可以逆流而上的一個重要原因。慧能大師此刻要立的遺囑完全是和財產無關的，他對十大弟子說（大家要作好心理準備哦，這些話很不好懂）：「你們是與眾不同的，等我滅度之後，你們都會各立山頭、弘法一方。所以我現在得叮囑一下你們以後該怎麼給人家講課，免得我這頓悟法門的核心宗旨會被丟掉。是這樣的，你們以後在講課的時候，先要列舉三科法門，使用三十六對的概念，不可執著邊見，總要強調自性與法相。如果有人來向你們請教佛法，你們一定要出語成雙，使用成對的概念前後照應。最終連成對的概念本身也徹底破除，無所執著。
「所謂三科，分別是陰、界、入。陰，是五陰；界，是十八界；入，是十二入。何謂五陰？是色陰、受陰、想陰、行陰、識陰。何謂十八界？是六塵、六門、六識。何謂十二入？是外六塵、中六門。何謂六塵？是色、聲、香、味、觸、法。何謂六門？是眼、耳、鼻、舌、身、意。六門為六識之所依，六識為六門之所感。人的自性蘊涵萬事萬物，所以稱之為含藏識，一旦起了分別心，就會成為轉識。所謂轉識，是指依含藏識而有六識，然後走出六門、接觸六塵，三六便成十八界。如果自性生起邪念，就會生出十八種錯誤認識；如果自性保持清凈，就會生出十八種正確認識。自性若為惡念所用，其人即是凡夫；自性若為善念所用，其人也就是佛。善念和惡念又是由什麼主宰呢？是由自性主宰的。
「成對之法，要分清外界的認識對象和沒有生命的無情之物有五組相對的概念：天對地、日對月、暗對明、陰對陽、水對火。在語言和法相方面，一共有十二組成對的概念：有為對無為、有色對無色、有相對無相、有漏對無漏、色對空、動對靜、清對濁、凡對聖、僧對俗、老對小、長對短、高對下。自性方面有十九組：邪對正、痴對慧、愚對智、亂對定、戒對非、直對曲、實對虛、險對平、煩惱對菩提、慈對害、喜對嗔、舍對慳，進對退，生對滅，常對無常，法身對色身，化身對報身，體對用。性與相有十九對，言語與法相有十二對，外境無情有五對，總共就叫做三十六對法。
「運用這三十六對法，就可以通達一切經典，出入無礙，遠離邊見。如何在自性上起用這三十六對法呢？與人說話的時候，既不執著於客觀世界之有，也不執著於自性之空——如果執著於自性之空，只會增長無明煩惱；如果執著於客觀世界之有，就會墮入錯誤認識，有謗佛之過。有人提倡廢棄文字，但如果廢棄文字，豈不是連說話都不許了！因為說話也是在使用文字呀。自性是空，語言是空，但我們不可執著於空，迷妄就是產生於對空和有的偏執。不可偏執，因為一切都有相對性，正如黑暗並非自身黑暗，黑暗是和光明相對而言的，同樣的，光明也是和黑暗相對而言的，如果沒有光明，就無所謂黑暗，如果沒有黑暗，也無所謂光明。三十六對法就是這個道理。」
慧能這段話足以把很多人看暈。我們一般人印象中的禪宗都是快刀斬亂麻式的，可沒想到慧能都到立遺囑的時候了卻來了這麼一大段繁瑣的概念辨析，實在不像是禪宗風格。但要細看這三十六對法的思想，確實是慧能一以貫之的，當然，其來有自，是有般若和中觀的淵源。至於三科法門，這就是非常傳統的小乘佛學思想了。
先來說說三科。三科是陰、界、入，再具體說就是五陰、十八界、十二入，還能往下繼續細分。大家要注意，這才是佛教當中最常見的類型，細分門類、繁瑣辨析，這和大家熟悉的燒香拜佛、立地成佛、機鋒棒喝等等都大不一樣。
陰、界、入的概念有好幾種譯名，所謂陰，就是前邊介紹過的蘊，五陰也就是五蘊，界也叫持，東漢來華的安世高譯過一部《陰持入經》，就是專談這個的。這套名詞分析起來過於複雜，我就掛一漏萬，簡要而言了。陰和蘊的意思都是聚合，就像前邊講的森林的例子，一座森林是由無數的樹木聚合而成的，森林裡的樹木不斷生老病死，所以並不存在一個恆常不變的森林。換句話說，森林是沒有自性的，這就是空。五蘊包括客觀事物、身體行為和意識感覺，這些東西都是空而不實的，這就是佛教的一個核心概念「五蘊皆空」。
至於十二入，是由五陰中的識陰細分出來的