奠邊府戰役的槍炮剛剛停息，救治雙方重傷員事務極為緊迫。
奠邊府決戰開始之前，越軍總軍委估計己方傷員人數可能達到6000人，為此共組織了4個直屬醫療隊進入奠邊府戰場。戰役進程中，又增加了一個醫療隊，組成傷員轉運總站。在整個戰役過程中，共收治越軍傷員10021人，其中在戰役準備階段收治1100人，進攻的第一階段2300餘人，第二階段4500餘人，第三階段2000餘人。根據傷情統計，炮傷和地雷炸傷佔73%，槍傷佔17%。
戰役期間越軍共有4000多名輕傷員出院，重返戰場。但是，越軍戰場醫院收治傷員的能力在戰役進程中已經飽和，無力救治戰役結束後突然出現的大量法軍傷員。
奠邊府戰役中法軍的總傷亡人數約為9000人。在5月7日奠邊府戰役結束的當日，法軍重傷員由27名沒有受傷的法軍醫護人員繼續看護。
簽署《日內瓦和平協議》後，法國結束在越南的殖民統治。1954年10月，越南人民軍浩浩蕩蕩開進河內，市民夾道歡迎
日內瓦會議開始討論印度支那問題之時，法國代表要求越軍迅速釋放重傷員。越方接受了這個要求，范文同於5月10日在日內瓦發表聲明：「我政府準備允許運走在奠邊府俘獲的法國遠征軍重傷員。如果法國政府願意運走這些重傷人員，雙方司令部的代表將就此事就地採取切實可行的措施。」
5月13日，法軍派出以菲亞教授為首的紅十字代表團飛抵奠邊府，與越軍會商如何運走重傷俘虜，雙方當即達成協議。因奠邊府機場難以修復，法方將以直升機和小型運輸機運送傷員，此期間，法方保證在奠邊府盆地外圍十公里及41號公路至山蘿一線停止轟炸。法越雙方議定，不以國籍區分傷員，總共將傷員中的858人確定為重傷員，這些重傷員即由法方派直升機從奠邊府戰場運走。
這個協議在政治和軍事上均有利於越方，越軍乘此機會搶運在奠邊府繳獲的大量物資，同時交送俘虜。法軍很快意識到了這點，遂推翻協議，復於5月16日派出代表飛至奠邊府提出新建議，要求修復機場，用大型運輸機運送傷員，並要求取消法軍飛機在41號公路沿線的禁飛令。
5月22日下午3時，三架法國轟炸機轟炸了41號公路，造成遷移中的法軍戰俘嚴重傷亡，引起國際輿論的責難。越軍迅速作出反應，停止在交送傷員、釋放俘虜方面的合作，弄得法軍束手無策。
法軍只得退讓。5月25日，乘直升機來到奠邊府的法國醫生帶來了科尼致越軍總司令的一封信。信中稱，法軍飛機轟炸41號公路，「是一個值得引以為遺憾的過失。北越法國空軍司令部已經命令對可能產生這一過失的實際情況進行調查。同時，已向有關部隊再度下達嚴禁在距離奠邊府十公里以內上空飛行的命令」 。