1985年9月共產黨的全國代表會議召開之前所進行的政治和經濟上的改革，從總體來看是相當成功的。然而，在此之後，由於面臨著若干重大的經濟和政治問題，改革的進程開始喪失它原有的勢頭。建立在鄧長期所倡導的黨的民主基礎之上的政治穩定是八十年代初的特色之一。儘管「文化大革命」中的派性活動在八十年代末消失了，然而在領導層內政治上的分歧卻越來越尖銳了，特別是在1988年和1988年之後。
隨著具有中國特色的社會主義理論全面地應用於城市的經濟改革中，由此產生了許多問題。儘管三中全會後的共產黨領導層對若干重大問題達成了絕對一致的共識，但在制定未來進一步發展的大政方針時，這種共識顯得特別脆弱。關於中國需要外國技術，需要成為國際經濟秩序的一個組成部分，需要把市場機制引入經濟中，需要根據經濟規律而非政治標準制定計畫，需要調整政治結構和下放權力，對這些雖然達成廣泛的共識，但對實現這些目標所採用的方式和速度卻存在著很大的分歧，這些分歧所產生的困難，從長遠觀點來看是不容忽視的。
由於一系列直接的問題引起了小的經濟危機，1984年10月，在黨的十二屆三中全會上，公布了經濟改革原則的決定，特別是對城市的企業給了一定程度的自主權，由於企業利用了他們所獲得的自主權，在1984年末導致了大規模的通貨膨脹和由此引起的經濟增長。那幾年，鄧沒有參加經濟發展細節的制定，經濟的管理主要是靠陳雲和從1980年10月以來擔任總理的趙紫陽。然而，在1986年制定第七個五年計畫時，陳雲和趙紫陽的分歧變得更大更加明顯。
鄧本人已經全力以赴對人民解放軍和共產黨的領導進行了改革，以便使其恢複活力。鄧對八十年代中期解放軍的改革計畫的決定在政治上是難以進行的。解放軍在七十年代中和末，特別是在葉劍英的領導下，一直是鄧的改革政策的強有力的支持者。儘管解放軍不想完全放棄它在政治上的作用，但很想使其武器裝備現代化並成為一支專業化的技術軍隊。 鄧小平作出解放軍必須改革的決定很可能是在1979年對越戰爭之後，那次軍事行動沒有得到令人滿意的結果。確切地說，鄧是在1980年3月 和1984年11月提出軍隊改革的 。
鄧小平決定領導改組解放軍的另一個可能是他意識到了他比別人更有可能和資格實施對軍隊的改革計畫。他曾是一位驍勇善戰的軍隊將領並長期和軍隊保持著聯繫，在七十年代，他兩次官復原職，都是擔任解放軍的總參謀長，在1977年時，有一次他接待有元帥軍銜的葉劍英，葉對他說：「你也是一位老資格的元帥，實際上你是我們這些元帥的帶頭人。」 1980年鄧不再擔任總參謀長了，但是在那以後不久，他又被任命為中央軍委主席。此外，為了確保軍隊的有力支持，鄧小平利用後來的這個職務提拔了許多他原來的部下，特別是在抗戰期間來自太行區的老部下，楊得志就是這些人中的一個，他取代了鄧擔任了總參謀長。
那時軍隊改革的目標是設法使解放軍的經費得到控制，提高軍隊的效率，使軍隊幹部年輕化，建設一支更加專業化技術化的軍隊。他提出了解放軍裁軍100萬；大部分的軍隊幹部退休；把11個軍區減少為7個軍區；解放軍的各部隊改編成合成兵種的軍隊，不應再是四十年代那種以陸軍為主的戰鬥序列。
鄧小平主要是依靠他原先的那些老部下——特別是在太行區曾和他共事的人，一二九師的人及後來第二野戰軍的領導們，最終克服了來自解放軍內各級領導的抵觸意見。這次改編後，截至1985年底，解放軍中的17個最高級將領中有10個曾經是鄧以前的老部下。 中央軍事委員會既是國家的機構也是黨的機構，其成員完全是同一套班子，而且完全受鄧小平以前的同事所控制，中央軍事委員會領導班子，除鄧之外的8個委員中有5個在抗日戰爭中就開始和鄧共事了。 1982年中國共產黨的十二大之後，鄧小平使領導年輕化的改革進展相對順利，然而仍有眾多的老幹部包括一些軍隊幹部抵制退休，所以展開了討論。自1984年10月以來，就計畫將領導幹部年輕化和經濟改革問題列為1985年9月召開的黨的全國代表大會的議事日程，儘管有一些意見分歧，但這次代表大會終於取得了一致意見，表明了黨的團結。 在經濟上所做的修補的折衷方案，其本質就是不穩定的。這次會議在制定1986年開始的第七個五年計畫時，雖然所有的發言都一致表示贊成，但他們對他們所贊成的那些要點是有不同意見的，比如陳雲對實施計畫經濟下的市場經濟發出了嚴重警告；陳雲還特彆強調應確保糧食的高產；他還對一些黨員喪失了共產主義理想表示關注。 鄧對後一點容易接受，而對前一點持有保留意見，並確信政府部門和國有資產的優勢在經濟改革過程中佔有主導地位。
這次會議對領導幹部年輕化的問題，儘管有很大阻力，但也得到通過。 其中包括象葉劍英這樣一些軍隊的高級將領也離開了領導崗位，他們被那些更年輕的受過更好教育和具有較強專業技術職稱的領導所代替。最突出的例子是當時新增補的三位政治局成員：李鵬、喬石和胡啟立，他們在當年的年齡都是60歲左右，李鵬在原蘇聯受到教育，是工程學院畢業生，在電力工業方面有豐富的理論經驗。喬石長期在鋼鐵工業部門工作，後來成為政府的國際關係方面的專家。胡啟立也是學工程的大學畢業生，對共青團工作有豐富的領導經驗，並參加了教育體制的改革。然而僅僅在道理上說服了那些資深的老幹部，就像在六十年代初一樣，共產黨的領導被分成兩部分：一部分是從政治局日常工作中退居二線的但仍保留政治局委員資格的鄧小平和其他一些老幹部；另一部分是擔負起黨和國家日常領導工作的黨的總書記胡耀邦和國務院總理趙紫陽等人。