1953年12月高、饒陰謀的破產，使黨特別重視了黨的團結，規定了反對破壞團結的若干具體辦法，但這些並不能馬上鄧得成功。1954年早些時候，中共中央委員會全體會議沒有輕易地得到高和饒的完全坦白。後來，鄧小平通過他的中共中央秘書長的新職務，在調查高、饒問題的工作中對徹底弄清他們的錯誤發揮了重要作用。在1955年3月召開的中共全國代表大會上才提交了關於高、饒反黨聯盟的最後報告。 在高、饒事件中，林彪沒有失寵。所以沒有引起人們的注意。為了滿足支持高崗的那些人所提的論調，林彪和鄧小平都進入了政治局，因為他倆都被認作是1949年前軍隊利益的代表人物。另外，鄧成了中共組織部長、國防委員會副主席。然而，鄧在中共的領導層內作為政界與軍界之間的紐帶作用並沒有就此結束。當1955年9月為承認那些年軍隊在戰爭中作出的貢獻，人民解放軍首次為將軍們授銜時，中共中央軍事委員會任命鄧作為這次授銜的最後仲裁者。人民解放軍總政治部對軍銜作了暫時性的分配。
毛和鄧的關係似乎又一次成為中共政治的主要關係。鄧能夠使黨的團結和戰鬥力得到保證。1954年後半年赫魯曉夫訪問了北京，1958年又來一次。在1957年赫在莫斯科招待了毛率領的中共代表團，鄧也是代表團成員，赫對此有一種有趣的回憶：他不喜歡毛的主要原因是毛從來不說他的黨內同事的好話。赫說：「毛從來不承認他的同事與他平等。毛唯一似乎滿意的一位同志是鄧小平，我記得毛指著鄧小平對我說：
「看見那個小個子了嗎？他非常聰明而且前途遠大。」 鄧的屢次提升，使他置於中共組織畫務的核心位置，組織工作就成為鄧這十年的後幾年所要做的主要工作。當時被任命的中央委員會秘書處的其他成員有劉瀾濤、宋任窮、譚震林和楊尚昆。它的組成清楚地表明中共所強調的團結，因為這些人都代表著黨內各方面的成分：劉瀾濤是陝北蘇維埃時高崗的同事，儘管從1933年以來他們有過多次衝突，最顯著的是1938—1941年期間在太行山區的楊尚昆經鄧的周旋，使他和秘書處的大部分人保持了極好的政治關係。宋任窮曾是八路軍一二九師政訓處副主任。譚震林和鄧小平一樣，自從三十年代就和毛澤東開始了共事。劉瀾濤是薄一波的追隨者，在太行山區是鄧的同事，是1953年受高崗攻擊的主要受害者。
接下來兩年的書記處工作，大部分是組織工作，這是在1956年9月中共第八次全國代表大會上批准的一個職能完全不同的更具有政治色彩的秘書處。鄧在「八大」被選為中共中央總書記（與鄧在1954和1955年擔任的中央委員會秘書長相比，該職位的權力更大）。鄧受命擔負起了修改黨章的重任，這是他在這次代表大會上所帶來的許多主要變化之一。正如他在講話中所闡述的那樣：自從1945年上次大會以來，黨的狀況已經發生了相當大的變化，我們黨已奪取了全國政權，成了執政黨；黨員從一百多萬增加到一千一百萬，以前這些黨員大部分是在解放區的農村裡，現我們的黨員分布到全國的每一個城鎮；黨的目標已經從奪取全國政權轉變為發展國民經濟。為了適應這種變化了的政治環境，鄧建議進行一次全面徹底的總結，把所有經驗都要適當反映到新的黨章中。
有趣的是，鄧在當時的許多建議不僅預言了他在八十年代初將要開始實行的政治改革計畫，而且也是他四十年代初在太行山區已經形成的理論與實踐的繼續。一個例子就是黨政職能清楚地分開，以便加強黨的領導。游擊戰期間，中共必需參與所有的活動，這是它的優勢。但在五十年代初，中央領導經常批評黨過多地插手和管理政府工作的傾向，以致使政府部門只會等靠黨的指示辦事，加重了黨的負擔，造成了黨的系統的混亂現象。1941年鄧曾在中共北方局一次會議上發言中概括地提出類似這些問題的解決辦法，這些辦法曾在太行山區實行過，後來在中共北方機關刊物《黨的生活》上發表了一篇題為《黨與抗日民主政權》的文章。
鄧不僅關心行政事務，他在這次代表大會上所作的報告以相當長的篇幅論述了黨的程序和準則。他曾強調：特別是在贏得大眾支持和保持黨的團結方面，要把1935年之後的黨的傳統作為行動指南。這就是黨章中最顯著後來又完全被人誤解的變化之一的基本的來龍去脈。1945年的中共黨章明確規定馬列主義毛澤東思想是黨的指導思想，但在1956年的黨章中將「毛澤東思想」刪掉了，僅留下「馬列主義」作為中國共產黨的指導思想。
「文化大革命」期間的一些資料特別是各種「紅衛兵」組織撰寫和分發的資料，尖銳地批判了鄧小平建議把涉及毛澤東思想的字樣從黨章中刪掉的行為，他們把這看作是反對毛和迎合蘇聯論調的主要依據。 那時鄧剛從莫斯科（4月）回來，在那兒他參加了蘇共第二十次代表大會，聽了赫魯曉夫對個人崇拜的譴責。 一些西方評論家如D·W常和鮑納維亞，曾由於相類似的原因而把鄧與毛關係的破裂追溯到這個時期。
以蘇聯為榜樣跟著蘇聯路子走，不可能是黨內變化的主要原因，因為1953年共青團的章程已把涉及毛澤東思想的字樣刪掉了。由於意識形態方面措詞的變化具有極其重要的象徵意義，因此這個決定不是由中共領導層集體決定的說法簡直令人不可思議。儘管他在中共「八大」的講話中批評了個人崇拜，但他強調與蘇共不一樣，中共總是認為任何個人和任何政黨錯誤總是難免的，因此我們從來不願採取蘇共那樣全盤否定的作法。而且，這時，實際上是在這前後的很多年中，他主要的工作就是維護黨的紀律和黨的團結。在那種特定的情況下，鄧不無道理地擔憂，當時毛澤東思想的地位正在導致中國政治中越來越嚴重的個人崇拜，這種個人崇拜不僅對毛澤東本人的領導，而且對黨組織的領導都會造成威脅。儘管他不同意毛有關中國未來的一些觀點，但他還是相信只要不威脅到黨的團結，只要決策是由集體來做，意見不一致是正常的、合理的也是歡迎的。事實上，鄧完全懂得毛在中共政治中獨一無二的作用，但他仍然把黨的集體領導看作是一大優勢，因此，他希望繼續對毛澤東思想進行宣傳，即使這個用語已正式從黨章中撤了下來。
他在中共「八大」關於修改黨章的重要講話中，以一定的篇幅闡述了在黨內進行辯論的正確程序、集體領導的必要性和民主集中制的重要性。根據鄧的觀點，如果想找到正確處理問題的方法，在黨內進行公開辯論是必要的。在辯論中，個人應暢所欲言，少數人的意見即使是錯誤的也應當受到尊重，黨內鬥爭不應採取「過火鬥爭和懲辦主義」的政策（鄧自己在1933年曾經歷過的所謂「殘酷鬥爭」和「無情打擊」）。另一方面，對待錯誤也不應聽之任之過分遷就。但是，黨的決定一經做出，每個黨員有義務必須貫徹執行。批評和集體領導是黨內民主最基本的保證。沒有批評，每個黨員包括領導幹部在內就不可能改進他們的工作作風，提高他們的思想認識；沒有集體領導，政治將會變成個人崇拜。黨章必須公平地適用於每一個黨員，不應該有「個人崇拜」。領導幹部相互之間或在對待下屬的問題上不應濫用職權。
除了高崗和饒漱石，鄧沒有點其他人的名，不過他的批評很尖銳。他說：「有少數黨組織的負責人，仍然有個人包辦行為」；「對於領袖的愛護—本質上是表現對於黨的利益、階級的利益和人民的利益的愛護，而不是對個人的神化」；和「至今還有不少黨組織的負責人……並沒有採取鼓勵和支持由下而上的批評態度，有一部分人甚至對於批評者採取可恥的打擊報復的辦法」。
肯定在後來，這些講話可能被解釋為是針對毛的。在1955年進行的關於集體化的討論導致了「農業合作化的高潮」。正是這次討論急劇地改變了中國政策的方向。後來這次討論常常受到人們強烈的指責。 人們過去認為，毛主席背過中央的其他領導，通過向省一級的領導呼籲新掀起的農業合作化的高潮，是由於當時中央做出了一些他所不喜歡的決策。儘管關於農業合作化高潮來由的解釋現在看來似乎有點走極端，但從1955年後半年起他在政策的形成過程中越來越多地領先省一級的領導人，從而迫使中央的領導同意1956年初的發展速度和「全國十二年農業發展綱要」發展的速度。 然而，在後來的一些年裡，最能表現毛特徵的那些行為和鄧曾在談話中所預言過的那種情況還沒有完全出現。同樣，當時有一些人覺得沒有按黨的準則去做而感到內疚，他們也是鄧批評的對象。