1949年10月，鄧小平和劉伯承出席了在北京舉行的中華人民共和國成立的慶典活動。慶典之後，他們率領第二野戰軍開始了向大西南的進軍。大西南包括四川、雲南和貴州三省，還有西藏。這次與來自西北的第一野戰軍的一部分聯合進行的軍事行動，將使共產黨在大陸取得徹底的勝利，幾乎沒有遇到什麼大的抵抗。在1949年底，挺進大西南取得了勝利，對鄧小平個人而言，這意味著自1920年他離家以來第一次和家人團聚。鄧小平被任命為西南區共產黨的第一書記，劉伯承為第二書記，現在他的職位正式超過了劉伯承。
在中華人民共和國的第一個五年中，特別是到1952年底，為了有利於國家政權的重建，政治活動與行政管理都是在軍隊的控制下按地區劃分的。西南軍政委員會像中國其它五個地區的軍政委員會一樣，是一個臨時性的措施。目的是為了恢複經濟，保持政治穩定和鞏固共產黨的地位，直到1952年，地區性的軍政委員會負責控制該地區所有地方和軍隊的事務，這是一種軍事的控制。
鄧小平的組織才能與政治遠見，在這些年中也得到了許多展示。哈里森·索爾茲伯里在他寫的鄧小平傳中說道：「鄧小平在這段期間幫助毛澤東發展形成了他的三線計畫——為預防外部的威脅，把中國的經濟設在內地的一系列建設項目 。從政治上對鄧的信任來考慮，哈里森的這種說法是可能的，然而如果鄧在毛澤東開始考慮這些問題之前仍在西南的話，這種說法是不可成立的 。總之，鄧肯定是積極地鼓勵所有主要工程的建設——其中一項著名的項目就是成渝鐵路的建設，並積極地支持經濟的重建。
西南軍政委員會面臨著三項特殊的任務。由於西南是解放軍征服的最後一個地區，被打敗的其它地區的國民黨殘餘部隊都退到這個地區，這些殘餘部隊有的被迫投降了，有的變成了土匪。另外，西南還留下大約兩百萬舊人員，這些人包括從中國其它地區逃來的國民黨士兵和前政府官員。鄧小平的解決辦法是儘快地把這些人分散開，給他們提供住房和工作，以滿足他們的迫切需要，以此穩住他們，打消他們從事土匪活動的念頭。但是，在那些土匪活動猖獗的地方要堅決用武力消滅之。
西南軍政委員會面臨著比其它地區更嚴峻的第二個任務是與當地共產黨組織的軟弱渙散作鬥爭。在1949年之前，共產黨在大西南幾乎沒有任何經歷和組織，黨員也很少，發展新黨員成為優先考慮的一件大事。但是發展黨員的速度過快又帶來了新的問題，使黨員的質量受到影響。因此，必須立即開展一場整風，通過整風來增強黨的紀律。這成為鄧在五十年代主要考慮的問題 。
第三個同樣嚴重的問題是少數民族問題，西南地區的少數民族比中國任何地區都多。在中國的歷史上，少數民族與漢人的關係歷來都是不好的，共產黨的少數民族幹部很缺乏。此外，共產黨認為這些少數民族的社會結構方面是封建的，是與共產黨的宗旨格格不入的。除了對少數民族幹部和黨員有一個優惠的政策之外，鄧小平還在少數民族集中的那些地區免除了如土地改革這樣的全國性的政治運動，西南地區的土地改革是在其它的一些社會改革如廢除奴隸制完成之後才進行的。