影片在送到上級嚴格審查時，中央領導鄧子恢、軍隊領導羅瑞卿、劉亞樓觀看後，都表示了肯定，對審查時一些領導提出的不同意見，當時任中南局第一書記的陶鑄，則表示問題並沒有那麼嚴重，並且三次提出若干條具體的修改意見。
1963年12月影片完成之後，文化部副部長夏衍審看了此片，認為「導演的鏡頭語言還算流暢。」隨後，陶鑄同志陪同鄧子恢、劉亞樓親自到珠影廠審看影片，在肯定影片的前提條件下，特提出三點具體的修改意見:「一、去掉假槍斃;二、我軍戰鬥中一個也沒有犧牲的不真實;三、加寫戰士紀鵬飛炸橋的壯烈犧牲。」1964年１月，文化部副部長司徒慧敏、陳荒煤在審看影片後，表示基本同意陶鑄同志的修改意見。同年６月，陶鑄和廣州軍區政委劉興元再次來珠影廠審看修改後的對白雙片，表示很滿意，只提出戰士紀鵬飛在炸橋犧牲時，不要讓指導員上橋搶救。此時，文化部副部長齊燕銘在珠影廠審看影片後，認為沒有政策性問題，可以送北京審查。珠影廠迅速將影片送文化部電影局審查，文化部領導特請軍委總參謀長羅瑞卿審看此片，羅瑞卿看後，表示同意影片通過審查，並可以在全國發行。
然而，康生卻大發淫威，藉機刁難，他硬說這部影片是「直接為國民黨服務，鼓動階級敵人復辟的反革命影片，對特務分子起指導作用。」陶鑄識破康生別有用心的誣衊，當即在北京的一次正式會議上義正詞嚴地反駁康生:「這部片子我看過，它雖然不是一部優秀的影片，卻不存在你講的這些嚴重的政治問題。」可是，康生卻仍不肯善罷甘休，他繼續聲嘶力竭地無端指責審查這部影片的文化部電影局的領導們:「你們的階級感情哪裡去了？」並武斷地強迫命令這部影片在全國停止發行。於是，這部影片先後被康生、江青點名列為「毒草」影片進行公開批判，中宣部在1964年4月11號正式下文，被迫點名下發批判《逆風千里》的通知。兩年後「文革」全面爆發，康生、江青之流更是在全國範圍內公開對該片的大批判和大討伐，定調是「陶鑄一手扶植出來的大毒草。」
文藝路線的鬥爭始終是一個運動接著一個運動，「文革」前的1964年，又開始了無休止的文藝界第二次整風運動。《逆風千里》在全國上映之後，好景不長。時任中央領導要職的康生就這部影片說了一句話:「這是動國民黨之心，泄共產黨之憤」，由此徹底宣判了這部影片的死刑。1964年的7月29日，康生在全國京劇現代戲觀摩演出大會總結會上，公開點名批判影片《逆風千里》、《北國江南》、《早春二月》、《舞台姐妹》及京劇《謝瑤環》、崑曲《李慧娘》是「壞電影」、「壞戲」。隨後，全國各大新聞媒體相繼發表批判這些作品的文章。8月29日，中宣部發出《關於公開放映和批判和的通知》。毛澤東主席在該通知的報告上提示:「應在幾十個至一百多個中等城市放映，使這些修正主義材料公之於眾，可能還不止這兩部影片，還有些別的，都需要批判。」領袖一怒，萬眾皆懼，《逆風千里》、《兵臨城下》、《紅河激浪》等頓時連帶而出，《人民日報》等全國各大報紙用了整整一版文字，徹底地、全面地對《逆風千里》逐條逐段地展開批駁，使這部影片被批得體無完膚，一無是處，而成為「文革」前最早被列為「大毒草」、「反革命」影片的首批影片，上映時還在其片頭上特意加上了上千字的前言，其大標題即是:「反革命影片《逆風千里》」。
一部影片被定調為「反革命」，那這部影片本身連同他的主要創作人員、劇組演職員，一下子全部受到了逃也逃不掉的無形牽連。編劇周萬誠被遣送回山東老家，「文革」中多次挨批挨斗，牙齒全部被打掉。導演方徨是1938年參加新四軍的老幹部，1941年「皖南事變」曾坐過國民黨反動派「上饒集中營」的監獄，後來在赤石暴動越獄。這樣一位九死一生的老革命，卻被扣上「反革命」、「叛徒」的大帽子，經常被串聯到珠影廠的紅衛兵、廠內工宣隊、軍宣隊造反派們拉出去公眾批鬥，但是，方徨始終倔強地沒有低下高昂的頭，他一生經歷過地獄般的煎熬和戰場上的橫飛彈雨，對一部《逆風千里》所帶來的滅頂之災，以其堅忍的毅力去據理力爭。作為一個在硝煙中錘鍊出來的電影工作者，他是受蘇聯名家邦達爾丘克《一個人的遭遇》的藝術表現手法的影響，加之自身在戰場上的親歷，從而成功地執導了《逆風千里》，他認為自己沒有反黨反人民，更沒有去歌頌、美化國民黨。反覆的批鬥，肉體的打擊，「文革」期間又被強行送到幹校勞改，還曾患過腦膿腫、直腸癌，兩次大手術的人間重返，方徨以80歲的高齡至今健在，然而，在「文革」期間他的老伴患有先天性心臟病，廠里的大喇叭對準他的窗戶，徹夜地高聲喧嘩，使她終日提心弔膽、擔驚受怕、惶惶不安，終於在一天晚上高音喇叭突然響起，使她受到猛然驚嚇而猝死，這是方徨最感難受，心中永遠也抹不掉的痛。