五四運動的發生，恰好處在這樣一個歷史階段。後袁世凱時代的北洋軍閥正處於裂變時期，當家的段祺瑞和他的親信們，志大才疏，自不量力地妄圖以武力統一中國，激化了國內包括北洋團體內部的所有矛盾，危機四伏。但比較起來，在後世所謂皖系執政的這個階段，當政的軍人對於當時的代議制政體表現得最為尊重，不僅恢複了民元國會，而且在民元國會因張勳復辟而垮台之後，組織設計了第二次國會選舉。固然此番國會選舉，遭致詬病頗多，也的確存在著大量的人為操控以及賄選行為，但比起後來的軍閥對代議制的無情踐踏——曹錕公然賄選，張作霖和馮玉祥扶植段祺瑞搞沒有代議機關的執政府，張作霖的軍政府，還是要好得多。當時的政府對於民主體制下的基本人權，比如言論、結社和遊行集會的自由，還是尊重的。也高度尊重學校的自治，即使是國立大學，也不隨意干涉。固然北洋政府的背後站著的是北洋軍人，但這些軍人卻沒有用軍人的方式來君臨天下，控制社會。北京政府如此，各地的軍閥也如此，握有實權的軍人，是發言權最大的人，但省議會都在運作，可以發出不同的聲音。記者批評當道，學生們表達意見，一般不會有軍人前去干涉，即便人家罵到了自家頭上，最大的懲罰，也無非是查封報館。這邊查了，那邊人家再辦。出現這種狀況的原因，不僅僅是因為當時的軍人政權比較弱，北京政府政令不出都門，各省甚至省下面的地方，軍人割據，各行其是。其實，即便這些當家軍人實力不強，若想壓制輿論，干預教育，也是足夠用的。就像1926年之後的奉系，控制北京之後，干涉大學，捕殺記者，硬是蠻幹，誰也拿他們沒辦法。
自晚清以來，達爾文的進化論，經過甲午戰爭的催化，已經成為上流社會的統治性的意識形態。這種意識形態，落實在政體上，往往被解讀為民主共和優於君主立憲，君主立憲優於君主專制。從專制到共和，彼此間是沿著進化的路徑行進的。袁世凱的帝制，原本無非是力圖解決辛亥以來的政體驟變、致變亂相的一種努力，增強因日本提出二十一條導致削弱的自身政權的合法性，但是，在地方勢力坐大，積重難返的情勢下，反而成了導致自己脆敗的由頭。因為這種帝制自為的做法，嚴重違背進化的道理，成為開歷史倒車的反動。然而，政治強人袁世凱的掙扎以及脆敗，卻進一步強化了上流社會進化論的信念，使得即使是些武夫，也不敢對這個被西方證明具有魔力的政體有所輕視，從某種意義上說，此時的當家武人，他們對民主政體尚有幻想。因此，寧可忍受體制對他們的束縛，也不會對體制採取大動作的背離行為。
同時，五四又是一個如此高調佔據愛國的道德制高點，如此得人心的政治抗議運動，不僅社會上商人和市民也懷有學生們一樣的對於巴黎和會的情感落差，而且因為巴黎和會上的「外交失敗」，引發了以往皖系政府親日政策的所有潛在的危機，各種的不滿與衝突，都接著愛國運動迸發出來，北京政府內部，矛盾也開始激化。加上中國社會的傳統，學生鬧事，往往具有天然合理性，即使無理取鬧，社會對他們也有相當的包容性。在帝制時代，每屆科考，應試的舉子鬧事，只要鬧得不太過火，都會被優容。在士子與丘八士兵之間，不僅存在著社會地位的懸殊差距，而且有聲望方面的天壤之別。士兵天然地就對讀書人有敬畏之感，還在晚清時節，士兵們就不大敢輕易進學堂生事，哪怕這個學堂里有革命黨需要搜查。進入民國之後，這種軍警怕學生的狀況，並沒有消除。即使有上方的命令，軍警在學生面前依然縮手縮腳，怕三怕四。他們尊學生為老爺，說我們是丘八，你們是丘九，比我們大一輩。
在這種情況下，北京政府面對上街的學生和市民，就非常尷尬。一方面，由於五四運動的矛頭指向的就是皖系政府，北京學生聲討曹、章、陸，實際上是沖著段祺瑞和安福系來的，到了上海，示威者就直接指名道姓地要段祺瑞、徐樹錚下台，毫不留情地將真正的主政者放在了對立面。因此，僅僅出於自保的需要，他們也要將運動平息下去。另一方面，運動高調的愛國道德訴求，以及大得民心的情勢，以及大體合法的抗爭形式，又使得他們縮手縮腳，無法鎮壓，一上手，就處於根本喪失話語權的境地，多數禁止學生上街的政府命令，都不得不承認學生愛國熱情的正當性，說他們「純本天良」。既然如此，鎮壓就談不上了。隨著運動的深入，北洋系的分裂隨之日益清晰，地方軍閥的分化，越來越多的不滿皖系統治的軍閥借對學生的聲援，表達對皖系的不滿，陷於孤家寡人的皖系，只能偃旗息鼓，步步退讓。
特想鎮壓，又不敢鎮壓，內部態度不統一，只伸出半隻手，還要遭到痛批和痛打，這就是北洋政府在五四運動中的窘境。5月4日那天的逮捕，其實算不上是什麼鎮壓。學生燒了房子，打了人，而且是重傷，被打的章宗祥，渾身受傷50多處。面對這樣公然的違法行為，幾十個帶槍的警察在一旁束手無策，無所作為。幾個小時之後，鬧夠了的學生大隊人馬離去，警察總監吳炳湘和步兵統領李長泰率領大隊的軍警才趕到，抓了些掉隊的學生交差。在任何一個西方國家，發生了這樣的事情，警察都是會毫不猶豫地抓人甚至開槍的。在整個事件中，即使不是站在曹汝霖的角度，從純粹社會治安的立場，警察實際上也是失職的。事後曹汝霖的抱怨，不能說沒道理。當然，我們從中似乎也可以看出，警察在整個事件中，從一開始就不是很「積極」。甚至，事後取證，在現場的派給曹宅的警察「保安隊員」，包括在事件中受了輕傷的人，居然沒有一個出來指證學生的，每個人都說，當時很亂，他們誰也沒看清，不知道是哪個放火打人。當時青青白日，朗朗乾坤，怎麼可能看不清呢？可是，大家異口同聲地這樣說，似乎沒有人統一操控。辦理此案的京師檢察廳的檢察官，無奈地在報告里說：「五月十二日復傳案內受傷之保安隊李昌言等十四名來案，分別驗明受傷屬實。訊據該隊兵等均稱，我們所受之傷究竟被何人所毆，因當時學生人數多至數千，當場既未看清，事後亦無法證明。」
雖然有消息說，在火燒趙家樓事件之後，北京政府一度在段祺瑞的堅持下，有心採取更為強硬的態度。曹汝霖回憶說，火燒趙家樓之後，徐世昌將他安置在北海團城保護起來，還給了他和章宗祥一人5萬元〔雖然他沒接受〕。他到團城第二天，段祺瑞即來慰問，言明這次的事，「他們本是對著我，竟連累了你們。」又囑咐曹汝霖不要辭職，「看東海〔徐世昌〕如何處置？」恨恨之情，溢於言表。 對於徐世昌的不滿，也溢於言表。段祺瑞是北京政府的太上皇，此時雖然不做總理，轉為參戰督辦，但他這個督辦，卻是可以給內閣行文下命令的督辦，即使從形式上看，也是太上皇，他不高興，政府的壓力自然很大。於是，政府態度趨於強硬。5月5日，14所有關的大專學校的校長在北大開會，商議解救學生，他們一起去見總統、總理和教育總長，以及警察總監，要求釋放學生。但只有吳炳湘冷冷地見了他們，其他的人都拒而不見。 這樣不給大學校長面子的事，在以前是絕對沒有的。5月6日，徐世昌下大總統令，一邊訓斥了警察總監吳炳湘，一邊要求他嚴加防範，「倘再有借名糾眾，擾亂秩序，不服彈壓者，著即依法逮捕法辦，勿稍疏弛。」 但是，被捕學生的消息一經傳開，社會各界的輿論一致聲討，各界名流，紛紛致電北京政府，一邊倒地譴責政府，聲援學生，有消息說，「北洋團體」內的親馮國璋的人士，也開始思有所為。即使安福國會內部，也有人對內閣表示不滿。 內閣里，也有不同聲音，教育總長傅增湘屢次請辭。原本就滑頭的老官僚徐世昌，見勢不妙，又把頭縮了回去。第二天，即5月7日，就將被捕學生交保釋放，由點起五四這把火的林長民和他兩個外交委員會的同事，汪大燮和王寵惠保了出去。然後擇機由司法機關來處理，意思是把事件交由法律解決，化解危機。應該說，這是一種比較適當的做法。
就在這個當口，徐世昌換掉了李長泰，讓自己的舊部王懷慶由幫辦升為步兵統領，這個涉及京師治安的人事任免，也許不像有些人認為的那樣，是政府強化鎮壓功能。事實證明，後來的王懷慶，並沒有如人詬病的那樣成為屠夫，反倒跟他的前任一樣軟弱，對學生下不了手。看來，王懷慶的上任，在很大程度上是老徐為了自己考慮的，讓他這個光桿傀儡總統，在軍人的眾多指揮刀面前，多個保鏢，稍微感到踏實一點。儘管政府軟了下來，但對於以徐世昌為首的「文治派」而言，應學生的要求，把曹、章、陸免了，顯然沒有這個膽量，也沒有這個意願。他們都知道，曹、章、陸做的事，背後其實是徐樹錚，是段祺瑞，是段祺瑞力主的親日政策。從某種意義上說，徐世昌也是這個政策的得利者，沒有西原借款，第二屆國會〔安福國會〕選舉就沒戲，自然他老徐也就當不上這個總統。但是，作為晚清僅次於袁世凱的重臣，北洋團體的老人，袁世凱的老朋友，徐世昌即使在北洋三傑這等武夫面前