新征組的隊員一共二百三十四人，從板橋出發向京行進已經是第四天了，這天是文久三年二月八日。
所有的隊員被分為七個隊伍，每個隊伍的隊長被稱為「伍長」，所有的人都是經過山崗和清川的精選，比如一隊的隊長就是江戶著名的浪人根岸友山。只有這樣武藝高超的人才能壓住手下這幫亡命之徒。有個叫山本仙之助，原來是甲州一帶有名的開嫖放賭的「總瓢把子」，綽號「佑天仙之助」，不知道看重了他身上什麼了，居然被提拔成為了第五隊的隊長。
芹澤鴨被授予了獨立於各隊的「取締付筆頭役」官職，以他的資歷來說，這已經是破格的提拔，換了別人大多應該知足了。
「總瓢把子」都成了隊長，近藤一行八個人卻只能當普通隊員。以他們的武藝來說，八個人隨便挑一個都可以打遍隊內無敵手。可是誰都注目於那些名噪一時的「老大」，根本沒有人來注意這些無名之輩。他們被歸到六隊隊長村上俊五郎麾下，和大家一塊從木曾街道直奔京師。近藤大小也算是個劍道館的館長，現在卻成了普通隊員，心中自然不會高興。後來他和新征組分道揚鑣，這時的寄人籬下算是一個不大不小的原因吧。
幕府派遣鵜殿鳩翁、山崗鐵太郎隨同隊伍一塊進京。隊伍里那些人每到一處，驛館的主人總是成遑成恐地出來迎接。每到一處還會往旅館門上貼上大紙，上寫：
鵜殿鳩翁樣御宿
山崗鐵太郎樣御宿
新征組御宿陣
有的隊員看見這些抬頭，興奮的如同過年的孩子一樣。這也難怪，這幫人是鄉士，老百姓，町人，如今受了如此高級的待遇難免有些「昨嫌破襖短，今嫌紫蟒長。」
隊伍里有個任務叫做「宿割」，就是走在隊伍前面，在隊伍到來之前，按官職安排所有人的住所。每個普通隊員都要輪換擔任這個任務。
有天輪到了近藤干這活了，土方歲三知道近藤是個心高氣傲的人，讓他去干這類跑腿打雜的活，難免會心理不快活。就特意對他說：「你還是請病假吧，這活不應該是你乾的。」
「沒事。」
「那我和你一塊去吧？」
「這還要人幫忙，實在有些說不過去。」近藤略顯不快地說道：「這活誰都要干，我也要試試看，再說有人幫忙做嚮導，我應該能夠完成的。」
「你行嗎？」
不出土方所料，近藤出了件不大不小事故。近藤趕到了驛站，按官階順序，幕吏的鵜殿、山崗，肝煎的清川，七個分隊的隊長，普通隊員安排了所有的房間。可是大隊人馬趕了過來，所有人都有了下榻的地方，唯獨少了芹澤鴨的一閑宿舍。
「這算什麼啊？」芹澤一聽到這件事，邊走邊用「精忠報國」的大鐵扇敲著自己的臉，走進了近藤的房間，大聲說道：「老子的房子在哪裡！」
近藤臉一下子變蒼白了，「沒有是嗎！」
「我，我馬上去辦。」
近藤戰戰兢兢同伴商討解決辦法，可一轉眼芹澤人就不見了，找來找去，才發現芹澤大模大樣的盤坐在大路上抽煙。近藤要和他說話，自然要蹲下來和他說話。
「這次我做的事情，太對不起您了，我是個粗心大意的人。請您一定要原諒我。」
說這個話時，近藤雙手平服，頭著地，看上去就像跪著求饒一般。對這個男人來說，沒有比這個更大的屈辱了。
芹澤好像根本沒有看見近藤一樣，一聲不吭。等煙抽完了，他才開口了：「沒什麼，我是個四海為家的人。這條大路就是我最好的下榻之地，但是長夜漫漫，寒氣逼人，請你幫我升起一攤篝火，火最好大一點，麻煩了。」
圍在旁邊的芹澤的手下新見錦、野口建司、平山五郎、平閑重助馬上把附近的一閑小屋給拆了，堆在了大路上點著了。不久天就黑了，篝火經久不息，火星直躥天際，鄰村的人還以為這裡著火了，都跑來看熱鬧。這下好了，別說鵜殿、山崗，整個隊里上上下下一夜誰都沒睡好。
近藤這次的面子可是丟大了，半夜裡藤堂平助幾次按捺不住，大叫：「（我去）砍了他。」可是他殺氣騰騰地衝到門口，就被近藤止住了。沖田坐在窗邊坐立不安，土方一聲不吭的盯著天花板，不知道在想什麼。房間的氣氛異常沉悶。
整個隊伍來到京都時，已是二月二十三日了。
因為京都中心沒有適合的房屋，所以全體隊伍來到了壬生鄉，總部駐節新德寺，所有的隊員分住在周圍的鄉士家裡。
可是他們在京都只待了二十天，江戶就「變天」了，表面上的理由是因為發生了「生麥事件」，幕府不希望這股排外的浪潮波及京都。實際上是因為清川不經許可和公卿暗通取款，要把幕府設立的新征組要賣給公家。鵜殿和山崗帶著所有的人準備回京都，但是近藤和他那八個兄弟，以「勿改初志」的理由滯留京都，令人吃驚的是芹澤也自願留了下來。
兩派人合起來一共十三個人，派系鬥爭從這天就開始了。
他們一行人還住在老宿舍里，可是不管是幕府還是皇室都不給他們任何庇護了，十三個人變成了沒權沒勢的浪人團體，日子過的非常艱難。
櫻花散去，京都初現綠色的三月。十三個人聯名在十三日向京都守護職松平榮保提出了請願書，讓人非常意外的是當天就得到了許可，成為了「會津中將（容保）」的「御預」（部下），並被授予了正式的法理位置和充裕的經費。新選組從這天就正式成立了。
有錢加上官方的認定，原來的小組織馬上膨脹到了一百餘人。到了初夏，這個團隊已經初具雛形了。
局長是隊伍最高的領導，共有三個人，首席為芹澤、次席為近藤，第三是芹澤的心腹新見錦。表面上看是芹澤一派處於優勢，但是中級幹部卻是近藤一派佔了壓倒多數。副長山南、土方，副長助勤（小隊隊長）沖田、永倉、原田、藤堂、井上等十四人都是近藤從江戶帶出來的心腹。土方又新招了大阪浪人山崎蒸、松原忠司、谷十三郎，明石浪人齋藤一。在江戶誰都正眼不瞧一眼的近藤一幫人，現在勢力如日中天，「抖起來了」。
被任命為副長助勤芹澤的心腹，只有四個人。芹澤這個人志大才疏，對於政治方面更是一竅不通，根本沒做一點防範措施。他哪裡知道土方和山南都是這方面的高手，土方早就在普通隊員開始了「小動作」了。他經常以近藤的名義給別人一些小恩小惠，或散布近藤如何能幹，如何照顧手下。
有次土方悄悄對近藤說：「近藤兄，新選組總有一天是你的。」土方關於奪權計畫已經有了很完整的一套計畫了。
土方和近藤在沒外人的時候，說話總是這麼直白。也難怪，兩個人都是多摩的農民出身，近藤老家在武州多摩郡上石原，後來成為天然理心流道場的主人近藤周助的養子。整個青年年代近藤都和八王子附近村寨的農家孩子進行劍術練習。土方是多摩郡日野村鄉士佐藤彥五郎的小舅子，佐藤又是天然理心流的保護者。他們頭一次見面，近藤二十二歲，土方二十一歲，兩個人很快成了好朋友。十年之閑，兩個人早已經成為了生死與共的朋友。
土方向近藤談了自己的計畫，近藤臉上露出了笑容，表示了他對這個計畫的贊成。土方接著說：「這不是為了一己私慾，是為了天下大事。新選組現在處於這個亂世之中，一定要確定和諸蕃和貴族有同等的位置。靠芹澤和新見那幫雞鳴狗盜之徒，是成不了什麼大事的。」
近藤惜字如金的說道：「但別走的太快了。」
「我知道，但是近藤兄」土方加重語氣說道：「我以前也說過，你在隊伍里什麼都不要說，每天笑嘻嘻的辦事。對你來說最重要的就是增加大家對你的愛戴。」
「我明白了。」
土方認為近藤身上有大將之才，輔佐他成就霸業，對這個自認絕對聰明的土方來說，也是一種莫名的快樂。
一方面他和近藤一樣對芹澤深惡痛絕，一方面他自認，近藤的帥才加上他的組織能力，絕對能夠成大事。早在多摩郡那個小道場時，他們就是這麼合作的。他在周圍的四鄉八鎮招募喜好劍術的年輕人，並把天然理心流從小地方的劍術套路提升為各地流傳的大門派。現在土方又把新選組——當成了他下一個強有力的作品。
現在阻攔他完成這個作品的只是一個人，局長芹澤鴨。不過要殺他，並不是那麼容易的。芹澤好酒貪杯，酒過三巡就變得暴躁不堪。但是他那一身神道無念流的劍法，讓人生畏的膂力。只能讓土方繼續等待下去。