多爾袞離世後，布木布泰重回慈寧宮。多爾袞死後順治的所作所為，讓布木布泰和兒子之間有了裂痕。然而，為了順治能穩坐皇位，布木布泰還是強忍悲傷和氣憤，和順治聯合起來，希望能渡過統治危機。
為了撫平內部矛盾，布木布泰和順治再次採用個個擊破的方式，將多爾袞攝政時期被趕下台的鄭親王濟爾哈朗重新委以重任。幾浮幾沉的濟爾哈朗，深知世事難料，見好就收，便也用同樣的方式安撫手下，一個安撫一個，暫時讓內部矛盾得到了緩解。
內部看似安定下來，但布木布泰和順治依然覺得危機四伏，諸王似乎都在觀望，都在瞅時機，以便篡位。
「我倒要看看這十多歲的皇上有什麼能耐掌管一個國家？」諸王都在心裡冷笑，盤算著怎麼見機行事。
內部有蠢蠢欲動，伺機篡位的諸王，外部的滿漢矛盾也是愈演愈烈，各地的農民起義此起彼伏，等待著時機，反清復明。
面對滿漢********，布木布泰和順治完全手足無措了。布木布泰只得又和早已被她看作「軍師」的蘇茉兒商量此事。
「現在必須知道漢人對我們大清國最大的不滿是什麼。如今宮裡的諸王都是滿蒙人，我們需要找個漢人來商量一下。」蘇茉兒想了想說。
「漢人？我們大清國自古以來就不允許漢人參政，到哪兒去找一個可靠的漢人呢？」布木布泰犯了難。
「要不奴婢去找魯大人？」蘇茉兒說到魯清一的時候，還是有些不好意思。
布木布泰這才想起，在內務府廣儲司任職的魯清一也算半個漢人。魯清一的母親是滿人，但父親卻是漢人。
「對！怎麼把他忘了呢？快去，快去！」布木布泰高興地說。
蘇茉兒馬上去找了魯清一。魯清一在聽了蘇茉兒的話後，沉思片刻說：「雖然滿漢矛盾讓皇上感到了危機，但同時未必對皇上不是一件好事。」
「好事？」蘇茉兒不明白了。
魯清一說：「據我所知，睿親王做攝政王時，頒布了『剃髮令』（所有男子必須依照滿洲的習俗將前面頭髮剃盡，頂發四周邊緣剃去寸許，不遵守者斬首），這個剃髮令使很多漢人被殺，引起了漢人的不滿。再加上大清國自古以來漢人不能參加科舉考試，無法為官，這都使滿漢之間的矛盾倍增。如果皇上能夠改變這種狀況，那麼將會有更多的人來支持皇上，豈不是讓壞事變成了好事嗎？」
「哦，我明白了，改變一些規章制度，這樣不僅能緩解滿漢矛盾，而且還可以籠絡人心，擁有更多的支持者。支持者多了，自然也就不用擔心有人篡位了。」蘇茉兒恍然大悟。
「一直以來，大清國實行的都是『剛性』治國。如果皇上能『柔性』治國，一定會起到四兩撥千斤的作用。」魯清一又出主意說。
蘇茉兒不住地點頭。
「謝謝你！」她說。這段時間以來，因為布木布泰的憂慮，也讓她憂心忡忡，魯清一的一番話，一下子讓她有種茅塞頓開的感覺，她的臉上浮現出了久未出現的笑容。
「不用對我說謝謝，我願意和你一起解除太后娘娘的憂慮，因為太后娘娘的憂慮，也是你的憂慮。我希望你能開開心心的，我喜歡看你笑。」
魯清一滿含關愛的眼神和話語，讓蘇茉兒感受到了溫暖，也感到不再孤單。
蘇茉兒把魯清一的話帶給了布木布泰，布木布泰隨即又告訴了順治。順治自小身邊就有漢人漢文老師，所以對漢人並不像多爾袞及其他王爺那樣排斥，也就欣然同意了。他開始採取一系列合理的政策，強化科舉考試製度，不再排斥漢人，而且還重點強調民族平等。
不僅如此，順治還逐漸對中原漢人的先進文化和西方的先進文化有了興趣。他覺得只有採用了漢地制度，汲取漢文化才能使清朝長治久安。為此，他開始拜西方的傳教士湯若望為師。
湯若望是德國人，自幼受教於教會學校，成為了一名傳教士。和其他的傳教士一樣，湯若望懂得利用自己學過的西方先進科學技術和當地的統治者聯繫起來。也正因為如此，順治對他崇拜有加，並在他的幫助下，為清朝修訂了曆法。
湯若望的淵博學識讓順治在第一次見到他時，便給他封了三個榮譽頭銜：通議大夫、太僕寺卿、太常寺卿，使其官居一品。
湯若望不僅懂天文地理，同時也懂醫術，還曾給布木布泰治好過病，布木布泰對他也是既感激又信任。自小失去父親，又做了皇上，沒有了普通孩子生活的順治，視年長他46歲的湯若望為長輩，並稱呼他為「瑪法」（爺爺）。
順治之所以對湯若望如此則是因為湯若望能洞察到順治那孤獨而自尊的心。在順治做錯事的時候，湯若望從來只會在他們兩個人相處時提出來，儘可能地維護順治的自尊。
湯若望的出現，讓順治這個從小缺少關愛，自小隻懂得權力和戰爭的孩子感受到了莫大的溫暖。受湯若望的影響，順治信奉了天主教。眼看著順治和湯若望越走越近，而且只接受西方文化，布木布泰開始擔心起來。
「大清國的皇帝，怎麼能只信西方的天主教呢？」信奉佛教的布木布泰覺得必須從這點上對順治進行改變。
於是，一有時間，布木布泰就向順治說佛教的好處，並給了他一些佛教方面的書。順治看著看著，對佛教也有了興趣，甚至提出要接見佛教高僧憨璞聰。
布木布泰一聽順治被她糾正過來了，非常高興，絲毫沒想到這竟為順治以後的出家埋下了伏筆。
在聽了高僧憨璞聰的講法後，順治還不過癮，隨後又召來了南方的僧人玉林琇、茆溪森，讓他們在內廷開壇說法，宣揚佛理。慢慢地，他竟深迷其中。直到這時候，布木布泰才意識到問題的嚴重。
「看來，要儘快給皇上再娶一位皇后了，讓他收收心。」布木布泰想。
在順治親政的第二年，布木布泰便為他娶了來自科爾沁卓禮克圖親王家的尊貴千金——順治的親表妹。布木布泰始終沒有忘記讓蒙古血脈在皇族延續，讓科爾沁女人做皇后的使命。
然而，順治對於這位蒙古貴族千金絲毫沒有興趣，有名無實的蒙古皇后從天之嬌女淪落成了怨婦，整日向布木布泰哭訴。布木布泰去找順治，任性的順治也不給母后面子：「孩兒不要這個女人，孩兒要廢掉這個皇后！」
「絕對不可以！她身上背負著我們蒙古人的使命！」布木布泰斷然拒絕。
「孩兒是皇上，孩兒要找自己喜歡的皇后，孩兒不喜歡她就是不喜歡她！」順治瞪著眼和布木布泰發脾氣。
「皇上不喜歡她可以，可她一定要做你的皇后，一定要為你生下皇子。」布木布泰也是大發雷霆。
「這是母后立的皇后，不是孩兒要的皇后！」順治說完就沖了出去。
母子倆因為這位皇后的事，到了水火不容的地步，布木布泰更是時常為此長吁短嘆。
「娘娘，感情的事情不能勉強。既然這樣，不如就依皇上心意，廢了皇后吧！」蘇茉兒勸她。
「你怎麼也這麼說？不行！這是我們蒙古人的女兒，血統純正。」布木布泰堅決不同意。
「可是這樣堅持下去又有什麼意義呢？皇上正值年少，皇后有名無實，如果繼續這樣，不僅不能完成使命，而且很可能讓皇上更怨恨娘娘。娘娘和皇上不和，勢必會讓別人鑽了空子。」蘇茉兒慢慢說。
布木布泰想了想，覺得有道理：「可廢了這個皇后又怎麼辦呢？」
「可以給皇上找一個他喜歡的蒙古女子做皇后呀。」蘇茉兒說。
布木布泰點了點頭：「只好這樣了。」
布木布泰先退一步，為緩和和順治的矛盾，廢除了第一個皇后。然而很快，兩個人又在第二個皇后的選擇上有了矛盾。
「皇后孩兒要自己選。」順治說。
「可以讓皇上自己選，但必須在哀家選中的人當中選，必須是我們蒙古人。」布木布泰面無表情，目不斜視。她下定了決心，絕不退讓。
順治倔犟的眼神像極了母親。他盯著母親看，布木布泰也毫不示弱地盯著他看，兩個人就那麼對峙著。最終，順治敗下陣來，垂下了眼帘：「好！立皇后孩兒聽母后的，可是以後立妃嬪，孩兒要自己做主。」
順治說完這話，緊閉嘴唇，盯著母后，眼神堅定。布木布泰正要發火，看到蘇茉兒朝她使眼色，便悻悻然地說：「就按皇上說的辦吧。」
布木布泰說完這話，便也不再理睬順治，借口不舒服離開了。回到房間，她對著蘇茉兒大發脾氣：「為什麼不讓哀家制止，皇上越來越不像話了。」
「皇上的脾氣性格娘娘最清楚，如果娘娘再不答應，怕皇上連皇后是蒙古人這條件也不答應了。」
蘇茉兒的話讓布木布泰泄了氣。
嚴峻的政治形勢和巨大的壓力使母子倆不得不各讓一步，順治不情願地迎娶了第二位來自草原的中宮之主。
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