——孫恩之亂時的東晉政局
東晉朝廷的內憂外患剛剛消停了幾個月，就又傳來天大的壞消息。安帝隆安三年（399）年底，賊人孫恩因民心思動，乘機起事，自海島出兵，殺掉上虞縣令，直攻會稽，又殺了書聖王羲之的兒子王凝之及其諸子。
孫恩之亂，非朝夕猝發之事。琅琊孫氏，也是世家大姓，幾輩子下來都信奉「五斗米道」。孫恩的叔叔孫泰一直師事錢塘人杜子恭，學了不少相當於今天魔術的「方術」，以此浮狡小計，誘騙百姓子女錢財。「（百姓）愚者敬之如神，皆竭財產，進獻子女，以祈福慶」。
當年，王珣曾向會稽王司馬道子陳說孫泰以妖術惑人，就把此人流放廣州。廣州地方官又被孫泰的「幻術」迷惑住，竟然派這個邪教頭子當鬱林（今廣西貴縣）太守。孝武帝末年，頗想長生壯陽，把孫泰召還京師，司馬道子忙封他個徐州主簿的虛官，給錢給地給人讓這個妖道天天「煉丹」。
王恭起事，孫泰假借討伐王恭為名，眩惑士庶，私聚徒眾。司馬元顯掌權後，也聽說這位妖道壯陽秘術，多次前往其住處求索「偉哥」秘方。孫泰日益驕橫，自認為晉朝運祚將終，就在吳地廣誘百姓，以「五斗米道」作招誘，時常與徒眾密會，陰謀作亂。朝廷對此知之甚多，但因他與司馬元顯交情深厚，沒有人敢揭他老底。最後，會稽內史交出真憑實據，向晉廷告發孫泰要造反。司馬道子估計孫泰的陰謀會危及自身，就派人殺掉了這個妖道以及他的六個兒子。
「五斗米道」源於東漢，其原本教義並無太大危害性。但經杜子恭、孫泰等人掌握後，妖言惑眾，不斷增添「新內容」，就慢慢變成了邪教。而且，在當時沒有緊密經濟聯繫的農村社會，邪教正好成為孫泰、孫恩起事的最好組織形式。邪教的欺騙性非常驚人。孫泰被顯戮於市，其教徒眾聞知消息，都認為教主是「蟬蛻登仙」，紛紛聚集，一起站在海邊，向海中拋灑金銀寶物以及美酒美食，祭饗這個妖人。
孫恩懷恨在心。他的叔叔孫泰被殺不久，他深知司馬道子父子怨播天下，就憑藉邪教駭人的招聚力，在極短時間內聚眾數萬，一下子就殺掉了吳中八郡王凝之等數位地方官，其中包括謝安的兩個兒子謝邈和謝沖，猖獗一時。
孫恩之亂所以如此容易，正在於邪教教眾遍布各州郡府衙和守軍之中，一呼百應，立時應召。
「時三吳承平日久，民不習戰，故郡縣兵皆望風奔潰。」
孫恩佔據會稽後，自號征東將軍，名其邪教教眾為「長生人」，當地士眾凡有不服從者，皆全家全族誅死，嬰兒不免。攻克諸縣之後，孫恩邪教組織即把當地守官殺死肢解，大鍋煮熟，併當眾逼迫守官的妻兒吃掉親人的屍體。凡有不從者，就又虐殺臠割，極盡酷殘之能事。這支喪心病狂的邪教隊伍無惡不作，凡身陷城池，均燒毀城市，填平水井，殺盡不從之民。
邪教徒眾皆視會稽為「大人聖城」，往孫恩處聚集。許多邪教婦女因有小孩在身行動不便，就把親生骨肉扔入水中淹死，念叨說：「祝賀你先登仙堂，我見教主後隨後就與你相見。」痴迷如此，可見邪教的煽動性、欺騙性是多麼駭人。
這下倒好，東晉之地，本來除了桓玄、劉牢之、楊佺期等佔領的廣大地盤外，朝廷的號令只在三吳之地行得通。孫恩亂起，八郡皆陷，賊寇蜂起，連建康城內都有不少邪教教徒潛伏，東晉王朝幾乎只剩下一個空架子。晉廷見狀，忙以司馬元顯為領中軍將軍，命劉牢之與謝安之子謝琰共同率兵討孫恩。
晉軍初戰告捷。謝琰、劉牢之政府正規軍一到，孫恩亂民之伍根本抵禦不住，紛紛敗北。
亂世出英雄。正是孫恩之亂，引出一位日後功高一時，終於篡晉的大英雄劉裕。
劉裕本京口寒賤之人，「僅識文字，以賣履為生」，又好賭博，鬥雞走馬，其實就是個橫行鄉里的流氓。劉牢之擊伐孫恩，無論良莠，四處招人，只要有好身板能提槍射箭就行。由此，劉裕加入了晉軍，任類似偵察排長的低級軍職。一次，劉裕外出執行巡邏任務，突遇邪教賊眾數千。劉裕地痞出身，軍力懸殊至此，絲毫不懼，帶著身邊十幾個人就衝上前。很快，從人皆死，劉裕本人也被賊人用槍捅到了河岸之下。邪教分子們也不怕死，一窩蜂上前，想跳下去斬殺這位東晉小頭目。劉裕手執長矛，仰頭亂捅，竟然又挑死數名賊人，一躍重新跳上岸，大叫衝殺，數千賊眾嚇得一哄而走。劉裕邊叫邊殺，成百邪教徒均死於他的矛下。如果當時沒人看見，任憑劉裕自己怎麼講，別人也不會相信一人敵幾千的「天方夜譚」，偏偏劉牢之之子劉敬宣發現劉裕偵察小分隊出外很久不歸營，便率軍出來尋找，正好瞧見劉裕一人「獨驅數千人」的奇景，一幫人一時間竟然都忘了上前幫忙，立於原地感嘆不已。「因進擊賊，大攻之，斬獲千餘人」。一戰成名，劉裕就這樣橫空出世了。
當初孫恩攻破八郡，大笑著對手下人講：「天下無事了，當與諸君共至建康。」不久，聽說劉牢之發兵，孫恩又講：「我割浙江（錢塘江）以東，不失作一勾踐！」接著，又聽聞劉牢之大軍過江，孫恩倒豁達，忙講「孤不羞走」。說話算話，孫恩忙裹脅二十多萬男女百姓向東逃竄，並沿路丟棄金銀財寶，推落搶來的美貌少女於道中。劉牢之所率晉軍紀律很差，各自爭搶美女寶物，竟使得大邪教頭子逃跑而去，竄入海島匿藏。
三吳士民翹首企盼「官軍」，但劉牢之到來後卻縱兵暴掠，遂大失人望。
晉廷怕孫恩再來，任謝琰為會稽太守，率兵戍守海浦。
年輕的權奸司馬元顯自以為平孫恩皆是自己的功勞，更是驕狂差點飛上天。左右佞諛小人有的誇他一時英傑，有的誇他風流名士，司馬元顯皆信以為然，命朝中大臣均要向自己行拜見禮。
趁著孫恩之亂，昔日的盟友桓玄、殷仲堪、楊佺期三人相互皆想幹掉對方。楊佺期粗人，不停送書殷仲堪，要突襲桓玄。桓玄深知楊、殷兩家婚姻相結，在旁伺窺自己，便上書晉廷，要求增加自己統領的地盤。為了離間這三個人，晉廷就加桓玄都督荊州四郡軍事，又以桓玄的哥哥桓偉代替楊佺期的哥哥楊廣為南蠻校尉。
憤懼之下，楊佺期勒兵建牙，以北伐為名（當時後泰姚興進攻洛陽），想約殷仲堪一同出兵進討桓玄。殷仲堪既懼桓玄，又怕楊佺期得勢後驕橫，不僅不答應出兵，還派堂弟殷遹屯於江陵以北，遏止楊佺期的進兵。
殷仲堪一向多疑少決。他手下諮議參軍羅企生就對弟弟羅遵生表示：「殷公仁而無斷，必及於難。吾蒙公知遇，義不可去，誓與俱死！」
由於當時荊州地區忽發大水，殷仲堪不得不開倉濟民，倉廩全空，軍隊乏糧。桓玄聞訊，頓時起了乘虛伐人的意圖。他先派軍襲取了殷仲堪在巴陵的穀倉，然後送信與殷仲堪，表示說自己要帶兵討伐不思進取、遺棄皇陵的楊佺期，命殷仲堪殺掉楊佺期之兄楊廣。同時，桓玄又暗中派人寫密信給正在殷仲堪處的兄長桓偉，讓他做內應。桓偉膽小如兔，惶恐不堪，把桓玄的密信暴露給殷仲堪看。殷仲堪大驚，把桓偉軟禁為人質，親自寫信勸桓玄不要起兵，「辭苦甚至」。
桓玄大軍齊進，沒有任何猶豫，他對左右說：「殷仲堪為人無決斷，常懷成敗之計，私心甚重，我兄雖為其所拘，肯定沒有性命之憂。」
殷仲堪見桓玄撕破臉皮，只得倉促應戰，忙派堂弟殷遹率七千水軍至西江口以抗桓玄軍。桓玄調度有方，派屬下郭佺、苻宏（這位苻宏不是別人，正是苻堅大帝的太子爺。投降晉朝後，晉廷把苻宏安置在江州，現為桓玄所用）進擊，大敗殷遹。楊佺期之兄楊廣來救，也被桓玄軍打敗。
困守江陵的殷仲堪狼狽至極，由於城中無糧，只得用原本要榨油的芝麻當軍糧給守軍食用。芝麻吃一、兩匙挺香，當飯吃可就不行了，軍士們紛紛拉稀，茅坑裡遍是消化不掉的芝麻臭香之氣。
桓玄大軍乘勝進至零口屯軍，距江陵才二十里遠。殷仲堪無奈，只得急召楊佺期來救。楊佺期起先不答應，表示江陵無糧，他要殷仲堪率軍突圍，與自己一起共守襄陽。
殷仲堪「志在全軍保境」，不想丟棄自己的州土奔亡到別人的地盤，就派人騙楊佺期說：「近來四處征糧，已有足夠的軍儲。」
楊佺期信以為真，傻不拉嘰地率步騎八千，精甲耀日，一路大張旗鼓而至江陵。
到了城外，殷仲堪派人送飯，只有粗米供楊佺期八千大軍食用，聊供一飽而已。楊佺期大怒，狂吼一聲：「這下完了！」氣極之下，他連入城與殷仲堪相見也免了，與其兄楊廣指揮軍隊，直撲桓玄軍，作殊死一斗。
眼見楊佺期不要命，桓玄心懼，怕撤軍至馬頭以避其銳。轉天，楊佺期氣紅了眼，率領軍隊急擊桓玄大將郭佺，臨陣差點活捉對方。正在郭佺抵抗不住的關頭，桓玄領兵加入戰事，由於人多勢眾，楊佺期軍士肚子又空，最終楊軍大敗，八千人被殺得一個不剩，楊佺期單人獨騎逃往襄陽。半路，被