——桓溫的最後結局
桓溫枋頭大敗後，拉不出屎來賴茅房，諉過於人，上表朝廷說是因為袁真沒有打開石門水路，才使晉軍喪失了水上退路，要朝廷治其罪。袁真當然不服，認為桓溫誣陷自己，也上疏「表（桓）溫罪狀」。晉廷不置可否。桓溫雖敗，軍政大權仍齊集手中，故而晉廷根本不敢表態。袁真一怒之下，踞壽春城向前燕投降。
桓溫怒極，提兵而進，費了近一年時間，才於太和六年（371）重新收復壽春，當時袁真已病死，桓溫就殺掉了袁真的兒子袁瑾及其主要謀士朱輔等人。
攻克壽春之後，桓溫問其參軍郗超：「此役足以雪枋頭之恥乎？」
郗超是桓溫肚中蛔蟲一樣的最親密的心腹，當然知道主公有言外之意。不久，兩人夜中密談，郗超說：「明公當天下重任，今以六十之年，敗於枋頭，未建不世之勛。假如您不能行大事，不足以震懾四海民心。」
「我又能怎麼辦呢？」桓溫明知故問。
「明公您不行伊尹、霍光之事（意即廢舊帝立新帝），就不能樹立威權。」
桓溫連連點頭。本來他是想北伐得勝後，即返江東受九錫，然後取晉以代。不料大敗而回，九錫談不上，篡晉的步驟也不得不放慢下來。思來想去，也只能走廢掉皇帝司馬奕這一步棋。
司馬奕也倒霉。此位皇帝即位未久，一直禮敬桓溫，行政之權也多在會稽王司馬昱等大臣之手，無甚過錯。要說有錯，也就錯在他坐在皇帝的位子上。
公元371年11月，桓溫「以帝素謹無過，而床笫易誣」，就報稱司馬奕一直是陽萎沒有性功能，在藩王位子時與內寵相龍、計好、朱靈寶三人搞同性戀，稱司馬奕與嬪妃所生的三個兒子其實是那三個男相好的種，並稱司馬奕欲立這幾個「雜種」為皇嗣「建儲立王，傾移帝基」。同時，桓溫、郗超還派人在民間散布小道消息，朝野議論紛紛，莫知真偽。
公元371年年底，桓溫親自率兵還於建康，派人給禇太后捎話，要廢掉司馬奕，立元帝少子、會稽王司馬昱為帝，並把已經以皇太后名義寫好的詔書底稿送呈褚氏。
當時，褚太后正在佛堂拜佛，見人送上大司馬「急奏」，連忙起身，依著佛堂門隨便看了幾眼，對來人表示：「我本來就懷疑有此事。」這位太后深知晉室不興，權臣勢重，司馬奕又非自己親生，阻止也無濟於事，不如順水推舟。褚太后提筆在詔草上寫下數字：「未亡人（褚後自稱）罹此百憂，感念存沒，心焉如割。」意即表示贊同廢立之舉。
古代中國，廢立皇帝是天大的事情，桓溫權力再大，也要走太后這道「手序」。送呈詔草之前，桓溫還怕褚太后有異議，「悚動流汗，見於顏色」。看見詔書被褚太后簽字批准，桓溫大喜。
公元371年陰曆十五乙酉，桓溫集百官於朝堂，宣示太后的廢立之詔。在晉代，先前還沒有經歷過這樣的事情，「莫有識其故者，百官震慄。（桓）溫亦色動，不知所為」。這下倒好，大事決定下來，廢立程序沒一個知道。倒是尚書左僕射王彪之知道其事不可逆轉，就建議按照《漢書》中霍光廢昌邑王立漢宣帝的故事，現取《漢書》現「取經」，宣太后詔令，廢司馬奕為東海王（過了一年又降為海西公），以會稽王司馬昱繼承皇統，是為簡文帝。
廢帝司馬奕「著白帢單衣，步下西堂，乘犢車出神獸門。群臣拜辭，莫不歔欷」。可見司馬奕這位皇帝人緣還不錯。這位廢帝很快被送到吳縣嚴加看管，咸安二年年底，有人詐稱有太后密詔，奉迎司馬奕起事還宮複位。司馬奕起先還有所動，幸虧一直跟隨他的保姆勸諫，他沒敢輕舉妄動。前來準備劫持司馬奕當幌子起事的人很著急，說：「大事將捷，怎能聽信女人之言呢？」廢帝回答：「我得罪於此，幸蒙朝廷寬宥，怎敢妄動。假如太后有詔使我複位，應有宮使來，怎麼只有你一人無憑無據來此，定是你們想作亂。」來人見事泄，趕忙逃走。從那以後，司馬奕更是「深慮橫禍，乃杜塞聰明，無思無慮」，終日酣飲，有宮人生下孩子，皆派人即時淹死，以求保得余年。由此，這位廢帝還算命好，又活了十五年才病死，時年四十五。
一不做，二不休。桓溫廢掉司馬奕後，又奏稱簡文帝的哥哥武陵王司馬晞與其子和袁真通謀，欲行不軌，免掉其太宰之官，廢放於家。此外，桓溫又恨殷、庾兩家人在朝中勢大，迫使宗室新蔡王司馬晃「自首」，牽告殷浩之子殷涓及庾亮之弟庾翼的三個兒子庾蘊、庾冰、庾倩等人謀反，並族誅了涉案諸人。
殷浩少與桓溫齊名，成年後兩人爭權，殷浩失敗，於鄉下鬱郁病死。桓溫派人弔祭，殷涓不答，得罪了桓溫。但庾氏一族自庾亮和桓彝起就與桓氏子一輩父一輩的老交情，庾翼又曾在關鍵時刻向晉明帝舉薦過桓溫，誅除庾氏一家數支人戶，老英雄未免做事有些過絕了。
「大事」行畢，桓溫廢立殺人之事果然收到大成效。侍中謝安遠遠望見桓溫，忙下跪拜禮。桓溫見大名士此舉也吃驚，忙問：「安石，你怎麼向我行如此之禮？」謝安答：「未有君拜於前，臣揖於後。」可見，連謝安當時都把桓溫當皇帝來拜了。
桓溫的參軍郗超官職雖不高，但朝中諸臣知道他是大司馬的智囊，「皆畏事之」。謝安曾與左衛將軍王坦之一起前往郗超府中拜會，由於巴結奉承的人多，兩人從早晨等到中午，還輪不上被接見。王大少爺忍耐不下去，想乘車離去。謝安急忙抓住王坦之的袖子，哀求說：「難道你就不能為了宗族性命再忍耐片刻嗎？」
新被桓溫擁立的簡文帝司馬昱，字道萬，是東晉元帝的小兒子。此人「少有風儀，善容止，留心典籍，不以居處為意，凝塵滿席，湛如也」，是個貌美儒雅的玄言大家。如此之人，雖神識恬暢，卻無濟世勇略。所以，登帝位後，司馬昱「常懼廢黜」，只是做個皇帝幌子而已。謝安對這位影子皇帝評價甚恰當，認為簡文帝是惠帝之流，只不過是清談方面比惠帝略勝一籌罷了。
簡文帝沒什麼福分，當皇帝才一年多，就病入膏肓。彌留之際，晉廷一日一夜發四道急詔，召桓溫入朝輔政。「（桓）溫辭不至」。無奈，簡文帝強撐病體，親自寫信給桓溫，讓這位大司馬「以周公居攝故事」代理朝政，並表示「少子可輔者輔之，如不可，君自取之」。
倒是侍中王坦之截留此信，在簡文帝床前親手撕碎，表示：「天下乃宣帝、元帝之天下，陛下您怎能想給誰就給誰？」簡文帝知道王坦之一片忠心，就讓王坦之把詔書內容改為如下：「家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相（王導）故事。」囑託完畢，簡文帝於當日病逝，時年五十三。
當時，朝中群臣還不敢馬上擁立太子司馬昌明為新帝，想等桓溫還朝後再做決定。尚書左僕射王彪之臨危決斷，認為天子崩、太子代立是天經地義之事，馬上擁立年幼的司馬昌明為帝，是為孝武帝。褚太后本來已下了命桓溫行周公居攝故事的詔書（即任桓溫為「代理皇帝」），也被王坦之諫阻。
桓溫方面，一直想當然認為簡文帝臨死會把皇位主動禪讓給他，即使不然，也會以周公之禮居攝朝政。結果，讀畢簡文帝遺詔，知悉二事都不成，太子已經嗣位，桓溫怒極。他認定是王坦之、謝安從中作梗，深恨二人，形於顏色。
孝武帝寧康元年（373）三月，桓溫提軍入朝建康。當時，都城內人情洶洶，都盛傳桓溫入京要誅王、謝兩族，並移晉鼎，取而代之。
聽說傳聞後，王坦之驚懼異常，謝安坦然自若。晉廷下詔，命百官郊迎大司馬桓溫於新亭。王坦之害怕性命難保，想推辭不去。謝安勸道：「晉祚存亡，決於此行。」
桓溫至新亭，晉廷「百官拜於道側」。桓溫大陳兵衛，依次接見百官，「有位望者皆戰慄生色」，王坦之「流汗沾衣，倒執手版」，只有謝安一人「從容就席」。
眾人坐定，謝安果真是有名士風範，他笑對桓溫說：「我聽說諸侯有道，守在四鄰。明公您何須在周圍牆後安排那麼多兵士呢！」
桓溫也為謝安怡然之態而折服，笑著回答說：「不得不這樣作呀！」便命左右撤去壁後手持利刃的軍兵。
謝安曾經在桓溫手下為官，為大將軍司馬，兩人算是「老朋友」。至此，二人談天說地，憶舊言朋，笑語移日。
晚間，桓溫獨召謝安、王坦之兩人，商談國事。郗超依桓溫安排躲在屋中卧帳里偷聽三人談話。風吹帳開，一眼瞥見郗超撅著屁股凝神偷聽，謝安笑道：「郗生可謂入幕之賓呵。」
正是由於謝安等人的鎮定、從容，在外有強臣、內有幼主的危亂局面下，晉室得以保存。
在建康停留了十四天，桓溫舊疾複發，便擁兵返回老巢姑孰。疾篤之時，桓溫不停派人示意朝廷加九錫給他，很想臨死前過一把皇帝癮。
謝安、王坦之兩人不敢直接回絕，便命袁宏起草加桓溫九錫的詔命。袁宏草就，給王坦之看。王坦之嘆其文筆華美，但表示：「卿固大才，安可以