石遵稱帝後，尊其母鄭氏為皇太后（老娘們兒苦盡甘來，其長子石邃被廢殺時己被貶），以石斌的兒子石衍為皇太子，石鑒為侍中，石沖為太保，石苞為大司馬，石琨為大將軍，並封功勞最大的石閔為都督中外諸軍事、輔國大將軍、錄尚書事，輔政。一直在上白抵拒張豺軍隊的李農也還朝，石遵復其官職。
公元349年五六月間，北中國天災人禍頻頻。好好的初夏時節，暴風拔樹，電閃雷鳴，自天而落的冰雹竟有水杯那麼大，砸死行人無數。鄴城的宮殿又因雷擊起火，太武殿、暉華殿蕩然無存，只留一地灰燼。大火連燒一個多月才滅，後趙帝國的「乘輿服御燒者大半，光焰照天，金石皆盡」。更為可怖的是，「雨血周遍鄴城」，天落紅雨，殷紅如血。
坐鎮薊城的沛王石沖是石虎庶子，聽聞石遵殺石世自立為帝，心中很是不服，對左右僚佐說：「石世是先帝御封的太子，石遵竟然廢殺，罪逆滔天。傳孤赦令，內外戒嚴，孤王要親自率軍征討。」
石沖行動迅速，上午表志，下午就帶領五萬精兵向鄴城進發，四處傳檄，討伐石遵。大軍行至常山，各路人馬已有十來萬之眾。
在苑鄉紮營時，石沖收到石遵情深意長的親筆信，勸曉說大家兄弟，血脈相連，並允諾要授予石沖尊權重兵。石沖看看信，想了想，也覺石遵言之有理，就對左右將說：「唉，都是我的弟弟輩，死的人也不能再復活了，幹嗎要再繼續骨肉相殘呢？我們回去算了。」
石沖此語，足以表明他是個涉世未深的倒霉蛋，牆頭草一樣，可以一怒起兵，可以一哀息兵，王族內訌，不是你死就是我活，哪可有這等兒戲。石沖話音未落，其帳下大將陳暹就突地站起，大叫道：「彭城王篡弒，天地不容，大王您盡可自己回去，為臣我率兵進攻鄴城，擒獲石遵，然後再奉您大駕入京。」帳中諸將也多有附和。見眾怒難犯，石沖自己把握不了大局，又依眾人之計繼續前行。
石遵再派朝中大臣王擢攜親筆信勸諭石沖。石沖箭在弦上，不得不發，不聽。
無奈之下，石遵授予石閔黃鉞、金馬鐙等御物，派這位義弟與李農一起率十萬精兵去迎擊石沖。平棘之戰，後趙王朝的兩支精銳立陣廝殺，畢竟石閔厲害，石沖全軍大敗，自己也被石閔的軍士在元氏縣抓住，就地賜死。此外，石沖所率的三萬勁卒，也都被石閔等人坑殺。
石趙內亂，慕容鮮卑出大兵二十萬，虎視其境。東晉的桓溫等人也進據壽春，步步逼近。
鎮守長安的後趙宗室石苞見石遵稱尊，也生覬覦之心：既然你能當皇上，我也有資格稱帝。於是，他率關中部隊準備起兵。其屬下左長史石光等人諫勸，石苞大怒，誅殺石光等一百多人，深失眾心。由於石苞「性貪而無謀」，關中豪右都知道這個傢伙不能成大事，許多人就密謀和東晉的梁州刺史司馬勛聯繫，準備投靠晉朝。司馬勛樂得有人接應，忙率晉軍奔赴，在距長安僅二百多里的懸鉤紮下營盤，並攻殺後趙的京兆太守。
關內一帶的地方勢力聞風而動，紛紛殺掉後趙派遣的地方官，坐擁三十多座堅壁，共五萬多人，和司馬勛遙相呼應。
石苞還沒來得及進攻鄴城，東晉兵馬已經來到眼皮底下，他只得暫緩奪位，派將軍麻秋、姚國等人率軍隊出拒晉兵。石遵早已聽聞石苞想來鄴城推翻自己，就以討伐東晉司馬勛為名，派車騎將軍王朗率二萬精騎馳赴長安。石苞見救兵來到，以為石遵還不知自己的圖謀，忙開城迎接。王朗馬上派人逮捕石苞，捆送鄴城。
司馬勛見後趙援軍趕到，眼見占不到多大便宜，便扭頭殺向宛城，攻殺後趙南陽太守後退回梁州。
石遵聽聞石苞已逮送入京，東晉司馬勛退兵，深深喘了口大氣。但是，他放鬆得太早了。
當初，石遵在李城發兵向鄴城進軍奪取皇位，為了「激勵」石閔為自己死戰，曾許諾說：「好好乾，大事成功，我當立你為儲君。」石遵稱帝，寶位坐穩，也就「忘了」事前的許諾。
石閔非常失望。他自認為勛高一時，應總攬朝政。石遵怕他在朝中勢大，處處牽制。但是，石閔掌統內外兵權，尤其是殿中禁衛將士及東宮高力（身高善射的大力衛士）一萬多人都由他控制。石閔為收買人心，把許多禁軍中下級頭目奏為殿中員外將軍，賜爵關內侯，並出宮中美貌宮女賞以為妻。石遵只知在朝中抑制石閔的輔政權，對石閔收買禁軍軍將的事情一直未加警惕，「而更題名善惡以抑折之」，自己反倒做了惡人，守衛皇宮的禁軍將軍、士兵得好的心中感激石閔，沒得好的就怨恨石遵。
不久，左衛將軍王鸞等人勸石遵削奪石閔兵權，石閔更加怒形於色。
石遵想誅殺石閔，但關涉「家事」，自己拿不定主意，就把石鑒等石氏宗室勛貴一併召入宮內，在太后鄭氏面前一起議事。石氏兄弟長幼都無異議，全都同意殺掉石閔。老太后鄭氏心軟，自小看著石閔長大，就勸說：「自李城回師，棘奴（石閔小名）功大，無他便無今日，小事應忍讓，不可隨便殺人！」因此，誅殺石閔之事也就不了了之。
石鑒懷存私心，一出宮門，他就派宮內太監騎快馬告知石閔有人要殺他。石閔聞訊，馬上劫持了當朝司空李農與右衛將軍王基，與他倆合謀廢掉石遵。
二人不敢不從。三人議定，召禁衛軍將領蘇亥等人率三千甲士沖入如意觀，包圍了正與嬪妃彈棋玩樂的石遵。
石遵愣在當地，驚問：「誰要造反啊？」
軍將回答：「義陽王石鑒當立為帝。」
石遵苦笑，說：「我都落到這個地步，你們立石鑒，又能捱過幾時？」
軍士早已得令，擁石遵於琨華殿，亂刀殺死，同時挨斬的，還有太后鄭氏、太子石衍以及左衛將軍王鸞等人。
石遵在位，僅一百八十三天。
該石鑒上場了。
石鑒登基為帝，以石閔為大將軍，封武德王；封李農為大司馬，錄尚書事。
石鑒也是找死，剛剛稱帝不幾天，就暗中派先前在長安起事未果、被押送至京的石苞與中書令李松、殿中將軍張才等人謀殺石閔和李農。
事發當夜，石閔和李農兩人都在宮內的琨華殿議事。由於身邊護衛眾多，李松等人又無正式皇帝詔命，沒能殺掉石閔、李農不說，而且幾個人渾身是傷，又退回禁中。石鑒害怕石閔識破自己要殺對方的計謀，假裝驚訝，並派人前迎，殺掉石苞、李松幾個倒霉蛋滅口。
既然石遵推倒了篡位的多米諾骨牌，一個殺一個的戲肯定按部就班地上演下去。
鎮守襄國舊都的石虎的另外一個兒子新興王石祗，也與羌族姚弋仲、氐族蒲洪聯合，移檄各處，要發兵誅討石閔、李農。這廂，石鑒下詔，派石琨為大都督，率步騎七萬分討石祗等人。
鄴城的石氏宗室石成、石啟、石暉聯合起來，都想趁機誅除石閔和李農，但這些少爺王爺要兵沒兵、要才沒才，都反被石閔和李農殺掉。
眼看石閔、李農二人的權勢越來越大，羯族人、龍驤將軍孫伏都等人密結了三千多羯族士兵，埋伏在宮內胡天殿附近，準備趁石閔、李農入宮時襲殺二人。（石虎信拜火教，又稱祅教，北朝當地人稱為胡天教，胡天殿即祅教神殿。很奇怪的是，石勒諱「胡」，曾把「胡餅」改稱為「摶爐」，「胡豆」改名為「國豆」，但石虎時代又把祭祀祅教天神的宮殿的名為「胡天」，表明石虎本人並不十分諱「胡」。《晉書·石季龍載記》中原文如下：「龍驤孫伏都、劉銖等結羯士三千伏於胡天［殿］，亦欲誅［石］閔等。」由此可見，祅教大殿的規模應該非常壯觀，里外能埋伏三千多人。可以推測，殿庭上應該有拜火教的生火大祭壇。石虎大臣成公段「造庭燎於崇杠之末，高十餘丈，上盤置燎，下盤置人，絙繳上下」，大殿外面有這樣規模的「庭燎」，估計胡天殿內也不遑多讓。）
孫伏都起事，事先也不和石鑒商議，只想劫持石鑒當幌子，幹掉石閔、李農後，很有可能再殺掉石鑒。當時，恰巧趕上石鑒正和幾個宮人登上皇宮裡的制高點中台賞景，忽然看見孫伏都指揮羯兵搬砸東西堵塞閣道，又驚又怕，忙問他要幹什麼。
「李農等人造反，要從東掖門進攻，為臣我正率領衛士嚴防。」孫伏都還算反應快，敷衍石鑒。
石鑒也「將計就計」，高聲說：「愛卿你是功臣，好好為朕出力，朕在這裡看著你立功，會大力報謝你的！」
孫伏都也來不及「謝恩」，聞聽石閔、李農從東掖門進宮，便率一大幫兵士猛撲上去。
但石閔本人就是「萬人敵」，李農又乞活軍出身，謀曉斗戰之法，兩人手下也有兵將，一直又有警戒之心。兩方攻戰一起不久，孫伏都等羯人就不支，敗走之間紛紛被砍掉腦袋，自鳳陽殿到琨華殿之間，羯族兵士人頭滾滾，橫屍相枕，血流成渠。
殺盡宮內的三千多羯兵，石閔、李農兩人大怒未消，宣令內外：「六夷胡人有敢持兵器者皆斬！」同時，兩人下令，把「皇帝」