緊接著《雅克團》，梅里美又創作了另一部反封建的作品《查理九世時代軼事》（1829）。這部長篇小說以16世紀查理九世時期著名的宗教慘案「聖巴托羅繆之夜」為題材，表現了中世紀封建專制的黑暗與殘暴。
16世紀初，在德國發生了以馬丁·路德為代表的宗教改革運動，它的影響很快超越德國的疆界。法國人約翰·加爾文在路德的基礎上又進行了更為激進的改革，形成了加爾文教派，信奉這個教派的被稱為胡格諾教徒。由於加爾文教「適合當時資產階級中最勇敢的人的要求」 ，在法國得以廣泛流傳，形成了對抗國教（天主教）實際上也就是對抗王權的力量。儘管國王對新教進行了殘酷的迫害，但城市中的市民階層，包括小業主、小手工業者及城市平民，卻熱烈支持宗教改革。因而信奉新教的人數有增無減，很多貴族和農民也紛紛加入這個行列，特別是在南部，新教勢力更大。到了四五十年代，有不少高級貴族也信奉新教，他們利用加爾文教派的組織與王權對抗。查理九世時期（1560—1574），大貴族分成了兩個集團，一個是國王所支持的以吉斯公爵為首的天主教集團，一個是以海軍上將柯里尼為首的新教集團，並爆發了長期的宗教內戰。1570年休戰後，胡格諾教徒得到了一定程度的宗教自由。但1572年8月，當新教重要人物都聚集在巴黎時，國王和天主教貴族集團於24日，即聖巴托羅繆節發動武裝襲擊，進行大規模屠殺，死難者達兩千餘人，史稱「聖巴托羅繆之夜」。屠殺很快擴大到外省，由此又觸發了長達十幾年的宗教大內戰。
梅里美的《查理九世時代軼事》寫的就是這一段歷史。他把小說的故事集中安排在「聖巴托羅繆之夜」前後不久的一段時間裡，通過主人公頗有浪漫色彩的經歷，展示出16世紀殘酷鬥爭的情景。
主人公麥爾基是外省的胡格諾貴族青年，他的父親是狂熱的新教信奉者，在內戰中英勇地為信仰而戰，並在麥爾基身上培養了對新教的忠誠不渝。1570年宗教和平後，他打發自己的兒子前往巴黎投奔新教首領海軍上將柯里尼。麥爾基來到巴黎後遇見了分別多年，現任輕騎兵營營長職務的哥哥喬治，喬治在內戰中改變了宗教信仰成為天主教徒，遭到其父的唾棄並斷絕了和他的親屬關係。麥爾基與喬治重逢後恢複了兄弟情誼，在他的帶領和引見下參加了宮廷和上流社會的遊樂活動，結識了土爾芝伯爵夫人。由於柯里尼的推薦，麥爾基得到了掌旗官的職位。他很快與伯爵夫人的情人柯曼治發生了尖銳的矛盾，在一場生死決鬥中他獲得勝利，並成為伯爵夫人的新寵。這時在巴黎已經醞釀著可怕的陰謀，國王布局對柯里尼進行暗殺，8月22日，海軍上將遭到刺客的槍擊受了重傷，23日晚，在國王直接指揮下，對新教徒的屠殺開始。喬治的輕騎兵營被調來參加這一行動，他拒絕執行血腥的命令，因此被投入監獄。麥爾基幸虧待在伯爵夫人家裡才免於慘死，伯爵夫人盡一切力量勸麥爾基改變信仰以換取人身安全，遭到麥爾基的拒絕。不久，他逃出了巴黎，參加了胡格諾市羅舍爾城對國王的反抗。這時，被釋放出獄的喬治又被迫參加了國王圍攻羅舍爾城的軍隊，在戰場上，他遭到了麥爾基親自指揮下的士兵的槍擊。小說的最後，喬治死在自己弟弟的懷裡，麥爾基也沉浸在莫大的痛苦中。
在小說故事情節的框架中，作者以震撼人心的筆力描繪出「聖巴托羅繆之夜」的悲慘情景：「血從四面八方匯人河內」，羅亞爾河上每天都漂浮著大量被殺害者的屍體，到處都是焚燒胡格諾教徒所發散的惡臭。在這場浩劫中，甚至無辜的婦女和兒童都不能倖免。喬治在街頭看見一個懷裡抱著小孩的婦女被殺害的場景，是梅里美以深刻的人道主義激情描繪出來的拉奧孔式的畫面。這個婦女死於兩個屠殺者的追擊之下，她最後一個動作是雙膝跪在地上，使出最後的力氣把自己的孩子舉起來向喬治託孤。作品中這些描寫十分有力地表現出「聖巴托羅繆之夜」罪惡而血腥的性質，實際上是作者對本民族歷史上最大的一次宗教迫害的控訴。
作者在小說的序言中談到這次慘案的罪責時，雖然假裝為查理九世開脫，但在作品的形象描繪中，卻十分明確地把國王當作罪魁禍首來加以揭露。梅里美筆下的查理九世是一個偽善惡毒的形象，他虛偽地稱柯里尼為「我的父親」，在新教徒面前裝出一副寬宏大量、大公無私的樣子，內心裡卻充滿了仇恨的毒汁。梅里美在《狩獵》一章中，對查理九世那種惡毒的心理狀況作了深刻的描寫。這個國王把一隻馴良的鹿砍倒在地，一邊把刀子刺入鹿的脅肋里去，「用刀刃在裡面旋轉來擴大傷口」，一邊用天主教對新教徒的蔑稱來稱呼他的犧牲品。這個場面既是象徵性的，預示著不久以後對新教徒的大屠殺，又是心理描寫性的，使讀者從中看到，查理九世掩藏在偽善外貌下的狠毒內心終於情不自禁地流露了出來。這種蓄謀已久的仇恨和陰謀不久就成為具體的行動，他先是卑劣地慫恿喬治去槍殺柯里尼，遭到拒絕後又另派刺客進行暗殺，緊接著就發動了大屠殺。當那些被追殺的平民新教徒紛紛逃命時，這個國王「拿了一支長長的抬槍，站在王宮的一個窗口朝那些可憐的逃難者射擊」。梅里美在揭露查理九世這個歷史罪人的同時，也揭露了當權的統治集團和天主教教會的惡行。他通過人物之口諷刺宮廷「充斥著強盜」，通過柯曼治這個貴族階級的驕子橫行霸道、把人命當兒戲的劣跡，表現了統治階級、上流社會中殘暴野蠻的風習。他讓穿黑袍的教士以大屠殺指揮者的身份出現，揭露他們到處把屠殺的狂熱愈煽愈烈，「鼓動信徒要加倍殘酷」，公開號召「殘忍就是人道，人道就是殘忍」。作者還戳穿了天主教會關於屠殺是保衛宗教信仰的謊言，揭露「聖巴托羅繆之夜」實際上是對新教徒的最殘酷的掠奪和搶劫。他還用諷刺的筆墨在宗教信仰的「神聖性」上抹黑，把天主教望彌撒的儀式寫成貴族男女傳情勾搭的場景，神父勸誡禁慾的講道不過是用色情的話題來娛樂那些貴族聽眾。
梅里美的同情是在新教徒方面。在小說里，新教首領柯里尼是「集英雄與聖者於一身」的「偉大人物」，他在宗教內戰中嚴禁自己的軍隊燒殺擄掠，甚至部下焚燒了天主教修道院他也要加以懲處，以明軍紀。他衷心希望內亂結束、宗教自由，以便能用自己的長劍為國王和祖國效力。停戰後，他襟懷坦白，一心要為國抗敵，對天主教會和國王製造的種種卑劣的陰謀都不以為意。另一個新教的代表、貴族青年麥爾基也是梅里美筆下的正面人物，他慷慨大度，豪爽高雅，忠於自己的信仰，寧可失去情人，死於屠殺，也不肯改奉天主教。梅里美這些描寫有助於對照國王和天主教集團的卑劣、兇殘，但把這兩個人物作為新教集團的代表人物加以美化，卻掩蓋了歷史上新教貴族集團的階級實質和人物作為階級成員的複雜性、真實性。
雖然梅里美面對歷史上著名的慘案，把自己的同情寄予了受迫害的一方，但他並沒有站在任何一個教派的立場上。他作為歷史學家，表示了自己的愛憎，而他作為思想家卻顯示了對各種各樣宗教學說的批判精神。他在描寫那些新教徒狂熱的宗教信仰時，經常略帶嘲諷，還在不止一個地方通過表現新教派方面的陰暗面，說明新教與天主教同樣的虛妄。他特別通過喬治這個人物表現了對一切宗教的否定。喬治本來是新教堅強英勇的戰士，但內戰中殘忍的行為把他的宗教信仰連根拔掉了。他愛上一個貴婦人，新教的首領剛德親王為了爭奪這個女人，就誣陷他是「反宗教的惡魔」，並使他在戰場上陷於敵人的重圍。他死裡逃生後就改奉了天主教，實際上，他在思想上已經成為一個無神論者，已經沒有宗教信仰，在他看來， ；兩派宗教都是「異端邪說」、「荒誕無稽的東西」。他的一生雖然具有濃厚的悲劇色彩，最後犧牲在自己兄弟手下，但他臨終時明確聲稱既不要天主教的彌撒，也不要新教的聖詩，拒絕向牧師、修士進行懺悔，表現出一種理性思想的光輝。梅里美把18世紀的理性精神注入這個16世紀的人物形象，並且讓宗教信仰最為堅定的麥爾基因為喬治的死而永遠得不到安慰，正說明了他自己是站在啟蒙思想的立場來寫這部小說，對宗教進行批判的。在教權主義猖獗的反動黑暗的復辟時期，《查理九世時代軼事》中的形象描寫，無疑具有尖銳的針對性和現實的進步意義。