對拉丁教會自身來說，這種理性思維精神的重生對它影響極大，教會四分五裂，即使是那些倖存的部分，也遭到了極大程度的改造。
我們已經在前面的章節中介紹過了，公元11世紀至12世紀中，教會是怎樣對基督教世界進行專制統治的；公元14世紀至15世紀，教會又是如何失去控制人們思想行為的權威的。另外，我們也已經論述過，先前那些支持並給予教會力量的宗教熱情，後來是如何因為教會的狂妄、迫害和專制統治而站到教會對立面的。同時，我們也提到了，陰險多疑的弗里德里希二世是如何利用宗教懷疑論讓王侯與宗教獨裁產生紛爭的。此外，教會的大分裂又極大地衝擊了教會特權，加速了教會的宗教權力和政治權力的下降趨勢。緊接著，與之對抗的力量便同時從這兩個方面攻擊教會。
就在教會日益失去權威之時，整個歐洲幾乎都在傳播英國人威克利夫的教義。公元1398年，捷克學者約翰·胡斯就威克利夫的教義在布拉格大學發表了一系列演講。不久，威克利夫的教義便在普通百姓中得到迅速傳播，並令人們熱情高漲。從公元1414年到1418年，教廷為了解決教會的大分裂問題，在康士坦茨召開會議，並邀請胡斯參加大會。雖然皇帝向胡斯承諾會保證他的安全，但最終胡斯還是被捕了，被以宣傳異端邪說危害大眾定罪，並於1415年被活活燒死。然而，教會此舉不僅沒能鎮壓波希米亞人民，反而促使胡斯派信徒揭竿而起，並由此引發了接下來的一連串戰爭，拉丁系基督教的分裂也由此開始。為了鎮壓胡斯派信徒的起義，使基督教再次統一，教皇馬丁五世頒布了組織十字軍的訓諭。
教皇為了對付波希米亞這個頑強的小國家，一共發動了五次十字軍征討戰爭，但均以失敗告終。此次戰爭與公元13世紀的攻打沃爾多派的戰爭十分類似——在這一次戰爭中，公元15世紀整個歐洲的閑散人員都編入隊伍並被送上進攻波希米亞人的戰場。然而，波希米亞的捷克人畢竟不是沃爾多派，他們對自己的武裝抵抗信心滿滿。在公元1431年的多馬日利策戰役中，只要遠遠聽到胡斯派轟鳴的戰車聲、高亢激昂的聖歌聲，還不等交手，十字軍便如潮水一般地從戰場上潰退下來。公元1436年，教廷在巴塞爾又召開了一次宗教會議，並在會上與胡斯派達成協議，終於承認了許多胡斯派的教義。
公元15世紀，歐洲爆發了一場大瘟疫，從而引起社會的動蕩。當時人民的生活極為困苦，很多人都表現出極大的不滿，在英格蘭和法國不斷爆發農民起義，目標直指富人和地主。胡斯戰爭之後，德國農民起義的規模越來越大，而且還染上了濃厚的宗教色彩。印刷技術的出現，更是促進了這種農民起義的發展。公元15世紀中期，萊茵蘭、荷蘭的印刷工人已經掌握了活字印刷的技術，後來英格蘭和義大利也引進了這種印刷技術。公元1477年，在威斯敏斯特、卡克斯頓創辦的一家印刷廠中，《聖經》被大量印刷出來。由此，《聖經》得到廣泛傳播，四處可見人們討論有關《聖經》的問題，歐洲儼然成了一個《聖經》讀者的世界，這實在是有趣得很。由於印刷業的發展，更容易獲取的信息和更加清晰的主張源源不斷地湧進普通百姓的頭腦中，而此時的教會則問題纏身，如教會面臨分裂且無力自衛，王侯們正準備著搶奪教會在其領土範圍內搜刮的財富。
在德意志，一場轟轟烈烈的反對教會的鬥爭，在馬丁·路德（1483年—1546年）的領導下展開了。公元1517年，在維特根伯格，馬丁·路德針對正統教派的種種教義和禮節，提出了批判。最初的時候，他仿效經院哲學家的做法，用拉丁文來進行論戰。後來，他則改用印刷術這一新式「武器」，用德文向人民大眾宣傳自己的思想。當時馬丁·路德的境遇與當初的胡斯極為相似，也有許多人想要殺害他。不過，由於馬丁·路德有許多王侯朋友——他們或公開或秘密與馬丁·路德交往，再加上印刷品的傳播，這樣馬丁·路德才能夠活下來。
這是一個思想紛繁、信仰薄弱的時代，許多歐洲統治者為了自身的利益都切斷了自己的臣民與羅馬的宗教聯繫。他們嘗試建立民族宗教，同時讓自己成為宗教領袖。於是，一大批國家，如英格蘭、蘇格蘭、瑞典、挪威、丹麥、德國北部、波希米亞等，都紛紛脫離了羅馬教廷的控制。直到今天，這些國家仍保持著獨立。
然而，這些王侯其實並不關心人民的道德和理性自由。開始的時候，他們為了壯大自己的力量以抵抗羅馬，不得不利用民眾對宗教的懷疑和暴動。一旦他們成功擺脫羅馬的鉗制，成為新建立的國家教會的領導者，他們便打算立即搶到民眾運動的掌控權。但是，基督的教誨具有一種神奇的生命力，使得人們不管是處於宗教權威還是世俗王權的壓迫下，都依然能超越忠誠和服從而追求正義與自尊。所以，羅馬教廷分裂產生的王權教會又分裂出許多小教派，這些小教派不允許教皇或王侯阻隔在上帝與人之間。例如，蘇格蘭和英格蘭的不少教派都拒絕承認教會的清規戒律，只把《聖經》當成其信仰和生活的唯一準則。在英格蘭，他們被稱作「不信奉國教者」。而這些人在公元17世紀到18世紀的國家政治中，起到了關鍵作用。他們拒絕讓王侯擔任教會的領導者，所以國王查理一世（1649年）才會被砍了頭。在不信奉國教者的統治下，英格蘭人過了11年安穩太平的日子。
人們一般將北歐各大派脫離拉丁基督教的運動稱為宗教改革。宗教改革所帶來的衝擊和壓力，同樣也對羅馬教廷產生了極大的影響，引發其內部深刻的變化。教會進行了重組，一股全新的精神闖入他們的生活。在這一過程中，一位名叫伊尼戈·洛佩茲·德·雷卡爾的西班牙年輕士兵發揮了重要的作用，實際上人們更願意稱他為「聖依納爵羅耀拉」。早年的時候，他也曾有過一些頗具傳奇的經歷，然後在公元1538年成了一名教士，並獲准創建「耶穌會」，嘗試將慷慨俠義的軍事傳統注入到宗教機構中。耶穌會發展到後來，一度成為規模最大的傳教機構之一，還將基督教帶入中國、印度與美洲。它延緩了羅馬教會的分裂速度，還提升了天主教世界的教育水準與智力水準，加快了天主教徒良心復活的速度，還極大地刺激了歐洲新教在教育方面做出具有競爭性的努力。如今的天主教活力四射、積極進取，這些都主要歸功於耶穌會的復興。