羅馬教會為了確保自己在基督教國家中始終處於核心地位而不斷進行鬥爭，不過其卻在鬥爭中表現出一個巨大的弱點，那便是教皇選舉制。
一位教皇，如果他想要統治整個基督教世界，並且讓各基督教國家保持秩序與和平——為了實現這些野心，那麼他必須制定一個強大、穩固、持久的方針政策。所以，教皇的首要素質應該是年富力強；其次，每一任教皇都應該擁有一位能夠與其探討各項教會政策的繼承者；再次，教皇選舉的形式與過程必須是清晰明朗的、固定不變的和沒有爭議的。然而，實際情況卻與此理想狀態相差甚遠。在選舉教皇時，對於誰才具有投票選舉資格這一項並沒有明文規定，甚至連神聖羅馬帝國或拜占庭帝國的皇帝是否具有發言權也不清楚。為此，偉大的政治家兼教皇希爾德布蘭德（教皇格列高利七世，1073年—1085年），花費了極大的精力去規範這一選舉制度。他將選舉許可權限定在紅衣主教之列，而皇帝不具選舉權也沒有發言權，只對教會提交的公文決議做例行的批准便可。不過，他卻沒有對確立繼承人的問題做任何規定，從而導致紅衣主教為討論繼承人的問題而爭論不休，使得教皇之位空置了一年多的時間。
我們不難發現，16世紀以前的教皇選舉並不嚴謹，而由此也產生了一系列嚴重的後果。為選舉教皇而發生爭執的現象在很早以前就已經有過，有時甚至會出現兩個或是更多人都自稱教皇。每當發生這種事情的時候，教會就會屈尊去請皇帝或是其他局外人來調停此事。而且，任何一位教皇，不管其是否偉大，在死去時總會留下一大堆問題。他一死，教會就會陷入群龍無首的境地，往往會亂成一鍋粥。有時，繼位者是前任的對頭，所以一上任便大肆詆毀、破壞前任的功績；有時，繼位者是一位耄耋老人，是早就徘徊於墓旁的人了，一般無所作為。
教皇機構中的這些弱點，讓英格蘭的諾曼系統治者、德意志王侯、法國國王和法蘭西系的國王們，找到了可乘之機。他們用盡一切手段去干預教皇的選舉，都想著將對自己有利的人推上羅馬拉特蘭教堂的教皇之位。教皇在歐洲事務中所起到的作用越大、地位越重要，各國國王與王侯之間的這種干預和爭奪就越厲害。這也就難怪大多數教皇都是軟弱無能之輩了。相反的，如果教皇中突然出現一位富有才學的、膽略過人的教皇，倒是頗令人感到驚訝！
事實上，這一時期就出現了一位精力旺盛且頗有趣的教皇——英諾森三世（1198年—1216年在位）。英諾森三世非常幸運，當上教皇時尚未年滿38歲。當上教皇之後，英諾森三世和他的繼承者們不斷與那位更有意思的人物進行著激烈的較量，這位人物便是被譽為「世界奇才」的弗里德里希二世。弗里德里希國王與羅馬教會的較量是歷史上的一個轉折點。最後，弗里德里希不但被羅馬教會給打敗了，而且他所建立的王朝也遭到了摧毀，不過他卻也讓羅馬教會和教皇威望掃地，導致教會和教皇勢力不斷走向腐朽衰敗。
弗里德里希的父親是德意志皇帝亨利六世，母親則是西西里諾曼王羅傑一世的女兒。1198年，弗里德里希只有4歲，但就在這一年他繼承了外祖父的王國——西西里王國，教皇英諾森三世做了他的監護人。當時，西西里剛被諾曼人佔領，宮廷中有一半人都是東方人，其中大部分是受過良好教育的阿拉伯人。弗里德里希就是在這種環境中長大的，他不僅接受了這些人的共同教育，而且深受其影響。毫無疑問，這些人無不傾盡全力地想用自己的思想去影響他。結果，弗里德里希既能夠用穆斯林的觀點去窺視基督教，又能用基督教的思想去觀察伊斯蘭教。然而，這種雙重教育卻令弗里德里希萌生了一種想法，而這一想法在當時那個宗教信仰至上的年代是十分可怕的，即他認為所有的宗教都是欺騙。他甚至公開發表自己的想法，他的這些褻瀆神靈的、悖教的言論都被記錄了下來。
隨著年齡的增長，弗里德里希發現了自己與監護人英諾森三世開始有了衝突和對立，英諾森三世對他的要求也越來越嚴格。而且，當弗里德里希繼承皇位時，教皇還以各種條件對此事橫加干涉，如教皇要求弗里德里希鎮壓德意志的異教，放棄對西西里與南義大利的繼承權。事實上，教皇之所以提出這些要求，無非是弗里德里希的強大力量令他感到害怕。此外，德意志的主教們還要求免除他們的各種賦稅。對於這些要求，弗里德里希都滿口答應了，不過他卻沒打算要履行自己的承諾。曾經，教皇因一己之私，唆使法蘭西國王在法國發動了一場戰爭，用殘酷血腥的方式來鎮壓沃爾多派。這時，教皇竟然又想讓弗里德里希在德國也做一樣的事情。然而，和那些因為太過樸實、虔誠而招致教皇憎恨的沃爾多派教徒相比，弗里德里希則更像是一個激進的異教徒，他並不願意鎮壓異教徒。所以，當教皇讓他組織十字軍去征討耶路撒冷時，他口頭上答應了，可行動上卻遲遲不見動靜。
弗里德里希登上皇帝寶座之後，還是到西西里居住了。事實上，他更喜歡以西西里作為居住地，而不是德國。對於自己對英諾森三世的各種承諾，他根本就沒打算履行。1216年，教皇英諾森三世最終在憤懣中去世。
英諾森三世的繼任者是霍諾里烏斯三世，但是這位新教皇也拿弗里德里希一點辦法也沒有。後來，教皇之位傳到了格列高利九世（1227年）手上，他決心無論付出什麼代價也要讓這位年輕的皇帝臣服。他開除了弗里德里希的教籍，剝奪了他的一切宗教特權，但這對生活在充滿阿拉伯色彩的西西里宮廷里的弗里德里希來說，根本無關痛癢。格列高利九世還發表了一封公開信，痛斥了這位年輕皇帝的種種悖教行徑與其他罪行。對此，弗里德里希準備了一份更為有利的文件進行反擊。這份文件是為歐洲所有的王侯準備的，而後者也都收到了這份文件，弗里德里希在文件中明確陳述了教皇與王侯之間的爭端，還揭示了教皇企圖控制整個歐洲的狼子野心，並對此進行有力的抨擊。最後，弗里德里希還建議王侯們一定要團結起來，共同抵抗教皇，同時也提醒大家要特別留意教會的財產。
當發射了這枚致命的導彈後，弗里德里希終於打算履行其12年前對英諾森三世的承諾，組織十字軍東征。這就是所謂的第六次十字軍遠征（1228年），也是一場戰爭鬧劇。軍隊開拔後，弗里德里希二世先到了古埃及，與蘇丹（編者註：某些伊斯蘭教國家統治者的稱號）進行了會晤，一起談論國家大事。由於兩人都對基督教持懷疑態度，所以此次會談的氣氛極為融洽，他們彼此交換了相似的宗教觀點，並簽署了互惠互利的商業協議。最後，蘇丹還答應把耶路撒冷交給弗里德里希。
所以說，這次的十字軍東征完全是一種新式的遠征，既沒有戰場上的血腥拼殺，也沒有「喜極而泣」的戰後場景，而是通過私人交涉就完成了遠征。這真是一次不可思議的遠征行動，而它的領導者卻是一個被開除教籍的人。所以當這位領導者要在耶路撒冷舉行加冕禮時，所有的主教都躲著他，而他只能自己從聖壇上取下皇冠戴在頭上，完成了這個純粹世俗的加冕儀式。後來，他回到了義大利，並將那些入侵其領地的教皇軍隊全都趕了出去，還迫使教皇恢複了他的教籍。在13世紀，王侯對教皇採取這樣的措施，已經不會引起百姓的抗議了，因為那樣的時代早已過去了。
公元1239年，格列高利九世再次挑起與弗里德里希的鬥爭，教會又一次解除了弗里德里希的教籍，於是嚴重有損教皇權威的辱罵鬧劇再次上演。這場論戰持續了很久，直到格列高利九世去世而英諾森四世成為新教皇后，仍未平息。弗里德里希又給歐洲的王侯們寫了一封信，其在信中對教皇的所作所為進行了強烈的抨擊，對主教們的傲慢和無視教規的行為進行嚴厲的斥責，同時還指出正是教士的驕奢和貪婪導致了種種腐敗現象。他還建議王侯們沒收教會的所有財產，以重新樹立教會的名聲。他的這一建議，一直縈繞在王侯們的腦海里。
在此，我們不再詳述弗里德里希的晚年了。與他的日常生活相比，他一生的各種逸事都稍顯遜色了。關於這一點，我們只要將他在西西里王宮中的一些生活片段拼湊在一起，就能窺其一二了。弗里德里希對生活極為講究，喜歡美麗的東西。有人認為他放蕩不羈，但也清楚地了解他是一個好奇心強、熱衷鑽研探究的人。他將基督教、伊斯蘭教和猶太教的哲學家都召集到他的王宮裡，與他們探討學問；拚命地用撒拉遜的文化去影響義大利人的思維想法；還將阿拉伯數字和代數介紹給基督教的研究者。在他的王宮裡，住著一位名叫麥克爾·斯科特的哲學家，此人不僅翻譯了亞里士多德的許多作品，還翻譯了阿拉伯哲學家阿韋芳埃斯（科爾瓦多人）對這部分作品的評註。在弗里德里希的幫助下，那不勒斯大學（最古老的大學之一）在1224年建成，而勒諾大學的醫學院也得以擴大充實。他還創建了一個動物園，並且留下一本有關放鷹的書，可見他曾細緻觀察過鳥類的生活。另外，