在前文中，我們已經講述了亞述是怎樣在提革拉特·帕拉沙爾三世和篡位者薩爾貢二世的帶領下發展為一個軍事強國的。薩爾貢這位篡位者，其實原名並不叫「薩爾貢」，他之所以給自己取一個這樣的名字，其實是為了迎合被征服的巴比倫人的心理，認為這個名字能令巴比倫人追憶起兩千年前創建阿卡德帝國的薩爾貢一世。雖然巴比倫是一座淪亡的城邦，但是比起亞述人自己的城邦尼尼微城來，它顯示出更重要的地位，原因在於其優越的地理位置和眾多的人口數量。基於這些原因，使得它的征服者們不得不對該城偉大的神靈貝爾·馬杜克表示尊重，並且對當地的祭司和商人以禮相待。
在公元前8世紀的美索不達米亞平原，此時的征服者已經不再對被征服地區進行燒殺搶掠了，征服者改變了統治策略，開始謀求以懷柔政策贏得被征服者的認同。這一政策使得薩爾貢二世去世之後，新亞述帝國維持了一個半世紀之久。我們已經講過，其後，阿舒巴尼撥（也就是薩丹那帕路斯），至少佔領了下古埃及。
此後，亞述帝國失去以往的繁榮景象，開始走下坡路。最終，古埃及人經過艱苦的鬥爭，在法老埃·薩麥提克斯一世的統治下趕走了侵略者。到了尼科二世時期，古埃及人便野心勃勃地想要征服敘利亞了。此時，敘利亞正在同鄰國交戰，不太可能抽身抵抗入侵者。於是，來自美索不達米亞東南部的閃米特族——迦勒底人，與雅利安族的米堤亞、來自東北部的波斯人結成聯盟，向尼尼微城發起進攻。公元前606年，尼尼微城被侵略者攻陷。而這一年也正是人類有相對準確可考的紀年的開始。
亞述的領地遭到了侵略者的瓜分，財產被掠奪。此後，米堤亞人在賽阿克里斯的領導下，在亞述的北部建立帝國。該帝國以埃克巴塔那為首都，尼尼微城也在其統治範圍之內，其疆界向東蔓延直達印度邊境。在米堤亞帝國的南面則新建立了一個版圖呈半月形的帝國——迦勒底帝國，即第二巴比倫帝國。該帝國在尼布甲尼撒大帝的統治之下，達到了鼎盛時期，國力昌盛，財力豐厚。這是巴比倫最輝煌的時期，也是其最後的輝煌時期。曾經有一段時間，米堤亞帝國和巴比倫帝國友好相處，尼布甲尼撒大帝甚至將自己的女兒嫁給賽阿克里斯。
這期間，尼科二世挑起了對敘利亞的戰爭，而且輕而易舉地就攻佔了該國。事實上，在此之前，也就是公元前608年，尼科二世還曾發動了一場米吉多戰爭，並且殺死了猶太國王約西亞，取得了戰爭的勝利。關於猶太國的詳細歷史，我們將會在後面的章節中講述。後來，尼科二世又親率大軍直指幼發拉底河流域，這一次他要攻打的對象是日漸繁盛的巴比倫，而不是逐漸衰落的亞述。然而，古埃及人的入侵遭到了迦勒底人的頑強抵抗，迦勒底人最終擊敗了尼科二世，把入侵者趕回了古埃及。於是巴比倫乘此機會將領土擴展到古埃及邊界。
在公元前606年到前539年的動蕩歲月中，第二巴比倫帝國逐漸變得強大，而這很大程度上取決於他們一直和其北邊強大的米堤亞帝國保持友好的關係。在這67年間，巴比倫人不僅生活富足，而且在文化方面也取得了良好的發展。
即使在亞述歷代帝王的統治下，古巴比倫也一直是極為重要的文化傳播中心，薩達那帕爾斯雖然是亞述人，但他卻深受巴比倫文化的影響。他建造了圖書館，當然，裡面保存的不是紙質圖書，而是從古蘇美爾流傳下來的很多的美索不達米亞的黏土書籍。後來，人們挖掘出很多收藏在該圖書館的書籍，可以說，這些書籍是世界上最寶貴的史料了。
迦勒底系的最後一位巴比倫君王是納波尼得斯。納波尼得斯愛好文學，曾資助過一批古文物研究者，支持他們進行古籍研究。當研究者考證出薩爾貢一世即位的具體時間時，他立即令人對此刻碑紀念。但是，在他的統治之下，帝國出現了分裂的徵兆。為了應對這一局面，加強他的集權統治，納波尼得斯將各地神靈都集中至巴比倫，並為其興建廟宇。這種方法後來被羅馬人成功地運用過，但是在巴比倫卻起到了反作用，那些信奉巴比倫主神柏爾·馬杜克的有權勢的祭司對此深表不滿。這些祭司開始密謀推翻納波尼得斯的統治，並求助於鄰國米堤亞帝國的統治者波斯人居魯士，想要讓他取代納波尼得斯。
當時，居魯士早以因征服東小亞細亞富有的呂底亞國王克里索斯而聲名鵲起。在公元前538年，居魯士率領大軍攻打巴比倫，僅在城外打了一仗，就有人裡應外合打開城門迎接他，他的軍隊不費吹灰之力就取得了勝利，佔領了巴比倫城。《聖經》上有過這樣的記載：
當時納波尼得斯的兒子——伯沙撒太子正在舉行宴會，突然看見一隻手，並用火在牆上寫下了一串神秘的文字：「彌尼，彌尼，提客勒，烏法珥新。」於是他叫來預言家解釋此語的含義，得出的解釋是「上帝已經算出，你國王的氣數已盡，天平上估量出你的分量不夠，不足以擔任國王，因此，你的國家應該讓給波斯人和米堤亞人」。
關於伯沙撒太子見到的那些字，那些信奉柏爾·馬杜克神的祭司應該早就知道這個把戲。而由於此次巴比倫被佔領幾乎沒有人員傷亡，所以他們對柏爾·馬杜克神的祭祀照常進行。
就這樣，巴比倫和米堤亞兩大帝國終於實現了統一。居魯士的兒子岡比西斯，一度成功攻佔過古埃及，卻因為發瘋而死於非命。在岡比西斯的兒子也去世後，帝國的統治者就變成了米堤亞人大流士一世，而他的父親便是居魯士的寵臣希斯塔斯皮斯。
大流士一世統治的波斯帝國，是古代文明的舞台上最早出現的新雅利安帝國，也是有史以來最繁榮強大的帝國之一。它的領土包括小亞細亞全境、敘利亞全部、古亞述、巴比倫帝國，還包括古埃及、高加索和裏海地區以及米堤亞、波斯等地，領土範圍一直延伸至印度河。
維持如此龐大的帝國並不是一件容易的事兒，但是因為他們有馬匹、騎兵、戰車，還有人工修建的道路，所以做到了。在此之前，最方便快捷的運輸工具大多是驢、牛和沙漠中的駱駝。而到了這一時期，波斯的統治者們為了更好地管理新帝國，修建了許多幹線道路，在各地都安排有驛馬，以供帝國的信使或是獲得官方特批的旅行者使用。此外，貨幣已經開始流通使用，貨幣的出現促進了商業的發展。但是，波斯帝國不再把巴比倫設為首都。從長遠來看，那些謀反的、信奉柏爾·馬杜克神的祭司，並沒有得到什麼好處。雖然巴比倫城還是很重要，但卻日漸衰落。與此同時，珀塞波利斯、蘇薩和埃克巴塔那發展成帝國的大都市，帝國的都城設在蘇薩。而尼尼微城已為人所忘，逐漸成了一片廢墟。