每個創業者都要經歷無數次危機的洗禮，李彥宏也不例外。這些惡風巨浪，讓李彥宏在承受了來自各方壓力的同時，也讓他體驗了殘酷、學會了面對。並在以後的日子裡，更好地掌舵百度，一路乘風破浪！
李彥宏創造了神話：百度上市僅僅一天股價就上漲了354％。一時間，李彥宏成為中國企業界最受矚目的人物。此後的半年裡，李彥宏頻繁出如今各大媒體，這也成為他曝光最多的一段日子。上市那一年，他還當選為央視年度經濟人物。但一年後，再次讓李彥宏在媒體面前高調亮相的，卻是央視報道引發的一場信用危機。
2008年11月，央視報道了百度競價排名的違規操作新聞。在報道中說，一家公益網站因為拒絕購買百度的廣告而遭到屏蔽，而一些不具備資格的醫療廣告，卻佔據了搜索的顯著位置。顯然，報道直指百度的競價排名中充斥著虛假醫療廣告，是對公眾的極大傷害。一時間，人們對百度搜索的信譽提出了質疑。
這件事被曝光後，李彥宏迅速採取了應對措施。在危機發生6小時後，報道中涉及的4個醫療關鍵詞的所有競價排名推廣下線。隨後，公司開始全面審核相關行業客戶資質，在兩天之內百度撤下了1000家沒有執照的關鍵詞客戶公司。同時宣布將儘快完成開發新的廣告系統「鳳巢」，更好地解決普通搜索和競價排名搜索結果的關係。在處理這件事情上，百度的態度是很積極的。
事件發生後，協助提供作假文件以通過百度內部審核的職員也被辭退。李彥宏開始在全公司加強內部管理，完善銷售環節監控。隨後，總裁助理張東晨被任命為檢查小組組長，負責全面調查公司內部存在的漏洞和舞弊行為。
可是，態度積極並不表示風波會就此平息。有些時候，一場危機所引發的連鎖反應是不可避免的。很快，連鎖反應就來了：百度股價一天後開盤時狂瀉25.04％。到12月11日，百度股價一度跌至98.75美元。一段時間以後，李彥宏承認，那段時間是自己最艱難的時刻，他不得不頻繁接觸媒體和公眾，而且從聯想公司請來媒體關係負責人朱光，開展危機公關。
每次接受採訪，當談及醜聞曝光的時候，「反思」都是李彥宏不斷提到的辭彙。「過去幾年的飛速成長，公司到如此的規模，使得我們精細化的管理幾乎成為不可能。」他說，「未來當公司不可能以百分之百的速度來增加新職員的時候，我覺得我們就有一些時間來做更好的文化宣傳、精細化監管、流程制度建立這些東西。」《李彥宏的百度世界》一書記錄下了李彥宏的心聲。
當百度在搜索領域創造神話的同時，一場信用危機也隨之爆發了。曾經，為百度的巨大流量立下汗馬功勞的MP3搜索、下吧和影吧服務等同時也給百度帶來了訴訟的風險。
2005年，當時十分火暴的《哈利·波特Ⅵ》一上市，就在百度貼吧上出現了網友自譯的中文版電子書並提供下載。這件事很快就遭到了人民文學出版社的指責，因為該社被授權在中國內地市場上獨家出版該書的中文版。
有關人員表示，百度網譯版《哈利·波特Ⅵ》的出現，將給出版社和作者帶來巨大損失，所以不排除他們會追究百度等網站法律責任的可能。與此同時，讓李彥宏頭疼的還有另外兩起官司。訴訟的緣由是百度在未經授權許可的情況下，分別向網民提供MP3和電影的搜索下載服務，侵犯了權利人的著作權和網路傳播權。同時，環球和BMG的音樂著作權代理公司北京源泉公司也表示，從6月底開始，源泉公司就連續三次通知百度，要求他們斷開那些未獲得任何版權的音樂歌曲提供者的鏈接。而更糟糕的是，此時正值百度上市前的一個月。
一時間，網上開始流傳著百度到底應該選擇獨立上市依然被Google收購的爭論。很多人贊成將百度賣給Google，理由很多，其中最有說服力的一條確是百度賣給Google可以把自身訴訟的危機轉嫁給Google。當時，更有甚者還把百度與Google的關係比作湖南衛視與央視的關係。2005年春夏之際的「超級女聲」著實讓湖南衛視火了一把，於是就有人提出，假如「超級女聲」由央視來舉辦，效果會如何樣？以此類比，假如說百度是湖南衛視、Google是央視的話，那是否要證明Google更規矩而百度更大膽呢？
2005年8月12日，Google公司發布公告稱，他們的「網上圖書館」工程因「侵犯版權」問題而被迫暫時停工，同時要求出版商在11月之前告知哪些書籍不可以製作電子版圖書。此工程本來預計花費10年時間建立全球最大的網上虛擬圖書館。Google打算將哈佛大學、斯坦福大學、密歇根大學、牛津大學和紐約公立圖書館的共1500多萬冊圖書掃描入電腦，以便人們全文閱讀大批極具價值的學術文獻。但當時出版商就紛紛表示，Google無權全文掃描複製受版權保護的圖書，並大批量地存進自己的資料庫。此外，Google在MP3、電影、圖片、電視畫面等領域的搜索服務都涉及不同程度的侵權，對於Google搜索引擎侵犯版權的訴訟也隨之增加。
而百度現儘管沒有類似的工程打算，卻與Google同樣面臨著知識產權糾紛問題。與其說是百度在走Google的老路，不如說是整個搜索服務業都在面臨被指控侵犯知識產權的困境。知識產權確是束縛搜索業的雷區，是搜索業發展的一個「坎」。假如能通過法律途徑有效地解決，百度的信用必然可以重新建立起來。
另一方面，中國高校知識產權研究會秘書長、北京大學知識產權學院副教授張平則對百度的知識產權問題持比較「寬容」的意見。他認為，在網路知識產權界定並不明確的時候，百度沒有必要為「灰色行為」付出太多代價。
在一次接受採訪的時候，時任百度副總裁的梁冬就曾如此「委屈」地表達過自己的想法，他說：「事實上在百度做市場部不是一件簡單的事情。這是一家有很多人不理解的公司，大部分時候事實上很沉默，它自己不做內容，它也不太會講自己的觀點，因此它有時候會受人質疑。再加上它是互聯網的一個體現，差不多互聯網有什麼，中文網頁有什麼，你在百度上就能搜到什麼。因此中國互聯網的諸多問題是泛泛的，就推到百度身上。比如MP3問題，實際上有沒有百度，互聯網各種音樂版本也在流傳，百度只不過是對互聯網的反映而已，可是互聯網是無形的，百度是有形的，因此他們就把對互聯網問題的質疑扣到了百度的頭上，所以帶來很多的誤解。做市場的人需要在很大程度上儘可能去消除這種誤解。」
其實，不僅百度自身在不斷地作著調整，隨著知識產權法律體系的逐步完善和我國加大對侵權行為的打擊力度，百度以前那些吸引流量的做法，在任何一個網站上都將逐漸減少。
從另一個方面講，成功上市的百度在獲得巨大利益的同時，也必須面對美國的法律體系。由於網路的無國界性，假如人們通過百度下載了免費的MP3等享有知識產權的東西，一旦有公司向美國法院提起訴訟，結果無外乎大筆的罰金與停止侵害，但造成的結果不僅僅是讓百度利益受損那麼簡單。隨之而來的負面影響是破壞百度的形象、降低投資者信心、股價下跌等不可挽回的局面。
百度的商業模式——搜索競價排名式，既是百度的制勝法寶、贏利關鍵，又讓百度遭遇了很多質疑甚至詬病。
儘管李彥宏對自己的搜索引擎十分有信心，並且早已提出了搜索引擎自信心定律，同時，百度也早已聲稱對競價排名的位置有限制並附有提示，但還不能打消人們的種種疑慮。搜狐副總裁王建軍此前表示，競價排名在中國要面臨惡意點擊的困擾。所以，這一模式能否在中國市場長期立足還有待時間的檢驗。和訊網CEO謝文也曾表示，目前百度競價排名的結果與搜索結果混在一起，讓人很頭痛。
Google的推崇者則更毫不掩飾對百度的質疑。他們認為，Google在商業上的成功來自於它對「搜索精神」的追求。Google每天要接受兩億多個搜索請求，平均在0.2秒鐘內掃描30億個網頁，對36種不同的語言進行搜索，並依據有關連接狀況所反映的重要性或普及程度對其瀏覽過的網頁進行合理排序。在互聯網上連接這一頁面的重要網站越多，該頁面的位次也就越高——這顯然是神奇的技術驅動而形成的模式。而在技術的背後則代表了一種本質的「搜索精神」：尊重信息客觀的來源、重要性和準確性，沒有任何主觀和人為的因素操縱信息的生成。
百度的搜索的信息背後，則隱藏著付費廠商或機構的利益和需求。在搜索熱門關鍵詞時，經常需要一頁一頁地越過那些冗長的付費廣告，才能找到需要的信息。因而有人得出了百度與真正的「搜索精神」背道而馳的理論。
更有極端的觀點，把百度的競價排名批評得一無是處。他們認為網民使用搜索引擎的目的是為了獲