馬雲剛開始創辦阿里巴巴做電子商務時，有人斷言：「美國模式是先做企業管理軟體，再做網上交易，阿里巴巴卻正好相反，所以一定會死。」馬雲雖然很受刺激忿忿不平，卻無法駁斥對方，「我覺得他贏不了我們，可我當時也不知道能否贏他們」。然而，這麼多年來，阿里巴巴不但沒有死，反而在繼續發展。
當年不做企業管理軟體並不代表此產品沒有市場。當電子商務領域一定要建立誠信體系時，馬雲開始銷售「誠信通」服務；要有交易市場，他就建立了阿里巴巴和淘寶網；要安全支付，他就推出了「支付寶」；要能方便地找到信息，他就收購了雅虎中國……當很多中小企業生意越做越大，需要軟體來管理企業的時候，馬雲又要做在企業管理與經營之間提供賺錢工具的服務提供商。
2007年新年剛過就推出的阿里軟體，是阿里巴巴流程再造的一個大手筆。其定位是向中小企業提供信息管理、客戶資源管理、市場營銷管理、成本控制管理、資金信用管理、風險防範管理、物流配送管理等一系列解決方案。它也成為阿里巴巴集團繼成立阿里巴巴、淘寶、支付寶及雅虎中國之後的第5家分公司。
2007年4月，阿里巴巴網和淘寶網推出「阿里軟體」系列免費試用版，這套軟體包括內貿版、外貿版和網店版。「阿里軟體」總經理王濤對「阿里軟體」的目標定位是：把電子商務延伸到中小企業內部，提供電子商務營銷工具、客戶管理、供應鏈管理等軟體工具。從中小企業的角度看，實際上是把本來由企業完成的部分管理與營銷功能外包給阿里巴巴。而一些用戶也這樣反饋：其實它根本就不是一個軟體，而是一個虛擬的職業經理人。
在馬雲描繪的公司新藍圖中，B2B主要是為中外企業貿易提供平台；淘寶網主要提供企業和個人對終端消費者的在線銷售；雅虎中國主要為企業和用戶提供低成本的在線營銷；支付寶主要為企業和個人提供強大的網上支付體系；阿里軟體主要幫助商人管理生意。在這五大平台上，信息、信用、溝通、支付等各大體系互相支持、互相影響，非常完備。對這五大平台進行整合之後，阿里巴巴將拓展更多的新業務。
「阿里軟體」成立時，中國有2000萬家企業進行電子商務，但使用管理軟體的企業只佔20%。在馬雲看來，這並非中小企業不夠開放，而是軟體產業的發展不合理。由於它操作複雜、成本較高，很難在中小企業中進一步普及應用。此時，製作一種低門檻的軟體便成為關鍵，這也是「阿里軟體」從中小企業切入的原因所在。
阿里巴巴學院總監張璞說，任何人都可以像登錄郵箱一樣進入自己的企業資料庫，所有的企業信息化功能都可以輕而易舉地實現。馬雲堅信「阿里軟體3年後將成為中國最出色的軟體公司」，他要實現讓客戶「Work at Alibaba」的目標。
考慮到安全因素，「阿里軟體」採取了SAAS（在線軟體服務）模式。因為不用安裝客戶端軟體就可以使用，還能幫助客戶安全保存數據，所以可以防止病毒攻擊，非常安全。為了讓「阿里軟體」SAAS模式的軟體產品迅速走紅，馬雲還拉來軟體霸主微軟。根據雙方的協議，微軟將其電子商務服務平台、企業管理、辦公自動化、企業通訊系統等針對中小企業的所有軟體產品統統打包，通過阿里巴巴在線平台向2000萬中小企業銷售。
雖然馬雲一向樂觀，但現實依然嚴峻。在他的競爭對手名單上，SAP、甲骨文、用友、金蝶等國內外企業管理軟體巨頭早已赫然在列，未來幾年，馬雲與他們的殘酷搏殺在所難免。不過在短期內，馬雲的市場目標不會和以上巨頭重合，阿里巴巴空間依然很大。況且，馬雲從來就是一個不怕強大對手的俠客，在與eBay的廝殺中，他將對手比喻為海里的鯊魚，自己是長江里的鱷魚。如果在大海里對抗，自己鬥不過對手；但如果在江河裡較量，馬雲相信自己能贏。見招拆招是馬雲慣用的獨門功夫，在這個快魚吃慢魚的年代，馬雲懂得如何讓「阿里軟體」跑得更快。
為了用互聯網做中小企業的生意，馬雲選擇直接進入全球競爭，他收購雅虎中國、聯手銀行、藉助中國郵政，這一切都是其「天下沒有難做的生意」思維的貫徹執行。開發阿里軟體，則是馬雲「讓天下沒有難做的生意」的個人使命惠及他人的又一傑作。
馬雲在解決客戶流、物流、信息流、貨幣流之後，如何幫助更多的中小企業走向電子商務成為他接下來要思考的問題。商路並非坦途，不會一帆風順，在競爭日趨激烈的互聯網經濟時代，馬雲還需要發揮更多的智慧來擴張他的電子商務帝國。