從1999年8848等電子商務網站風起雲湧開始至2004年底，我國互聯網用戶已經高達9400萬，而電子支付一直是電子商務發展過程中最重要的環節。然而正是對這個環節的安全因素的顧慮，使得電子交易的普及與發展受到了巨大阻礙。曾經出現的「網銀大盜」和「證券大盜」等案件一時間鬧得人心惶惶，為電子支付業務的發展蒙上了一層陰影。
有調查顯示，Web2.0時代，在選擇電子支付所考慮的諸多因素中，64.5%的商戶首選安全因素，39.8%的商戶很關注電子支付是否快捷和方便。這兩點也是支付公司和銀行共同關心的問題，因為支付產業從某種角度上講就是安全產業。從技術角度看，國內電子支付的安全係數遠遠高於國外，但是從支付安全管理的角度看，與國外還有一定距離。
對於這一問題，馬雲一直非常焦慮，他認為電子商務首先應該是安全的電子商務，一個沒有安全保障的電子商務環境是無真正的誠信和信任可言的，而要解決安全問題，就必須先從交易環節入手，徹底解決支付問題。雖然他的思考從未停止過，但一直找不到好的解決辦法。
2003年，馬雲參加完達沃斯會議之後，全球競爭的氣息和電子商務的迅猛發展速度讓他不得不重新思考電子支付的安全問題。當時的狀況是，銀行可以做電子商務支付卻不知道該怎麼做，阿里巴巴知道怎麼做卻不能做，因為他們沒有資金。如果跨國公司在中國做了電子商務支付，如果未來70%～80%的資金流走的都是電子商務，這對國家的經濟安全來說是個巨大挑戰。所以，馬雲必須跟各家商業銀行聯合。
2003年10月，阿里巴巴首先在淘寶網推出了獨立的第三方支付平台——支付寶，正式進軍電子支付領域。支付寶的業務運作流程是：買家在確定購物後，先將貨款匯到支付寶，支付寶確認收款後通知賣家發貨，買家收貨並確認滿意後，支付寶匯款給賣家完成交易。買賣雙方通過支付寶進行交易不收取任何費用。在交易過程中，支付寶作為誠信、中立的第三方機構，起到了保障貨款安全及維護買賣雙方利益的作用。
經過2004年的努力，「支付寶」分別同工商銀行、建設銀行、招商銀行、農業銀行達成戰略合作關係。憑藉2004年初投資3700萬美元建設的電子商務軟體研發中心的強大支持，「支付寶」順利完成功能的強大升級，並於2005年2月推出了「全額賠付」制度，對於使用支付寶而受騙遭受損失的用戶，支付寶公司將全部賠償其損失。
此外，支付寶公司還將「全額賠付」制度擴展至阿里巴巴B2B市場，以及所有採用支付寶支付工具的電子商務公司。這種主動全額賠付以保障用戶利益的做法，在國內電子商務網站尚屬首例。這一制度一方面表明了阿里巴巴解決電子商務支付問題的決心，另一方面也顯示出阿里巴巴對「支付寶」產品的絕對信心。
馬雲曾經比喻說，在阿里巴巴家族裡，阿里巴巴是個泥腿子，是大哥，要供弟弟妹妹上大學；淘寶是個小妹妹，性格活潑，可以拿大哥的錢去買花裙子，現在初中畢業，將來要供她上復旦大學；老三是支付寶，現在才上小學，但最有志氣，將來可能扛起養家的重擔，所以大哥將不惜一切代價供她上美國的哈佛大學。正因如此，馬雲表示阿里巴巴在未來幾年將全力投入產業建設，這個環境建立起來，這個生態鏈建立起來，支付寶業務才能發展起來。
截至2008年8月28日，支付寶用戶已超過1億，支付寶每天有超過200萬筆的交易產生，日交易總額超過4.5億元人民幣。除淘寶和阿里巴巴外，支持使用支付寶交易服務的商家已經超過46萬家，涵蓋了虛擬遊戲、數碼通訊、商業服務、購買機票等多個領域，甚至包含4000億的龐大公共事業繳費市場。支付寶的強大功能正日益顯現。
如今，當我們打開淘寶網支付頁面，就可以看到與支付寶有合作關係的12家銀行中，招商銀行、廣發銀行、中信銀行、光大銀行將信用卡支付單筆消費額度控制在了500元內；民生銀行、深發展銀行、興業銀行和農業銀行只支持借記卡支付，不支持信用卡支付。
由此可見，各家銀行的態度並不統一，馬雲需要重新調整與銀行的合作方式問題，創造更為合理的共贏局面。當然，這些只是利益分配層面的問題，並不會撼動支付寶在解決電子商務領域資金支付安全方面的重要地位。
將銀行與電子商務結合起來，推出支付寶業務，馬雲巧妙地解決了困擾行業發展的支付安全問題。這不僅為自己解決了困難，為銀行創造了機會，也為廣大的用戶解除了後顧之憂，是對合作多贏這一經商追求的經典解讀。