1999年，張瑞敏在讀了世界經濟年會的報告後，對於中國企業的組織結構模式，深為憂慮地表示：企業內部的組織結構、組織體系要能夠適應外部市場的變化。外國企業在市場經濟中久經拼殺，仍然感到內部組織的調整跟不上外部市場的劇烈變化，而中國有很多企業依然在搞官本位。另外，內部還是直線職能式的結構，金字塔形的，肯定不能適應外部的變化。
20世紀80年代，海爾同其他企業一樣，實行的是「工廠制」。集團成立後，1996年開始實行「事業部制」，集團由總部、事業本部、事業部、分廠四個層次組成，分別承擔戰略決策和投資中心、專業化經營發展中心、利潤中心、成本中心的職能。
職能式管理是很多企業目前還在採用的管理模式，這種結構在企業規模比較小的時候會很有效。海爾集團在名牌戰略階段基本上採用的就是這種結構。在發展初期，當時企業小且產品單一，只有600多人，採用直線職能式組織，下達命令指揮到底，效率相當高。隨著企業的成長，產品多元化、員工人數增加，直線職能式組織對發展已造成阻礙。為加快產品開發和生產速度經常會組成臨時項目小組，完成任務就解散，因此，就開始採用矩陣式組織結構，以適應產品多元化的發展。
矩陣式管理模式分成橫坐標和縱坐標。橫坐標是各個職能部門，如財務、供應和計畫等；縱坐標是各個項目，如冰箱項目、洗衣機項目和空調項目等。其特點是不再以職能為中心，而是以項目為中心。這樣，即使同時展開很多項目，也不會產生混亂的現象。調整後的管理模式支持了多元化戰略的發展。
但矩陣式組織結構也有很多弊病。每個部門都要服從於項目，但是主管該項目的人卻由其所屬的職能部門進行考核，有時候會發生衝突。所以海爾集團又過渡到市場鏈管理模式。
市場鏈管理模式就是把市場經濟中的利益調節機制引入企業內部。在集團的宏觀調控下，把企業內部的上下流程、上下工序和崗位之間的業務關係由原來的單純行政機制（即縱向依靠自上而下的計畫安排和行政指令，橫向依靠會議調度和上級命令協調，下級只服從上級，只對上級負責）轉變成平等的買賣關係、服務關係和契約關係，通過這些關係把外部市場訂單轉變成一系列內部市場訂單，形成以「訂單」為中心、上下工序和崗位之間相互咬合、自行調節運行的業務鏈。採用市場鏈管理模式後，海爾集團不僅讓整個企業面對市場，而且讓企業里的每一個員工都去面對市場。整個企業的核心業務流程圍繞訂單來展開。
張瑞敏說，海爾僅組織結構的調整就有40多次，對他們來講，這一場自身的革命其實是非常痛苦的。提出流程再造的哈默博士曾經有一句話：流程再造就是企業的一場革命。而且他還引用了毛主席語錄「革命不是請客吃飯」，來說明這對企業自身是一件非常非常困難的事情。即便如此困難，企業還是要做下去，因為即使自身動手術非常痛苦，也比不動手術安樂死要好得多。
從本質上說，海爾的組織結構經歷了從直線職能式結構到矩陣結構，再到市場鏈結構的兩次大變遷。直線職能式結構就像一個金字塔，下面是最普通的員工，最上面是廠長、總經理，它的好處就是能比較容易地控制到終端。直線職能在企業小的時候，「一竿子抓到底」，反應非常快。但企業大了，這樣就不行了，這種結構最大的弱點就是對市場反應太慢。為了克服這一問題，海爾改用矩陣結構。這種組織形式的企業發展多元化的階段可以比較迅速地動員所有的力量來推進新項目。
海爾的組織結構調整取得了巨大的成功，也引發了國內其他企業的模仿學習。學習其他企業的先進經驗本無可厚非，但是應該從本企業的實際出發，因時因勢利導，推動自身的變革。
戰略的變化將決定組織結構的形式。沒有哪種組織結構（職能制、事業部制或矩陣結構）可以適應任何經營環境和戰略。但並非所有的組織結構在任何環境下和不同的戰略條件下都可以發揮出同樣的作用。適者生存，只有那些在環境發生變化、企業經營戰略進行調整之後，對企業的組織形式迅速進行調整的企業才能在激烈的競爭中生存。