「如意計畫」失敗了，日本在戰場上同樣不好過。1945年7月26日，中美英三國聯合發表《波茨坦公告》，敦促日本儘快投降，以避免更大的災難，但被日本政府拒絕。8月6日這天中午，岡村寧次把石井四郎和黃向東叫到辦公室，面色嚴肅地說：「『如意計畫』的失敗，你們二人有不可推卸的責任，我準備上報鈴木首相和梅津參謀總長，送你們兩人回日本，接受軍事法庭的審判。」
還沒等黃向東回過神來，石井四郎拍案而起，「我為了大日本帝國的霸業付出半生，憑什麼送我上軍事法庭？」
岡村寧次不悅地道：「你們兩人策劃的這個『如意計畫』不但給我帶來麻煩，也打亂了日本在東亞的戰局，這麼大的罪責，還敢問憑什麼？」
石井四郎重重地哼了一聲，「總司令這麼說，有點太傷人心了吧？我們就算沒有功勞也有苦勞。當初全日本沒有一個醫學專家願意研究如意病毒，只有三條洋平站出來；為了這個計畫，我跑遍軍政兩界，還不是為了大日本，難道是為了我自己嗎？不管成敗，至少我們都在努力！」
「可你的努力為什麼換來這種結果？你不是說每個步驟都經過數百次試驗嗎？」
「病毒的研製工作很複雜，要由幾百人共同完成，我和三條洋平中佐又不是神仙，怎麼可能逐個在他們背後監督？」石井回答。
「就算是你們的部下操作失誤，那你們也是他們的上司，逃不掉失察和監督不力的罪責。」岡村寧次哼了幾聲。
黃向東面無表情地說：「要是照山田總司令的說法，您也是石井中將的上司，照樣有失察和監督不力的責任。」
岡村寧次大怒，指著黃向東的鼻子罵道：「巴嘎！你竟敢這樣對我講話，你算什麼東西！」他霍地站起來，迅速繞過桌子來到黃向東面前，抬手就是四記狠狠的耳光，打得黃向東腦中嗡嗡作響，鼻子和嘴角全都滲出鮮血。但黃向東知道日本的軍紀極嚴，上司抽下級耳光，是絕對不能躲避的，他只好咬牙忍住，岡村寧次越打越怒，啪啪啪連續抽個沒完，黃向東眼前金星亂冒，眼看著就要支持不住了。他甚至想一腳踹倒對方，再找個什麼東西砸死這傢伙算了，臨死也能拉個人墊背，總好過被打死。
石井四郎再也看不下去，他猛然站起身，伸手死死抓住岡村寧次的手臂，說：「岡村長官，您不能把三條君活活打死！」
「你也想來指責我？」岡村寧次惡狠狠地瞪著他。
「我當然不敢指責岡村長官，但『如意計畫』是天皇陛下親自簽署命令實施的，就算處罰也要首相甚至天皇本人親自下令才行。我看總司令還是消消氣，不然對身體不好！」石井四郎在軍界人脈很廣，連梅津美治郎也得給幾分面子。岡村寧次和他僵持不下，忽然電話鈴聲響起，這是岡村司令辦公室的專線，沒有特殊事務，沒人敢把線路接到這裡來。
石井四郎鬆開手指，岡村寧次瞪了他一眼，走到桌前接起電話，「是哪位？」
聽了十幾秒鐘，岡村的臉像變色龍一樣從白到青，從青到黑，又從黑變成白。他顫抖著聲音問：「到底什麼炸彈有這麼大威力？軍方和政府表態了嗎？是美國人乾的？」又過了半分多鐘，他才鬆開話機，呆立在桌前一動不動。
石井四郎和黃向東對視幾眼，石井四郎問：「總司令，出了什麼事？難道是病毒又出現了？」
岡村寧次慢慢轉過頭，說：「剛剛接到日本方面的密電，說今天上午九點鐘，一架美國轟炸機在廣島市上空投下一顆威力巨大的炸彈，到目前為止至少死亡十萬人，幾萬幢建築被毀，廣島市成了廢墟。」
「什麼？」石井四郎和黃向東都驚呆了，「有這種炸彈？這怎麼可能？」
岡村寧次走到桌旁，自言自語：「以前曾經聽說美國人在秘密研製一種利用原子核裂變原理的炸彈，一顆神像大小的原子彈，威力相當於十幾萬噸TNT炸藥，難道就是它？」
兩人面面相覷。岡村寧次又拿起話機，接通電訊部的電話，要他們立刻發密電給東京大本營。石井四郎朝黃向東使了個眼色，兩人悄悄退出辦公室。
在走廊里，黃向東用手帕擦著臉上的血跡，石井四郎默不作聲，兩人各懷鬼胎。黃向東暗罵：「狗日的岡村寧次，今天讓你占點便宜，等有機會一定要讓你付出代價！」
當晚，石井四郎來到黃向東的宿舍，秘密商量「如意計畫」失敗處罰的事。石井說他已經託人給日本陸軍本部的朋友發過密電，就算送到日本軍事法庭，對方也會全力保護他們。黃向東心事重重，他可不想在日本成為犯人去礦場採石頭。
三天後的下午，岡村寧次又把兩人叫到辦公室，他神色沮喪，說剛剛接到密電，今天早晨蘇聯方面突然調動一百多萬軍隊對日軍發起猛攻；上午十一點多美國又在日本城市長崎投下第二顆原子彈，估計死亡人數不低於五萬。
接二連三的沉重打擊，讓石井四郎也發了蒙，美蘇雙面夾攻日本，這怎麼頂得住？而且美國人到底有多少原子彈？要是每天都扔這麼一顆，日本國豈不是要從世界地圖上抹掉了？
岡村寧次沉著臉說：「之前我曾經和蔣介石溝通過，想和國民黨政府講和，被蔣介石拒絕了。別看美國人和蘇聯人共同欺負日本，我們也不會示弱。畢竟我們在中國還有八十萬軍隊，寧為玉碎，不為瓦全，我準備全面發動『玉碎戰』計畫，與三方軍隊血戰到底！」
對這個事情，石井四郎明顯表現得已經沒了激情，他早就看出日本在戰爭中敗局已定，什麼「玉碎戰」，無非是再多死幾個人罷了。他和黃向東商量，準備以整頓東鄉部隊殘局為由，儘快溜回哈爾濱。又過了三天，岡村寧次再次把兩人叫來，並把一封電報放在桌上，讓兩人觀看。
石井四郎拿起電報，見最上面寫著「陸第67號絕密」的字樣，看過內容後，石井四郎覺得雖然在意料之外，但同時也在情理之中。密電中說，日軍大本營準備接受《波茨坦公告》，向中國政府投降。
岡村寧次問：「石井中將，你怎麼看？」
「我覺得大本營做出這樣的決定，雖然令人很難接受，但似乎也沒有更好的辦法。」石井四郎不痛不癢地回答。
岡村寧次猛捶桌面，怒道：「什麼沒有更好的辦法？大日本帝國怎麼可能會向支那人投降？我將會給參謀總長和陸軍大臣發密電，強烈抗議大本營的這種荒唐想法，『玉碎戰』必須執行！」
石井四郎假裝勸解，「密電中只說大本營有這個想法，並不是最終的決定，我們還有機會。」
「是的，還有機會，我這就發密電！」岡村寧次像孩童賭氣似的撥電話對電訊部下達命令。
又過了三天，石井四郎實在不想在這裡浪費時間，他準備正式提出回哈爾濱。上午十點半鐘，岡村寧次又把他叫到辦公室，石井四郎已經厭煩了這種形式，心想我又不是你的參謀長，不必什麼事都和我說吧？岡村寧次再把一封密電扔在桌上，這回他的臉上沒有任何錶情，只有麻木。
石井四郎拿起密電一看，也愣住了，這封「陸第68號絕密」的電文說天皇陛下已經決定接受《波茨坦公告》，並將在8月15日中午12點整通過電台向全世界發表講話。
「就是說，還有一個半小時了？」石井四郎看了看手錶。
岡村寧次沒回答。
中國派遣軍司令部的兩千多名日軍齊聚南京鼓樓廣場東側，整齊地擺出一個隊形，如此多的軍人卻沒發出半點聲響。如果閉上眼睛，甚至完全感覺不到身旁有人，好像身處無人的廣場。廣場上的電線杆頂部支著兩個大號電喇叭，黃向東筆直地站在石井四郎身後，不知道日本天皇要說些什麼。到了12點整時，從喇叭中傳出一個中年男人渾厚的聲音：「全世界日本聽眾，這次廣播極其重要，請所有聽眾起立。天皇陛下現在向日本人民宣讀詔書，讓我們以尊敬的心情播送玉音。」
這是日本最有名的播音員和田信賢的聲音，平時只有逢重大新聞的時候才由他來播音。他說完之後，所有日本軍人再次立正站直。這時，廣播中響起另一個略微蒼老的男人的聲音：
朕深鑒於世界之大勢與帝國之現狀，欲以非常之措置，收拾時局，茲告爾忠良之臣民。朕已命帝國政府通告美、英、中、蘇四國，接受其聯合公告。
蓋圖謀帝國臣民之康寧，同享萬邦共榮之樂，乃皇祖皇宗之遺範，亦為朕所眷眷不忘者。曩者所以對美、英二國宣戰，實亦出於庶幾帝國之自存與東亞之安定……失信於世界，朕最戒之。宜念舉國一家，子孫相傳，確信神州之不滅，任重而道遠，傾全力於將來之建設，篤守道義，堅定志操，誓期發揚國體之精華，勿後於世界之潮流。望爾等臣民善體朕意。
內容不長不短，大概講了十幾分鐘後廣播結束。日本天皇極少在廣播中講話，所以能聽出他聲音的人不多，但內容擺在這裡，顯然就是裕仁天皇本人的聲音。雖然措辭還是端著天皇的身份和架子