朝鮮王廷退到義州後，朝鮮水軍以及各地蜂擁而起的義軍取代政府軍成為對日作戰的力量。為了能夠沿朝鮮西海岸進行補給，日軍打算徹底消滅朝鮮水軍。
六月二十三日，豐臣秀吉命令九鬼嘉隆、脅坂安治、加藤嘉明組成聯合艦隊，務必全殲李舜臣水軍。七月份脅坂安治獨自帶著自己的艦隊駛離釜山港向西尋找朝鮮水軍主力決戰，此次脅坂安治帶來了七十三艘戰艦，包括三十六艘安宅船，二十四艘關艦，十三艘快艇。
七月五日，李舜臣水軍艦隊駛出麗水港基地與元均水軍艦隊會師於露梁海峽，六日，朝鮮水軍向東和日軍的偵察船遭遇，看到朝鮮艦船後，日軍偵察船掉頭就跑。
「趕快追吧！」元均說道。
「此處水域太淺，還是先派幾條艦艇將敵艦引到閑山島水域，然後再合圍。」李舜臣說。
日軍偵察艦返回像脅坂安治報告了前方情況，脅坂安治抽出千里鏡向遠處眺望，此時幾艘朝艦正駛來，脅坂安治立刻下令做好戰鬥準備。六艘朝艦行駛速度飛快，不一會就行駛到日艦跟前，不由分說朝著兩艘日艦開火，兩艘日艦的前庭瞬間被打穿，海水灌了進來，兩艘戰艦已開始下沉，脅坂安治還沒有反應過來，六艘朝艦已經調頭就跑。
「追！」脅坂安治拔出戰刀喊道。
前方六艘朝艦向西駛去，脅坂安治在後面緊緊追趕，轉眼間已經離海岸線很遠了，脅坂安治突然意識到已經到了閑山島海域，脅坂安治回頭一看，幾十艘朝艦從後面駛來，脅坂安治急忙發信號命令南撤，此時，朝鮮水軍艦隊的兩翼截去南北水路，原先的六艘朝艦又回過頭來填住西邊缺口，脅坂安治的七十三艘戰艦全部被圍，朝鮮戰艦對著日本戰艦猛烈開火，朝鮮戰艦的包圍圈越來越小，日本戰艦像被煮了餃子一樣，在包圍圈裡亂轉，有的日本戰艦朝自己戰艦開火，朝鮮水軍的幾艘龜船直接撞向日軍戰艦，一些體積小的日本戰艦被撞的東倒西歪。日軍戰艦裝備的大筒殺傷力遠不如朝鮮戰艦裝備的火炮，雙方在黃海海域血戰一天，一直到夜晚，脅坂安治帶著十四艘快艦逃出包圍圈跑到金海灣向在釜山的九鬼嘉隆、加藤嘉明求援。
得到消息的九鬼嘉隆、加藤嘉明率四十二艘戰艦前來助戰，日軍艦隊開到安骨浦便拋錨駐紮。七月十日，李舜臣、元均、李億祺率領六十艘戰艦直撲安骨浦。
九鬼嘉隆拿著瞭望鏡看著遠方，遠處朝鮮戰船急速行來。
「來的好快啊！」九鬼嘉隆自言自語道。
九鬼嘉隆隨即命令所有船隻駛入港內，避戰，同時命令五艘安宅船停靠在入口處阻止朝艦的進入。
「港內狹窄、水淺，不適於大規模作戰，我看將艦隻分成小組輪流對日艦進行打擊。」李舜臣說道。
「不行，如果分組攻擊，攻擊組在撤退的時候會遭到敵艦的還擊。」元均說道。
朝鮮水軍的四艘龜船在前航行，十幾艘挾船跟在後面，四艘龜船駛入安骨浦後立即遭到日艦的打擊，日艦的大筒根本無法打穿龜船的硬木外殼，一艘日艦反而被一艘衝過來的龜船前面的鐵釘戳破船身，海水灌了進來，船上日軍紛紛撤離，龜船內的朝軍用火炮和弓箭向日艦射擊，龜船後的十幾艘挾船也不斷向日艦開炮，門口的五艘日艦迅速被打垮三艘，剩下兩艘急忙向浦內撤去，此時，四艘龜船徑直向日艦群中駛去，九鬼嘉隆大駭，連忙命令四艘輕舟前去攔截，四艘龜船直接向疾駛過來的四艘輕舟撞擊，四艘輕舟被撞得人仰馬翻。四艘龜船越過防線，直接駛入日艦中央，船頭的烏龜嘴裡噴出煙霧，煙霧四散開去，日艦周圍頓時煙霧籠罩，日軍目不能視，日艦在煙霧中亂撞。李舜臣指揮著三十多艘輕型板屋船駛入浦內，對著煙霧中的日艦開火。
有些日軍跳到龜船上企圖砸碎龜船的外殼，但龜船表面的鐵釘令日軍無法攀爬，無數的火箭射向日艦，許多朝鮮士兵攀到日軍船隻上跟日軍搏鬥，也有許多日本士兵攀爬上朝鮮戰艦跟朝軍搏鬥，此時，浦外的朝軍搭乘鮑作船前來援助，一艘艘日軍戰艦被焚毀，最終，九鬼嘉隆、加藤嘉明帶著一千多人退回岸上。是役，日軍船艦全部被焚毀或擊沉，日軍損失兩千多人，朝鮮水軍損失一艘龜船，七艘挾船。閑山島和安骨浦海戰後，李舜臣又揮師東進，於八月二十三日抵達釜山港，日軍在釜山港內堅守不出，依靠繳獲的朝軍佛朗機炮據守，李舜臣對釜山發動猛攻，釜山港內炮彈橫飛，殺聲震天，經過一整天昏天黑地的拚殺後，李舜臣重創日軍水軍主力後返回麗水港。
經過閑山島、安骨浦兩次海戰，朝鮮西海岸和西南海岸的制海權完全被朝鮮水軍掌控，且李舜臣經常在釜山與對馬島之間巡曳，日軍已無法通過海路沿西南海岸和西海岸補給，且對釜山的補給也沒以前那麼順暢，日本陸軍的攻勢應聲而降，戰局已漸漸進入相持階段，閑山島、安骨浦海戰成為第一次朝鮮戰爭的轉折點。
除了李舜臣的水軍對日軍的打擊外，各地的義軍也蜂擁而起。朝鮮自古就有興起義軍的傳統，當年蒙古入侵高麗，各地義軍紛紛興起，高麗王室全部搬遷至江華島長達四十年拒不投降，此次，日軍入侵朝鮮，各道義軍也是紛紛興起，慶尚道的郭再佑、平安道的鄭仁弘、黃海道的李廷馣、江原道的金千鎰、忠清道的趙憲、京畿道的李元吉、咸鏡道的鄭文孚、全羅道的高敬命，八道義軍不斷對日軍進行騷擾、打擊，一些重要的城市不斷地攻防易守，日將中川秀政遭忠清道義軍俘虜後，被斬首。
地處忠清道的清州城位於忠州城西南部，從南原、全州至漢城，清州乃必經之地。鎮守清州的是第五軍團福島正則手下的五百兵馬，忠清道的義軍首領趙憲隨即醞釀發動清州戰役。
清州城的日軍不斷的在周圍村莊搜刮糧食，強行攤派，八月一日，幾十個朝鮮村民推著十幾車糧食要從清州西城門進入，被守城的日本士兵攔住了，當守城的日本兵發現是送糧食的朝鮮人後，頓時大喜，放眾人入城。這幾十個朝鮮村民入得城後，便從車上抽出刀來殺向守城的日本兵。
守城的十幾個日本兵被幹掉後，埋伏在西城門外的趙憲率領義兵，僧人休靜的三弟子靈圭率領僧兵衝進城去，城內日本兵立刻跟這伙義兵打了起來，此時，附近各個村子的村民都拿著鋤頭、鐮刀奔了過來，聲勢越來越浩大，幾百日兵膽寒，遂向忠州撤去。
在慶尚道義兵統領郭再佑、金沔的持續打擊、騷擾下，慶尚道的日軍自登陸以來一直沒有打入全羅道，李舜臣水軍基地位於全羅道南部麗水港，如果想從陸上搗毀李舜臣的基地，必須打入全羅道，另外，全羅道大部分都是平原，氣候濕潤，農作物茂盛，故而全羅道就成了朝日雙方爭奪的焦點，打入全羅道有兩條線路：一條線路是從錦山南下，另一條線路從晉州西進，所以錦山和晉州的戰役先後打響。
駐守在錦山的是小早川隆景部，為了阻止小早川隆景南下掃蕩全羅道，全羅道六十歲義兵首領高敬命於七月九日，率軍北上攻擊錦山城，高敬命和兒子高因厚連同手下義軍全部戰死。八月十八日，忠清道義兵首領趙憲、僧人靈圭帶領二千義兵南下繼續攻打錦山。
小早川隆景站在錦山城頭望著遠方笑曰：「這幫烏合之眾，打下清州就得意忘形了，真以為自己能打錦山了。」
小早川秀包拿出千里鏡看了看說：「來勢洶洶啊，我們也不能輕敵。」
「馬上通知金山的立花宗茂讓他截殺朝軍的歸路。」小早川隆景說。
趙憲的義兵和靈圭的僧兵來到錦山北城門下隨即發動進攻。
小早川隆景麾下一萬日軍開始守城，朝鮮義兵架起梯子開始攀登，城上日軍的鐵炮和弓弩射下來，朝軍紛紛倒地，趙憲仍指揮著眾人衝擊，日軍在城上不斷將石塊、重木扔了下來，持續兩個時辰的進攻仍是無繼於事，義兵和僧兵傷亡慘重，趙憲兒子也戰死，趙憲遂停止了攻擊。
義兵剛要休整，北門大開，端著鐵炮的日本兵沖了出來，對著義兵和僧兵放槍，朝軍隊伍大亂，紛紛向北奔逃，小早川秀包帶人在後追殺，一路都是義兵和僧兵的屍體。義兵和僧兵一直跑到天黑才擺脫日軍的追擊，此刻，已是疲憊不堪，趙憲清點了一下人數，只剩幾百人，趙憲看著眾人狼狽的樣子，想起戰死的義兵和僧兵，還有自己的兒子，心如刀絞。
「義士莫要悲傷，勝負乃兵家常事，我們還是蟄伏起來，繼續招兵，等待時機。」靈圭對趙憲說道。
趙憲點了點頭。
突然，隊伍大亂，無數箭簇向這裡飛來，周圍義兵紛紛倒地，四周有大批日軍殺來，原來是立花宗茂的伏兵殺到。趙憲和靈圭帶著眾人還擊，趙憲掄刀劈死幾個日軍後被日軍用刀刺死，僧人靈圭胸部被鐵炮擊中陣亡，最後剩下的幾百名義兵和僧兵仍繼續跟日軍戰鬥，直到全部陣亡。
打敗朝鮮義軍後，小早川隆景隨即率大軍南下奪取全羅道，小早川隆景大軍路過全州時，被全羅道巡查使李洸的部將權慄在梨峙設伏，日軍損失慘重，