時至2016年，主導世界的是自由主義的各種思想：個人主義、人權、民主、自由市場。然而21世紀的科學正在破壞自由主義秩序的基礎。如同前面提到其他宗教時的情形，科學不討論價值觀的問題，因此無法論斷自由主義的「自由比平等更重要」或「個人比集體更重要」這些抽象倫理判斷究竟是對是錯，但自由主義的基礎同樣有它深信不疑的事實聲明，而這些事實聲明就是過不了科學審查這一關。
自由主義重視個人自由，是因為相信人類有自由意志。自由主義認為，選民和顧客的決定既不是命中注定，也不是任意隨機的。雖然人都會受到外部力量和隨機事件的影響，但到頭來，人人都揮著自由的魔杖，為自己做決定。正因為如此，自由主義認為選民和顧客至上，也總告訴我們要隨心而為、做讓自己快樂的事。是我們的自由意志讓整個宇宙充滿意義，外人絕不可能知道你真正的感覺，也不可能預測你會做什麼選擇，所以你也不該讓外人來決定你的興趣和慾望。
「人類有自由意志」看起來彷彿不是倫理判斷，而是對世界的事實描述。然而，雖然這種說法在洛克、盧梭或傑斐遜的時代可能很有道理，但根據生命科學的最新發現，卻已經不再成立。自由意志與當代科學之間的矛盾，已經成了實驗室里的一頭大象，許多人假裝專心看著顯微鏡和功能性磁共振成像掃描儀，而不願面對這個問題。
在18世紀，智人就像個神秘的黑箱子，我們完全不知道它的內部如何運作。所以如果有人拿刀把另一個人刺死，學者想問原因的時候，一個聽起來有說服力的答案會是：「因為殺人者自己做了這個選擇，用自由意志選擇了謀殺；也因為如此，他必須對自己犯下的罪負全責。」而到了20世紀，科學家打開了智人這個黑箱子，既沒找到靈魂，也沒找到自由意志，只找到基因、激素、神經元，遵守著與世界其他所有事物都相同的物理和化學法則。時至今日，如果有人拿刀把另一個人刺死，學者想問原因，再說「因為他自己做了這個選擇」已經不再具有說服力。基因學家和大腦科學家反而能提供更為詳細的答案：「他之所以會這麼做，是因為特定基因構造讓大腦出現某種電化學反應，而基因構造反映的是從古至今的進化壓力及突變的結果。」
會導致謀殺的大腦電化學反應，可能來自生物預設（deterministic）、隨機或兩者的結合，而並非「自由」。例如，神經元之所以放電，原因可能是生物預設，只要遇到外部刺激便如此反應；也有可能是隨機事件，比如因為某個放射性原子忽然自發分解。但不論哪一種，都沒有「自由意志」插手的餘地。如果是遇到刺激、引發一連串生化事件形成的連鎖反應，每個事件都由前一個事件決定，最後形成的決定當然不算自由意志。至於如果是原子隨機自發分解造成的決定，就只是單純的隨機而已，當然也不算自由意志。至於隨機事件加上生物預設的情況，也就是後果可能發生，也可能不發生，但同樣不可能等於自由意志。
假設我們研製出一個機器人，再把機器人的中央處理器連接到一塊放射性鈾上。只要遇到需要二選一的情境（例如，要單擊右鍵或左鍵），機器人就會計算前一分鐘衰變的鈾原子數。數字是偶數，就單擊右鍵；數字是奇數，就單擊左鍵。這樣一來，我們永遠不可能預測這個機器人究竟會如何選擇，但不會有人認為這是機器人的「自由」選擇，也不可能讓它參與民主投票，或要求它對自己的選擇負法律責任。
所以，就目前最先進的科學來看，人的選擇不是生物預設就是隨機，兩者就像蛋糕一分為二，沒有哪一小塊屬於「自由意志」。到頭來，我們奉為神聖的「自由」就像「靈魂」一樣，只是個空虛的詞語，只存在於人類發明的想像故事中。
進化論像為自由的棺材釘上的最後一根釘子。「永恆的靈魂」在進化論面前就是說不通，而「自由意志」也是如此，否則如果人類真是自由的，哪有自然選擇的餘地？根據進化論，動物做的所有選擇（選擇棲息地、食物或伴侶）都是基因密碼的反映。如果有適當的基因，讓一隻動物選了營養的蘑菇、挑了健康而有生育力的伴侶，這些基因就能傳到下一代。如果基因不適當，讓這隻動物選了有毒的蘑菇、挑了虛弱的伴侶，這些基因就會滅絕。然而，如果這隻動物真能「自由」選擇吃什麼、與誰交配，自然選擇就無用武之地了。
碰上這樣的科學解釋，人們常常裝作沒看見，說他們「覺得」自己很自由，都依自己的意願和決定行事。這麼說確實也沒錯，人類能夠依自己的慾望行事。如果所謂「自由意志」指的就是「依自己的慾望行事」，那麼人類確實有自由意志。但這樣說來，黑猩猩、狗和鸚鵡也一樣有自由意志。鸚鵡學會說「我想吃餅乾」之後，還真能有餅乾吃呢。但這裡最重要的問題並不在於鸚鵡或人類能不能根據內在慾望採取行動，而是究竟能不能選擇要產生什麼慾望。為什麼鸚鵡想吃餅乾而不是想吃黃瓜？為什麼我想把討厭的鄰居一槍斃了，而不是把另一邊的臉頰轉過去讓他打？為什麼我這麼想買紅色的車，而不買黑色的車？為什麼我想投的是民主黨，而不是共和黨？這些都不是我的「選擇」。我之所以覺得腦中浮起某個願望，是因為大腦里某種生化過程創造出的感覺。這些過程可能是生物預設，也可能是隨機發生的，但絕不是自由意志。
你可能會說，至少當要把鄰居殺了或選舉投票的時候，並不是用當下瞬間的感受來做選擇，而是經過了長期思索，細細思量了各種重要論據。然而，檯面上就是有那麼多種論據，有的會讓你投給民主黨，有的會讓你投給保守黨，還有些會讓你投給英國獨立黨，或是乾脆待在家裡。是什麼讓你選擇了某種論據，而不是另一種論據？在腦中的中央車站，我可能會因為生物預設而被迫上了某論據的列車，又或是隨機被分配上哪一趟列車。但我無法「自由選擇」讓自己只去想那些使我投票給民主黨的論據。
以上所說絕不只是個人假設或哲學猜測。現在只要掃描人腦，就能在受試者自己有所感覺之前，預測他們會有什麼慾望、做出什麼決定。在一項此類實驗中，受試者躺進一台巨大的腦部掃描設備，兩手各拿一個開關，隨時可以按下其中任何一個。科學家只要觀察大腦神經活動，就能預測受試者會按哪個開關，而且會比受試者自己更早感覺到想按開關。在人類感覺到自己做某項決定前，大腦已經啟動了指示人類決定的神經，大約提前幾百毫秒到幾秒。
決定要按下右邊或左邊的開關，反映的當然是這位受試者的選擇，但不能說是個「自由」的選擇。我們對自由的信念，背後其實有一套錯誤的邏輯。當一連串的生化反應讓我想按右邊的開關時，我確實覺得自己想按右邊的開關。一點兒沒錯，我確實想按。但有人一下跳到結論，認為這種想按的念頭就叫作自己的「選擇」。這當然不對：人的慾望不是一種「選擇」，我們只能「感覺」到慾望，再據以行事。
就算科學家，現在也經常使用自由意志這種過時的神學概念，民眾也還是繼續吵著自由意志的話題。幾個世紀以來，基督教、伊斯蘭教及猶太教神學家一直對靈魂和意志的關係爭論不休。他們假設每個人都有一個內心本質，稱為靈魂，也就是真實的自我，並且進一步認為，這個自我擁有各種慾望，就像擁有衣服、車子和房子一樣。他們還說，每個人都能夠像選衣服一樣選擇自己的慾望，而命運就是依據這些選擇而定的。如果選了好的慾望，最後就會上天堂；如果選了壞的慾望，最後就得下地獄。但問題來了：慾望真的能「選」嗎？舉例來說，夏娃想要吃蛇給她的那顆禁果，她為什麼想做這件事？是有人強加於她？完全隨機出現在她的心中？還是她的「自由」選擇？如果想做這件事並不是她的自由選擇，那麼為什麼她又要受罰呢？
然而，如果我們已經接受人沒有靈魂，也沒有稱為「自我」的內在本質，再去問「自我如何選擇它想要的事物」就是一件不合理的事。這就像問一個單身男子「你太太怎麼挑衣服」一樣莫名其妙。事實上，人類有的就是一條意識流，慾望會在這條意識流中起伏來去，並沒有什麼永遠不變的自我能夠擁有這些慾望。因此，要問我到底是因為生物預設、隨機發生，還是自由意志而選擇了自己的慾望，其實是個沒有意義的問題。
這個概念聽起來可能很複雜，檢測的方式卻極其簡單。下次有個概念從你腦中跳出來，就趕快問問自己：「為什麼我會有這個想法？我是在一分鐘前決定要想到這個想法，然後才想到的嗎？還是我自己並沒下任何指示或准許，這個想法就自己出現？如果我真的是自己思想和決定的主人，能不能決定在接下來60秒內不要想任何事？」試試看，看看情況如何。
質疑是否有自由意志，並不只是一種哲學探討，而是確實有實際意義。如果生物確實沒有自由意志，也就意味著只要使用藥物、基因工程或直接對大腦進行刺激，就能操縱甚至控制人的慾望。
如果想