本書一開始，提到我們是從物理學走向化學、走向生物學，然後走向歷史學。而無論是物理作用、化學反應，或是生物的自然選擇，都對智人和其他一切生物一視同仁、殊無二致。雖然說在自然選擇這一塊，智人的發揮空間似乎遠大於其他生物，但畢竟仍然有限。換句話說，不論智人付出了多少努力，有了多少成就，還是沒辦法打破生物因素的限制。
然而，就在21世紀曙光乍現之時，情況已經有所改變：智人開始超越了這些界限。自然選擇的法則開始被打破，而由智慧設計（intelligent design）法則取而代之。
在將近40億年的時間裡，地球上每一種生物的演化都是依循著自然選擇的法則。沒有任何一種是由某個具有智慧的創造者所設計的。以長頸鹿為例，它的長頸是因為遠古時代長頸鹿原型之間的競爭，而不是因為有某個具有超級智慧的生物所操控。在長頸鹿原型之間，脖子較長的就能夠得到更多食物，相較於脖子短的，也就產下較多後代。沒有人（肯定也沒有長頸鹿）曾經說過：「如果有比較長的脖子，就能讓長頸鹿吃到樹頂上更多葉子。所以我們就讓脖子變長吧！」達爾文理論美妙的地方，就是並不需要有某位智慧過人的設計者來解釋為什麼長頸鹿會有長脖子。
數十億年來，因為我們根本沒有足以設計生物的智能水平，所以智能設計甚至從來都不是選項之一。一直到相對不久之前，微生物都是地球上唯一的生物，而且能夠完成某些神奇的任務。屬於某個物種的微生物，可以從完全不同的物種中取得基因碼、加入自己的細胞中，從而取得新的能力，例如對抗生素產生抗藥性。然而，至少就我們所知，微生物並沒有意識，它們沒有生活目標，也不會未雨綢繆、為將來做準備。
演化到某個階段之後，像是長頸鹿、海豚、黑猩猩和尼安德特人都已經有了意識，也有了為將來做準備的能力。然而，就算尼安德特人曾經有過這個夢想，希望雞可以長得肥一些，動得慢一點，好讓他餓的時候抓起來方便，他也無法把夢想化為現實。他還是只能乖乖去打獵，獵捕那些經過物競天擇發展成現在這個樣子的鳥類。
大約1萬年前，因為出現了農業革命，讓古老的系統首次有了突破。那些還是希望雞能夠又肥又慢的智人，發現如果找出長得最肥的母雞，再把它與動得最慢的公雞交配，生出來的後代就會又肥又慢。這些生下來的後代再繼續互相交配，後代的雞就都具有又肥又慢的特點。這是一種原本不存在於自然界的雞，之所以經過這樣的智慧設計而出現，是因為人而不是神。
不過，與所謂全能的神相比，智人的設計技術還差得遠了。雖然智人可以通過選擇育種（selective breeding）來走快捷方式，加速自然選擇的進程，但如果想要加入的特性並不存在於野生雞的基因庫里，就仍然無能為力。在某種程度上，智人與雞之間的關係，就和一般常見而自然的共生關係十分相似。智人等於是對雞施予了特定的選擇壓力，讓又肥又慢的雞特別能夠繁衍下來；就像是蜜蜂采蜜授粉的時候也是對植物施予了選擇壓力，讓花朵色彩鮮艷的品種更能生生不息。
時至今日，這個40億歲的自然選擇系統卻面臨了一項完全不同的挑戰。在全球各地的實驗室里，科學家正在改造各種生物。他們打破自然選擇的法則而絲毫未受懲罰，就連生物最基本的原始特徵也完全不看在眼裡。巴西生物藝術家愛德華多·卡茨（Eduardo Kac）就在2000年推出了一項新藝術作品：一隻發著熒光綠的兔子。卡茨找上法國的一間實驗室，付費請求依他的要求改造出一隻會發光的兔子。法國科學家於是拿了一個普通的兔子胚胎，再植入由綠色熒光水母取得的DNA。噹噹噹噹！綠色熒光兔隆重登場。卡茨將這隻兔子命名為阿巴（Alba）。
如果只有自然選擇，阿巴根本不可能存在。她就是智能設計下的產物。同時，她也可說是一個預兆。阿巴的出現其實代表著一股潛力，如果這股潛力完全發揮（而且人類沒有因此滅亡），科學革命很可能就遠遠不只是歷史學上的一場革命而已。這很可能會成為地球出現以來最重要的生物學革命。經過40億年的自然選擇之後，阿巴可說是站在新時代曙光乍現的時間點，生命即將改由智能設計來操控。如果這種可能性終於成真，事後看來，到這之前為止的人類歷史就能夠有新的詮釋：這就是一個實驗和實習的過程，最後是要徹底改變生命的遊戲規則。像這樣的過程，我們不能只看人類的幾千年，而要看整體的幾十億年。
全世界的生物學家現在都正在與智能設計這場風潮相對抗。智慧設計反對所有我們在學校里學到的達爾文演化論，而且認為既然生物如此複雜各異，想必是有某個創造者，從一開始就想好了所有的生物細節。生物學家說對了過去，但諷刺的是，講到未來，有可能智能設計才是對的。
本書寫到這裡的時候，有三種方式可能讓智慧設計取代自然選擇：生物工程（biological engineering）、仿生工程（cyb engineering）與無機生命（inanic life）工程。
所謂生物工程，指的是人類刻意在生物層次進行的干預行為（例如植入基因），目的在於改變生物體的外形、能力、需求或慾望，以實現某些預設的文化概念（例如愛德華多·卡茨心中的那種藝術）。
到目前為止，生物工程本身並不算是什麼新的概念。人們數千年來一直使用生物工程來重新塑造自己和其他生物。一個簡單的例子是閹割。在英文里，未閹割的公牛稱為「bull」，閹割後的稱為「ox」，這種將牛閹割的做法已經有大約一萬年之久，閹割後的牛比較不具侵略性，也就比較容易訓練拉犁。此外，也有一些年輕男性被閹割，好培養出可唱出女高音優美聲調的假聲男高音，或是能夠協助宮廷事務的太監。
然而，人類最近對生物體運作的研究有長足進展，已經達到細胞、細胞核的水平，也出現了許多過去難以想像的可能性。舉例來說，我們現在不只能夠將男性閹割，甚至還能通過外科手術和注射荷爾蒙，完全改變他們的性別。這還只是開始。
在1996年，下面這張照片出現在報紙和電視上，各方反應不一，有人驚喜，有人噁心，有人完全嚇傻了。
這並不是改圖修圖的假照片，而是千真萬確的一隻真的老鼠，背上被科學家植入牛軟骨細胞。因為科學家能夠控制新組織生長，就能讓它長出人類耳朵的形狀。也許在不久之後，科學家就能用這種方式製造出能植入人體的人工耳。
此外，基因工程更是能做到一些幾近奇蹟的事，也因此引發了一系列的倫理、政治和意識形態議題。而且，並不是只有虔誠的一神教信徒指責人類不該搶了上帝的角色。對於科學家這種干預自然事務的做法，有許多堅定的無神論者也同樣大感震驚。動物權利保護團體譴責這種基因工程實驗，認為這不但造成實驗動物的痛苦，而且改造時也完全無視家禽家畜的需求和慾望。人權保護團體也擔心，基因工程可能被用來創造某種超人類，結果就是其他人都成了他的奴隸。另外也早有人預期將會出現生物獨裁統治的末日場景，用複製的方式製造出不懂得恐懼為何物的士兵，不知道反抗是什麼概念的工人。許多人都認為，現在人類太快看到太多的機會，手中已經握有基因修改能力，卻還無法做出明智、有遠見的決定。
結果就是，我們現在只發揮了基因工程一小部分的能力。現在改造的大多數生物，都是那些最沒有政治利害關係的物種，像是植物、真菌、細菌、昆蟲等等。舉例來說，大腸桿菌是一種共生在人體腸道里的細菌，只有在它跑出了腸道、造成致命感染的時候，大家才會在報紙上看到它們造成的消息。而現在大腸桿菌就經過基因工程改造，用來生產生質燃料。 大腸桿菌和其他幾種真菌也經過改造來生產胰島素，期望能降低糖尿病的治療費用。 現在我們也取出某種北極魚類的基因，植入馬鈴薯的基因，好讓馬鈴薯更耐寒。
少數哺乳動物也正在接受基因工程改造。奶農業一直得要面對乳腺炎這項大敵，每年奶牛因此無法產奶的損失高達數十億美元。科學家目前正在嘗試將奶牛基因改造，讓牛奶里含有溶葡萄球菌酶（lysostaphin），能夠攻擊造成乳腺炎的細菌。 另外，最近健康意識抬頭，消費者不希望從火腿和培根吃到太多不健康脂肪，養豬業最近正在期待一種植入了蠕蟲基因的豬，這種基因能夠讓豬的脂肪酸從不健康的omega-6脂肪酸轉為健康的omega-3脂肪酸。
真正走到下一代基因工程之後，這種讓豬有健康脂肪的改造就只能算是小菜一碟罷了。現在，遺傳基因學家已經成功將蠕蟲的平均壽命延長6倍，也已經創造出某種天才老鼠，在記憶和學習能力上大有長進。 田鼠是一種小型、粗壯的嚙齒類動物，很像老鼠，而且大多數品種的習性都是