蕭瑀被李世民授為御史大夫，職掌御史台。御史台主要負責糾察百官之失，巡按州縣之風，為朝廷的監察機構。蕭瑀此前為特進，列文散官正二品，且參預朝政，有宰相職之實。李世民這樣做，是看中了蕭瑀的秉性忠直、端正耿介，讓其在這個崗位上發揮作用。
李靖將磧口的事情安頓好之後，留下蘇定方負責鎮守定襄城，帶領從人回京城復命。此時李世、李大亮、張公謹、柴紹、薛萬徹已帶領本部兵馬返回原來駐地。當李靖到達渭水南岸的時候，侯君集奉李世民之令在此迎候，樂工們吹吹打打將李靖等人送入京城。
蕭瑀此時求見李世民，奏道：「陛下，李靖平復東突厥，其功大焉。然其御軍無法，亦有大罪。」
「御軍無法？李靖號稱兵法大家，蕭公這樣說，能令人信服嗎？」
「李靖領兵襲破頡利牙帳，卻放縱兵士，任其放手搶掠，將突厥珍物擄掠俱盡。李靖此次回京，聽說僅帶五車珍寶以歸國庫。陛下若不信，待李靖面君之時，自可查問清楚。」
李世民抬頭思索片刻，緩緩說道：「是啊，打從隋煬帝開始，突厥獲得了多少珍寶。五車？五百車也不止呀。」
李世民心裡一動，想起自己以往征戰之時，所獲得的珍寶何止千萬。這些珍寶除了可以賞賜給有功將士之外，自己還可以私下昧下一部分，至於上繳國庫，當然寥寥無幾了。當初攻破洛陽時，自己奉李淵之命將所獲珍寶賞給有功將士，不料還是被李元吉、尹德妃等人到李淵那裡累進讒言。李靖今日這樣做，若他果真是御軍無法也就罷了，可李靖素來治軍甚嚴，他沒有道理任手下將士肆意搶掠呀。想到這裡，李世民的心頭上忽然現出四字——「收買人心」。
李靖若果真起了收買人心的心思，事情就麻煩了。要知道李靖以軍機縱橫天下，他現任兵部尚書，手綰兵權，若任其發展，漸漸成了氣候，的確是一件麻煩事兒。李世民這些年始終對李靖保持警惕之心，其原因有兩個：一是李靖能力太強，二是他在玄武門之變前夕不肯向自己效忠。李靖此次用兵一萬，就將為禍中土多年的東突厥給滅掉了。消息傳回來，許多人都贊道：「李靖用兵真如神啊。」那份景仰之情，與自己當初為秦王時的風光無二。李世民此時又忽然想起三國時的司馬懿，那司馬懿起初對曹魏沒有異心，立功頗多，然最終還是將曹家的江山給奪了去。
李世民的這番心思波動未在臉面上顯現出來，他靜靜地對蕭瑀說道：「李靖畢竟破了頡利，有此功勞，其他的都是末節。朕知道這件事情了，自會妥善處理。蕭公，御史台不可因此事彈劾李靖。」
蕭瑀很不服氣，說道：「有功必賞，有罪必罰。李靖破敵有功，然亦有失，應該責之。陛下一向賞罰分明，緣何在這件事情上搖擺不定？」
李世民嘆了一口氣，說道：「治理好一個國家，若一味用剛直的法子，有時候效果並不好。蕭公，你不可再爭，這件事兒就這樣定了。若御史台再有人彈劾此事，朕唯你是問。」
蕭瑀只好悻悻而退。
第二日，李靖入朝獻捷。當著群臣之面，李世民面露微笑，將李靖大為讚揚了一番。加李靖為左光祿大夫，賜絹千匹，增食邑一百戶。散朝之後，李世民讓李靖入東暖閣，單獨召見他。
李靖滿心想李世民精於戰事，現在單獨見自己定是詢問戰事的細節。孰料他一入閣就感覺氣氛不對，只見李世民臉色嚴肅立在案前。
李靖拜畢，李世民沉聲問道：「藥師兄，你知罪嗎？」
李靖頓時丈二金剛摸不著頭腦，只好躬身答道：「臣不知。」
「你襲破頡利有功，朕剛才已經賞了你。然你御軍無法，將突厥珍寶擄掠俱盡，這是不是罪過？」
李靖自從與李世民接觸以來，李世民每每皆是和顏悅色，從沒有如此疾言厲色的時候。他抬頭觀察李世民的神色，只見他臉色鐵青，十分動怒，遂跪下奏道：「此次會戰皆在夜色中進行，將士們趁亂收起一些珍寶，那也是有的。陛下，臣後來在軍中嚴令，讓將士們主動上繳，並造冊登記，算是彌補了一些過失。」
「中土這些年輸往突厥珍寶無數，緣何僅有區區五車運回？」
「頡利這些年為收買其他部落，已出珍寶無數，所剩亦寥寥無幾了。」
「你還敢強辯？」李世民一拍案子，惱怒更甚，「這件事兒若是長孫順德、尉遲敬德等人為帥放縱而成，尚情有可原，然發生在你李藥師的治下，太不應該。你身為兵部尚書，又是此戰的主帥，天下皆知你治軍最嚴，然偏偏發生了這件事兒。朕少一些珍寶並不可惜，最為痛心的是因此壞了我軍的規矩。朕讀過你那三卷兵書，其中開篇說道『馭軍之法，以嚴格為要』，你的這番言語，難道僅僅讓別人看的，而自己卻另做一套？」
李靖見李世民動了真怒，叩首道：「臣知錯了，請皇上降罪處罰。」
李世民依然慷慨激昂：「朕不罰你！你今日回府，將你那三卷兵書好好溫讀數遍，靜思其過。」說完，他拂袖而去，將李靖晾在當地。
頡利那晚乘千里馬帶領數人逃出磧口，向西面逃去。他思來想去，感到四面楚歌，無處落腳。北面是薛延陀、回紇等部落，正西面是西突厥，東面、南面已成唐土。他想越過隴西，去投奔與大唐為敵的吐谷渾。行到半路，忽然一拍腦袋，罵自己：簡直弄昏了頭，怎麼把阿史那社爾給忘記了？
阿史那社爾是處羅可汗的次子，是頡利的侄子。當初處羅可汗主政時，將其派往靈州之西北建牙，其部落有五萬餘家。頡利繼承處羅的汗位，阿史那社爾與其來往不多，獨力發展，倒是相對安定。
頡利在此惶惶然之際，決定先到阿史那社爾那裡安身，然後相機說動阿史那社爾去投奔吐谷渾，也算有了一些與吐谷渾結盟的資本，再徐圖發展。
不想阿史那社爾另有打算。他近兩年來日益感到唐朝的強大，駐守在靈州的任城王李道宗和行軍副總管張寶相日益向北擠壓，使他感到處境越來越窘迫。眼下頡利獨身逃此，則昔日強盛的汗國不復存在。阿史那社爾深知自己今後有被滅和投降兩途，比較起來，及早出降還能全其部落。若降於薛延陀、回紇、吐谷渾等部落，只會落下被奴役的命運。而大唐素來心胸寬闊，對待異族並不歧視，使他堅定了降唐的信念。一日深夜，他令人綁起頡利，然後親自押送，前往長安去見李世民。
李世民見阿史那社爾來降，頓時大喜，授其為左驍衛大將軍，讓其部落仍然居住在靈州之西北。對於頡利，李世民卻是另外一番手段。
李世民這日登上順天樓，樓內擺滿了各種珍奇文物，奢華至極，其身邊隨侍有房玄齡、長孫無忌、蕭瑀、陳叔達、王珪、溫彥博、魏徵等人。李世民入樓後坐定，讓唐儉去喚頡利。
頡利無精打采上了樓，只見他神情委頓，失去了以往的跋扈飛揚之色，見了李世民趕忙屈身行禮。
李世民說道：「免禮。頡利，我們自便橋盟約之後，算來近四年時間。遙想當初你號稱百萬精兵，緣何敗亡如此之速也？」
頡利低頭不答。
李世民手指樓內珍寶，說道：「頡利，朕今日見你並非滿心喜歡，心中其實很替你悲哀。這些年，你從中土索走多少珍寶？然珍寶沒有窮盡的時候，你看，這裡還有滿樓的珍寶，可惜你再也拿不走了。你眼中只有珍寶沒有其餘，這正是你將偌大一個汗國折騰得覆亡的原因。」
頡利嘟囔了一句：「你們中土有句話，叫做『成者為王，敗者為寇』，到了現下這個地步，我無話可說。」
李世民立起身來，義正辭嚴斥責道：「你無話可說？朕卻有話說。你即位時間不長，卻犯下了五項大罪：一者，你藉父兄之業，不思創業，不思守成，反而縱逸淫虐，此為你亡國的根本原因；二者，你數與我國相盟，動輒違背；三者，你恃強好戰，暴骨如莽；四者，你縱騎毀我莊稼，掠我子女；五者，前時我寬宥你罪，意圖存你社稷，然你拖延不來。此五罪僅犯其一，即可將你斬殺。」
頡利被解入京城之後，自知罪過太大難逃一死，早已麻木不仁。他聽了李世民的話，心裡並不害怕，淡淡說道：「我有罪當斬，並不乞求活命。唯我那些流離失所的族人，請求陛下妥為安頓。」
李世民心中暗暗贊道：頡利說出這番話，還算有點硬漢本色。他又復坐下，緩緩說道：「你知罪就好，然朕並不斬你。知道為何嗎？你自從渭水便橋盟約之後，並未大舉入侵，使我邊境保持相對安定。僅從這一點，朕就免了你的死罪。」李世民口裡這樣說，心裡卻不這樣想。他所以免了頡利的死罪，有更深的用意。頡利雖暴虐失盡民心，然他為東突厥大汗多年，許多突厥人依舊視其為首領。若將其斬首，勢必引起突厥人的心緒波動，弄不好還要出亂子。
頡利原來抱定了必死之心，聞聽李世民免了自己的死罪，畢竟有求生的願望，禁不住流出了眼淚。
第二日，李世民授頡利