李世民三步並作兩步奔向太極殿。他入了殿門，就見李淵正默默坐在那裡看著自己，遂叩首涕泣道：「兒臣叩見父皇。」李淵的心態此時依舊難平，失聲道：「二郎，你殺了大郎和四郎，他們可是你的親兄弟啊！你若覺得殺得還不過癮，不妨連我這把老骨頭也殺了最好。」
李世民搶前幾步，撲入李淵懷中，慟哭道：「父皇這樣說，兒臣真是百死難恕。其實大哥和四弟身死，兒臣並不知道。事先兒臣諄諄告誡手下，只許他們就地擒拿，不許傷及性命，然後再交給父皇發落。誰料想，局勢一亂，兒臣也控制不住，竟然惹出了天大的禍事。說起來，這都是兒臣不好，請父皇重重責罰。」
李淵看了一眼身側的尉遲敬德，他從海池到這裡，一直帶領甲士環衛自己身側，明顯是奉二郎之令來監視自己。李世民現在說不知道大郎和四郎身死，李淵壓根就不相信。他本想推開李世民，將其重重責罵一番，然看到身邊的陣勢，知道自己也是不自由之身。自己雖然名為皇上，真正實權卻掌握在懷中慟哭的二郎之手，他只好將滿腔怒火壓了下去。
此時，尉遲敬德已經將裴寂圈入側房，令人就地看管。殿中僅剩下蕭瑀、陳叔達隨侍李淵身邊。蕭瑀看到他們父子兩人相擁一起垂淚不已，走過來勸慰道：「陛下，太子和齊王在亂軍中身亡，已經無可挽回。老臣剛才聽說，他們兩人慾後日在昆明池擊殺秦王，則禍始者為他們，似不可怪罪秦王。」
李淵老淚縱橫，心傷不已，懷中李世民的眼淚打濕了他胸前的衣襟，已經浸透及肉，可以感到淚水的涼意。他聽了蕭瑀此言，腦子忽然清醒了一些。到了此時，他方才將事情的前後連在一起想了一遍，隱約感到李世民昨天晚上來宮中哭訴，也許是他整個行動的組成部分。此子殺伐決斷可謂凌厲，謀事籌劃可謂周密。想到這裡，李淵的背上不由得冒出了冷汗，心間湧出了許多恐懼：二郎眼前哀哀切切，似對自己萬分恭順，然其內心裡到底如何想呢？有一點可以肯定，他既然已奪自己手中兵權，則早已經想好了處置自己的法兒。李淵臉上忽然浮起了慈和之色，他輕輕地推開李世民，用袖口揩去臉上之淚，說道：「二郎，十指連心，他們也是我的兒郎，我心傷其亡亦為性情之中。蕭郎說得對，他們心懷歹意，完全是自取其咎，我不怪你，起來吧。」
陳叔達拱手奏道：「陛下，如今京師震動，則安定其亂為第一要務。建成已亡，應早立太子，以平複眼前之亂。」
李淵點頭道：「不錯，陳卿所言極是。二郎，這太子之位本來就是你的，此次萬萬不能推辭了。士及，你過來，馬上擬一道冊書，立二郎世民為皇太子。」
次日，這道冊書頒行天下。六月七日，李淵又復下詔，詔曰：「自今後軍機兵仗倉糧，凡厥庶政，事無大小，悉委皇太子斷決，然後聞奏。」如此，李世民徹底掌握了軍國大權，此年，李世民年僅二十九歲。
李世民既然當了太子，自然要入東宮居住。六月四日那天隨著薛萬徹為首的東宮宿衛一鬨而散，東宮就成為一座不設防的宮殿。侯君集帶領一幫如狼似虎的手下，旋風般地殺入東宮，搜檢出李建成之子承道、承德、承訓、承明、承義，將他們拉出宮門斬之。隨後，他們又入了齊王府，找出李元吉之子承業、承鸞、承獎、承裕、承度，也是一刀斬之。侯君集又指揮眾人將兩府中人盡數趕出，將他們圈入大理寺獄中。獨楊琚一人被侯君集帶入天策府，原來李世民有交代，說楊瓊獨憐其妹，可將她交給楊瓊看管。這樣，東宮就為李世民空了出來，待李淵的冊書一下，李世民即刻搬入了東宮。
李世民奏聞李淵，說為保安定，朝中官職一概不動，唯東宮官屬需要重新授任，李淵准奏。當日，李世民任宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程咬金為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。
李世民當了皇太子，其首先面臨的就是如何處理東宮及齊王府舊屬。
當時，侯君集正帶領人員滿城搜捕兩府人員，已經逮捕了一百餘人。按侯君集及一些將領的主意，這些人為李建成及李元吉鷹犬多年，作惡甚多，應將他們盡數誅殺，然後籍沒其家。眾將中獨尉遲敬德不以為然，他在顯德殿里向李世民說道：「如今二凶已伏誅，其子亦絕籍。至於其黨，他們各為其主，也是朝廷任用的官吏。太子，敬德以為應赦其罪，這樣對安定天下有好處。」
尉遲敬德在此次事件中功勞最大，李世民已將齊王府內的金帛器什盡數賞給他。李世民聽了此話連連點頭，贊道：「敬德有智有勇也就罷了，難得還有這般寬闊的胸襟。玄齡，你以為呢？」
房玄齡說道：「敬德所言其實為太子初政的第一要事。如今京城之內，因大肆搜捕建成和元吉餘黨，人心惶惶，亟須安定。玄齡以為，凶逆之罪，止於建成、元吉，對其餘黨，可以一概不問。可請皇上下詔大赦天下，以安人心。」
杜如晦道：「還有，天下因傅奕滅佛、道，至今民眾言論洶洶。可請皇上一併下詔，罷傅奕原意，使天下僧、尼、道士、女冠各復依舊，則天下即安。」
李世民點頭道：「對，此二事當請父皇下詔。然李藝據涇州，李瑗、王君廓據幽州，他們手握重兵，且與大郎生前最為親善。我可以不問他們，然他們萬一起兵反叛，能同時赦免他們嗎？」
房玄齡說道：「李藝和李瑗又與東宮舊屬不同，他們居兵在外，心思難測，應該早做防備。」
第二日，李淵果然下詔，主要內容是赦免東宮與齊王府之罪，另罷傅奕之議。後二日，屈突通領命出鎮洛陽，長孫無忌為行軍總管出鎮京城之西。
馮立、馮翊、謝叔方等人見了朝廷的詔令，走出終南山向李世民投降，李世民好言撫慰，另為他們授任官職。其中只有一個薛萬徹自以為得罪李世民太過，加之其性格倔強，仍舊藏身於終南山中。李世民聞訊，喚來薛萬均道：「乃弟也是忠於所事，真義士也。你可前去詔諭他，申言我意赦免其罪，讓他速速返京為朝廷出力。」薛萬均那日未及逃亡，後被赦免，親眼目睹了李世民確實不再為難原太子之人。他欣然領命，入終南山找到薛萬徹，如此往返三次，終於把薛萬徹勸說回來。
李世民卻對魏徵耿耿於懷，他派人將魏徵帶到顯德殿，劈面問道：「魏徵，你為原東宮洗馬，好好掌握文章圖籍也就罷了，緣何不務正業，專事挑撥離間我們兄弟之情？」
座下的房玄齡、杜如晦等人甚惜魏徵其才，不忍見魏徵因此有罪。現在見李世民雷霆動怒，有心想替魏徵說話，終於礙於李世民的威嚴不敢吭聲，內心裡暗暗替魏徵擔心。
孰料魏徵神色自若，臉上沒有一點害怕的樣子，坦言對曰：「若先太子早從魏徵之言，必無今日之禍。」他又微笑著對房玄齡等人道，「若是這樣，則魏徵今日之位就是你們站的地方。」
李世民看著魏徵此時的表情，忽然想起了李靖當初被縛來見李淵時的情景，遂改容悠悠問道：「魏徵，我知道你有才能。可是你畢竟投錯了門庭，心中難道沒有遺憾嗎？」魏徵眉目間晃過一絲無奈之色，然後昂然道：「不然，先太子雖沒有殿下如此決斷凌厲，然他寬仁為懷，屬下歸心。魏徵僅沖著這一點，就是死了也終究不後悔。」
李世民冷笑道：「好一個魏徵，你竟然先用話兒扣著我。你定是想說我不如先太子，對你有些斤斤計較了嗎？你既有如此機心，我問你，若復你官職，當前能為朝廷辦些什麼事情？」
「魏徵心想，殿下如今以安定天下為第一要務，這就有用得上魏徵的地方。殿下勢力向東僅止洛陽，而山東、河北之地，先太子在那裡樹恩不少，若殿下放魏徵去宣慰，則魏徵就成了一個活靶子，那裡的人定會體會到殿下的寬仁之意。」房玄齡、杜如晦聽魏徵說出這樣一個主意，甚是欽佩他的心智敏銳，想李世民定然不會再為難他，剛才吊起的心又落了下來。
果然，李世民改容待之，哈哈一笑說道：「魏徵，我果然沒有看錯你。大郎若對你言聽計從，我焉有翻身的餘地？你今日若對我搖尾乞憐，那就不是你了。玄齡、如晦，我意委魏徵東宮詹事主簿之職，你們以為如何？」
房玄齡道：「魏徵今入東宮，我和如晦最為高興，想他定能助殿下一臂之力。」
李世民正色道：「魏徵，你從今日成為我的幕僚，唯勤謹辦事方為正道，此點你要切記，以前的鬼蜮伎倆不可再使，且想也不要想！」頓了頓，他又說道，「至於我是否寬仁，你可留待時日觀察，到時候再作結論。」
魏徵到了此時，方拜道：「魏徵其實早知殿下之英名，惜緣分不好未早追隨。今後我定當恪盡職守，忠心辦事。只是我性格正直，言語之間不顧忌許多，若因此觸怒殿下，唯望殿下能體會大節，不追究屬下的一言之失。」
這次輪到高士廉笑了，說道：「魏徵，你怎麼會是這樣的脾氣，什麼事情都要辯個清清楚楚