中央與地方間的距離，造成統治命令貫徹上的困難，尤其遙遠的齊、燕及荊楚，幾乎不可能貫徹法治主義，因此還是保持著半獨立的封建制度。
中央集權，成功中暗藏危機
當秦國在雍岐一帶重行建國時，在組織結構上仍承續祖先蜚廉、惡來的傳統武風，一直維持著部落式的戰鬥團體組織為強化各部落的機動性和獨立性，在統治管理上便相當鬆懈，全賴領導者的個人魁力以作整合因此，建國以來其戰鬥力雖強，國力則一直未能作強有力發揮只有像秦穆公般的英雄人物出現，秦國在國際舞台上才有較高的表現，秦穆公去世後，便又停滯了下來。
秦孝公時代的商鞅變法，是秦國文明發展的另一個高峰。他運用其父親秦獻公時代設計的地方基層組織——什伍制度，加上實行連坐法，使原本鬆散的部落組織，成為關係密切並可以相互監督的基層團體。十年後的第二次變法，更以郡縣制度使傳統的戰鬥部落集團正式解散，各部落的武裝部隊改由秦王室直接指揮，徹底達成中央集權的軍隊國家化。
這不但是秦王室建國以來從未有過的經驗，也完全不同於數千年來華夏文明的傳統式平行政治組織，就算周公旦所創製的宗法和封建制度，在結構的嚴密上也無法和其相提並論。
換句話說，商鞅的改革，是純理論邏輯推論下的設計，可以說是空前大膽的嘗試，全無前例可循。因此，秦孝公和商鞅在執行上是非常的小心謹慎。
（有關其過程及細節，在拙著《秦公司興亡史》中有較完整描述，以供參考。）
幸好秦國是移民式部落組織，本身沒有什麼包袱，思考上較為單純，加上武裝集團一向較服從指揮的傳統習性，使秦孝公和商鞅連續兩次「大地震式的改革運動，尚無太多的阻力。」
作戰式部落集團一向便較富積極性和行動力，變法以後，所有軍士全歸中央統一管理，力量更為集中，所以自秦惠王、秦昭襄王起，一直到秦王政初年，秦國的聲勢一直迅速膨脹。
配合這股力量，秦王室當局不停地發動更多更大規模的戰爭，不但使秦國的版圖跟著飛快成長，統治人員也迅速增加，加上各地方結構日益複雜化，於是中央集權式的統治效率開始遭到嚴重的挑戰。
秦昭襄王時代，便曾在韓、趙兩國的新佔領區上試行郡縣制度，試圖和秦國本土建立同樣的管理模式。但到了呂不韋和秦王政期間，由於佔領區急速膨脹——特別是較遠的齊、燕、楚地，根本無暇作較有系統的規劃，只得暫時維持軍事佔領方式、未曾納入秦王室中央集權的體制中。
統一六國的政治規劃，雖然一直控制在外籍政團手中，但真正指揮作戰的，仍大都是本土派的部落領袖，因此在完成征討後，負責鎮守新佔領區的，便是這些作戰軍團的將領。為了有效達成任務，他們也大多能和被征服國家的殘存政治勢力保持相當程度的合作態度，所以對各地區的情形反而能有較多實際的認識。
新舊黨爭，暴露新政權問題
秦王政稱帝，新皇朝成立後，以丞相王綰為首的本土派領袖，便向秦始皇提出建議：
「我們剛剛并吞了各國，一統天下，版圖增大很多，尤其燕、齊、楚地相當遙遠，最好先設立諸侯王，以建立永久的統治根基，因此請立諸皇子為王，以有效統領新增加的版圖及各國族民。」
但是，對主政的外籍政團而言，秦國的現行體制才是他們的理想，秦國有能力統一全中國，更是他們最為驕傲的成就。況且，傳統的封建制度，一直是他們最為摒棄、認為最不合理的現象，應該加以徹底的改革，如果又恢複封建體系，他們也很可能再度成為「無權階級」。因此，只有徹底維持現行的郡縣制度及官僚系統，才是他們的執政理念，也是他們投入熱情及生命的目標，對他們而言，封建制度早就該淘汰了。
秦始皇早年奪權成功，是靠本土派領袖的擁護，才有力量驅逐呂不韋等外籍政團即使他後來接受李斯進諫，再度重用客卿，但在皇廷中，仍是以本土派的領袖佔有絕對優勢因此面對新的政治態勢，在本土派領袖們積極建議之下，雖然並不合乎秦王室現行政制精神，但秦始皇仍不得不慎重考量這件事的利害《史記》上記載：
「始皇下其議於群臣，群臣皆以為便。」
但身為外籍政團領袖的廷尉李斯，立刻為自己的政治理想挺身辯護：
「周王朝在實施封建制度時，也分封了不少他們的子孫，在眾諸侯中，同姓宗族也佔了絕大多數但隨著時間流逝，這些同姓諸侯的親密關係疏遠了，甚而為了利害相互攻擊，如同仇敵一般，周天子根本就無力阻止。
「如今好不容易賴陛下神威，天下再歸一統，就更應該堅持我們秦國的新體制，將全天下分為郡縣，由皇室直接統治。諸子和功臣以賦稅作為獎賞便可以了，切不可再封給土地，使能夠真正依法令統治，使天下無異議，這才是政權安寧之術啊！封建諸侯勢必會造成日後更多災難的。」
對現況充滿自信、又長於推論思考的秦始皇，在評估雙方意見後表示：
「天下已經歷過太久的兵荒馬亂了，人民更是深為戰爭所害。昔日所以會長期戰亂不斷，大多是諸候們為了擴張或保護他們自己的權勢而造成的。
廢除封建，建立中央集權
在秦始皇的決策下，「多數服從少數，下令新納入的版圖也全採取郡縣制度，將天下劃分為三十六個郡郡設有行政長官的郡守、軍事首長的郡尉及司掌監察權的郡監郡下設縣，縣設縣令，並由縣丞作輔佐所有百姓和各國族民（包括失權的諸侯貴族）均稱為黔首（秦國尚黑，故以黑色頭髮作為百姓之稱謂），地方官吏均由中央政府直接任命並統理，形成相當完整的中央集權制度。」
本土派的軍事將領們，由於長期進駐在各諸侯國中，使他們實際地感受到各國社會結構的差異性，尤其組織鬆散又複雜的齊、楚兩國，更是他們所無法了解的。
實際進駐異鄉，也使這些領袖們真正體會到，中央與地方間的距離將造成統治命令貫徹上的困難尤其是遙遠的齊、燕及荊楚，在交通非常不方便的當時，想強行貫徹法治主義幾乎是不可能的，因此還是保持半獨立的封建制度，較能有效地統治並管理這龐大又複雜的地區。
這些本土派領袖的父執輩，又正好是商鞅變法下的犧牲，為了有效集結國力，他們傳統的地位和權力都被剝奪了，包括自己家族原擁有的軍團，也被併入國家的武裝部隊中。因此雖然在習慣上，他們常能服膺於秦王室強有力的領導，但他們對商鞅變法後的秦國制度，可是一點兒也不熱衷的。
其實，這些本土派領袖的親身體驗，有不少很值得新政府在下決策時用以作調整思路的重要參考只是這些長年馳騁沙場的老將，本身論理思辨的能力太差，又不善於說明自己的看法，因此他們提出的論點，仍脫離不了傳統的常識，這種政治立場也和他們自我的直接利害關係太近，對於一向長於合理性思考的秦始皇，自然是沒有絲毫的說服力了。
以李斯為首的外籍政團，基於他們對傳統封建制度的失望，以及對秦國新法制的過份熱情，使他們對眼前政治環境的急速變化也有了盲點。雖然他們個人的權勢幾乎仰賴於秦始皇的信任，但在秦國中央集權的官僚體制下，他們是可以真正擁有實權的經營層，因此保有現行體制才是他們真正的利益。李斯等人反對封建制度的論點，其實也不見得完全是客觀的。
童年期由邯鄲回咸陽後，秦始皇便一直未曾出國，因此對齊、楚等國的距離遙遠和複雜性，是無法親身去感受的雖然他一向擅長於合理性的思考和推論，但實務經驗的缺乏也常會造成前提假設上的偏差，自然在推論上也很難有正確的判斷了。
何況秦始皇自己也正沉醉在大成功的高度自信中，既然中央集權制度可以有效地讓秦國達成一統天下的目標，必然也能有效地統治這個國家。對秦始皇而言，這種推論是再合理不過的了。
天下國家化，贏了面子輸了里子
強大的作戰力，加上卓越的政治革新，使秦國能夠以單一國家的力量并吞天下，完成了軍事上和政治上的統一在中央集權和地方分權的廷議爭辯後，秦始皇裁定以國家主義原則，力行「天下國家化的政策目標接下來的工作，自然是度量衡、貨幣、車軌、文字等經濟體制和文化體制的統一了。」
華夏文明原本就是多種族、多文化的。每個地區的語言、文字、食、衣、住、行等生活習慣都有很大的不同，度量衡和貨幣也非常雜亂。特別是南方的楚國，由於采分權體制，地方勢力較大，即使在其本國內，語言、文字、貨幣、度量衡的制度都有很大的差異。
在這方面作得比較有系統的是東方的齊國和秦國本身齊國是商業國家，鑒於通商的方便和需要，加上管仲早年所作的革新運動，使齊國這方面顯得較有體制些秦國在商鞅變法後，力求中央集權，因而在這方面也建立了較完整