史學家說，八月二十五日一整天拿破崙都在騎馬觀察地形，考慮元帥們送呈的作戰方案，並親自向將軍們發布命令。
俄軍原來沿柯洛察河設置的防線被衝破了，部分戰線，也就是俄軍的左翼，由於二十四日舍瓦爾季諾多面堡失守，被迫後撤。這部分戰線沒有設防，也沒有河流掩護，前面是一大片開闊地。不論軍人還是非軍人，誰都十分清楚，法軍一定會攻擊這部分戰線。作出這個判斷不需要深思熟慮，不勞皇帝和他的元帥們到處奔走，更不需要所謂天才——人們愛加在拿破崙身上的讚辭。但後來的史學家，當時拿破崙周圍的人，以及拿破崙本人，卻有不同的看法。
拿破崙巡視戰場，深思熟慮地觀察地形，獨自點頭表示贊成或者懷疑，但並沒有把他的思路告訴將軍們，只是以命令的形式向他們發布最後決定。聽了達武（所謂埃克米爾親王）包抄俄軍左翼的建議後，拿破崙只說不必這樣做，但沒有說明原因。對孔朋（他負責攻擊尖頂堡）提出的帶他的一個師人馬穿過樹林的建議，拿破崙表示同意，雖然奈伊（所謂埃爾欣根公爵）大膽指出走樹林有危險，可能使全師陷於混亂。
觀察過舍瓦爾季諾多面堡前的地形之後，拿破崙默默考慮了一會兒，指定了安置在天亮前攻打俄軍工事的兩個炮台的地點，以及旁邊安排野戰炮的地方。
下了這些命令和其他命令後，他回到行營，又口授了會戰的部署。
這個部署使後來的法國史學家讚嘆不已，也使其他國家的史學家深為欽佩，全文如下：
夜間在埃克米爾親王據守的平原上設置兩座新炮台，天亮時向對面的兩個敵軍炮兵陣地開火。
同時，第一軍炮兵司令貝內蒂將軍統率孔朋師的三十門炮，以及德賽和弗里安兩師的全部榴彈炮向前推進，開火猛轟敵軍的炮兵陣地，參加炮擊的包括：
近衛軍炮兵的炮二十四門，
孔朋師的炮三十門，
弗里安和德賽兩師的炮八門，
總計用炮六十二門。
第三軍炮兵司令富歇將軍統率第三軍和第八軍的全部榴彈炮，共計十六門，安置在攻打敵軍左翼工事的炮壘兩側，總計用炮四十門。
索爾比埃將軍應時刻準備，一接到命令立刻出動近衛軍全部榴彈炮，攻打敵方任何一個工事。
在炮擊過程中，波尼亞托夫斯基公爵向村莊和樹林進軍，包抄敵軍陣地。
孔朋將軍通過樹林佔領第一個工事。
如此開戰後將根據敵人行動發布命令。
一聽到右翼炮聲，左翼立即開始炮擊。莫朗師和副王 師狙擊兵一見右翼開始進攻，立即猛烈開火。
副王佔領村莊 後，要從三座橋上過河，協同受他指揮的莫朗師和席拉爾師進攻多面堡，與其他部隊會合。
這些行動要順序進行，盡量保留預備部隊。
一八一二年九月六日，於莫扎依斯克御營
這個部署寫得極其含糊不清（只要不迷信拿破崙的天才），內容包括四點，也就是四項命令。這四項命令沒有一項能實現，事實上也沒有實現。
第一項命令是：在拿破崙選定的地點，各炮台連同貝內蒂和富歇的炮，共計一百零二門，開火轟擊俄軍尖頂堡和多面堡。這是辦不到的，因為從拿破崙指定的地點，炮彈打不到俄軍工事。這一百零二門炮都將打空炮，除非最近的指揮官違反拿破崙的命令，擅自把炮向前移動。
第二項命令是：波尼亞托夫斯基向林中村莊推進，包抄俄軍左翼。這也是辦不到的，也沒有辦到，因為波尼亞托夫斯基向林中村莊推進，他會在那裡遇到杜契科夫攔住他的去路，他也就不可能包抄俄軍陣地，事實上也沒有包抄。
第三項命令是：孔朋將軍向樹林推進，佔領第一個工事。孔朋師沒有佔領第一個工事，而是被擊退了，因為該師出樹林時被迫在霰彈下整理隊列，這是拿破崙所沒有料到的。
第四項命令是：副王要佔領村莊（鮑羅金諾），經由三座橋過河，協同莫朗師和弗里安師（但沒有指出他們該在何時何地推進）在同一高地推進，後兩個師在他統率下進攻多面堡，並同其他部隊會合。
就常理而論（與其說是根據這句莫名其妙的話，不如說是通過副王執行所奉命令的意圖來看），他應該經過鮑羅金諾從左邊向多面堡推進，而莫朗師和弗里安師則應同時從前線推進。
這一項，也像其他命令一樣，沒有執行，也不可能執行。通過鮑羅金諾後，副王在柯洛察河邊被擊退，無法前進；莫朗師和弗里安師沒有攻克多面堡，而被擊退了；多面堡是在戰鬥結束時被騎兵佔領的（這事拿破崙大概沒有預料到，事後也沒有聽說）。由此可見，部署的命令沒有一項被實現，也不可能被實現。不過，在這一部署中曾說，在開戰後將根據敵軍行動發布新的命令，因此可能有人認為，拿破崙將在戰鬥中作出必要的部署；事實上並沒有這樣做，也不可能這樣做，因為在會戰過程中，拿破崙離戰場很遠，他無法知道會戰的實際情況（這一點後來得到證實），因此他的命令沒有一項在戰鬥中被執行。