那伙人在漆黑的海面上四處搜索，終究是徒勞無果。幾十分鐘後，他們疲憊地返回大船。藏在船上的明智小五郎待他們回來後，悄悄駕著小艇逃離了大船。
事後發現，惡賊的大船——高速汽船——停泊在距岸邊五里之處，約莫是東京灣中心一帶，而明智委身於一艘小艇，在遠方忽明忽滅燈塔光線的指引下，使盡渾身力氣，拚命地劃著槳。
一波未平，一波又起。原本平靜得近乎不尋常的天候，原來是暴風雨的前兆。即使經過相當長一段時日，住在海邊的漁民仍會談起十一月十八日夜裡驟然變化的天氣，當天夜裡失蹤的漁船多達三艘。連惡賊的大船都好不容易才躲過這場暴風雨，受盡了顛簸才抵達附近的港口避難。
逃難之際，其中一個惡賊發現系在船尾的小艇不翼而飛，便不住地大聲嚷嚷起來。所幸沒有人對此存疑，因為暴風吹斷纜繩並不是什麼罕見的情形。
明智咬緊牙關，在小山般的波峰和波谷的黑水間不停地劃著槳。怒號的海風裹挾著狂暴的波濤震得他幾乎要聾了，水花如小石塊般狠狠擊打他的眼眶，咸澀的海浪模糊了他的視線，疼得他睜不開雙眼。刺骨的寒冷幾乎奪去他所有的知覺，他只能像個機器人，瘋狂地、機械地划動船槳。
當然，他已辨不清方向。即使想返回，也離惡賊的大船太遠了。
明智恐怕一直都在同一個地點打轉吧。小艇停滯不前時，小山高的波峰一浪接一浪，連喘息的機會都沒有，排山倒海而來。小艇剛被拋上浪尖，緊接著倒栽蔥似的被甩進黑暗的地獄深淵，還沒站穩腳跟又衝上浪腰，周圍儘是暗流涌動的激流。在這一氣呵成的上下左右突進過程中，明智幾乎被甩下小艇，他嘴裡禁不住發出動物般的號叫。
啊，在深不可測的大自然面前，人類的智力和體能顯得那麼不堪一擊。就連赫赫有名的名偵探明智小五郎，在這驚濤駭浪面前也不過是芸芸眾生中微不足道的一員罷了。不，他和在自己腳下呻吟、掙扎在旋渦中的木板一樣，被剝奪了選擇的權利。
那麼，在這番慘烈的殊死搏鬥中，明智渡過了僅五里之遙的海域、成功到達彼岸了嗎？或者幸運之神再次降臨，他僥倖被在東京灣內航行的汽船所救？抑或不幸地……
果不其然，十九日早晨，東京市民接收到一則悲痛萬分的訃聞。這一天，各大早報不約而同地刊登了哀悼名偵探的報道。A報刊載如下：
民間偵探第一人
明智小五郎溺水身亡
死於殘殺福田氏罪犯的毒手？
屍體漂流到月島海岸
福田得二郎氏慘死案件發生的第二天，白髯橋下漂來的人頭揭開了獄門舟事件的序幕，兇手前所未聞的殘虐手段讓世人膽寒，緊接著兇手似乎又把毒手伸向大名鼎鼎的民間偵探明智小五郎，用不為人知的殘酷手段殺了他。人們議論紛紛，明智偵探自福田氏被殘殺的那一天以來行蹤就成了謎，警視廳傾盡全力搜索他的下落，沒想到昨天的十九日午後四點左右，一具溺水而亡的屍體漂流到月島海岸，驗屍後意外發現死者竟是明智小五郎。明智先前曾受已故福田氏的委託，從休假的S湖畔倉促返回東京，卻於途中失蹤，有關部門推測明智恐怕已經遭到殺害福田氏兇犯的毒手。現在發現了遺體，因此更加證實了他們的猜測。無論獄門舟還是明智的溺水案件都與水有關，凶賊很有可能以船為根據地，巧妙躲過有關當局的搜查，警方已朝這個方向展開了嚴密的調查。
（上面的報道之後，也記載了明智小五郎的生平、偵探成績、好友波越警部的訪談等，此處一概省略。）
讀者讀完上述的報道，肯定會為這急轉直下的劇情大感震驚吧。故事才剛開始，本應是主角的明智小五郎就這麼死於非命。這究竟是怎麼一回事？各位勢必深感納悶，今後要由誰來與凶賊對抗？不不不，怎麼會有這麼荒唐的事，明智小五郎不可能這麼就喪命了，這名人氣正旺的大偵探還不能撒手歸西，報紙一定出錯了——難免有讀者如此懷疑。不必太過焦慮，隨著故事的發展讀者自然會明白，作者只是按照正在發生的事實陳述而已。
然而，這並非報紙出錯。證據就是，後來報紙上不僅沒刊載任何更正啟事，明智小五郎的遺體甚至被運回老友波越警部的家裡，並舉辦了一場盛大的喪禮。故無人起疑，眾人都為名偵探之死大感惋惜。