雲南貴州地域遼闊，海拔高，山勢險峻，長期閉塞，貧窮荒涼。抗戰以來，許多部隊和軍事單位湧入，大批機關學校內遷，成千上萬的難民流落至此，才變得兵荒馬亂、熱鬧喧囂起來。
一輛「木炭車」像老牛般哼哼唧唧地爬行在從貴陽通往昆明的公路上。這種汽車的側面或後面安裝著一個爐子，利用爐內木炭不充分燃燒產生的一氧化碳代替汽油驅動汽車，開得很慢，爬坡更慢，還不時熄火，不時停下來給爐子添炭和鼓風……
這是一輛破舊不堪而又滿載貨物的「道奇」車，駕駛室里有兩個人，一個是司機老田，一個是蘇冠蘭。這種車在世界上最簡陋的公路上居然爬行了一兩千里，真是奇蹟。蘇冠蘭就是這一路上學會開汽車的。
剛隨學校內遷到成都，蘇冠蘭便向民間中草醫討教，跟藥用植物學者合作，從百合科的蘆薈、豆科的金合歡、杜鵑花科的「羊躑躅」、夾竹桃科的「羊角拗」、茄科的洋金花、馬錢科的馬錢子和斷腸草等中國南方常見野生植物中提取和製備了多種麻醉藥、鎮痛葯、抗菌消炎藥和能提高免疫力的藥物，直接服務於抗戰。這些植物多有毒性。他的某些研究成果具有突破性，如雲南元江野生蘆薈提取物具有特殊的生物活性，甚至可用以部分代替血漿，對戰場救護有重大意義。只是因為戰時的保密規定，此項成果不能發表，內部代號「元液」。
蘇冠蘭副教授另一個主要成就在抗瘧藥物領域。
瘧疾是人類一種古老的疾病，也是典型的熱帶病。歐洲人到達南美洲後，發現印第安人能用一種名叫「金雞納」的樹皮煎水治癒瘧疾。後來，十九世紀初，瑞典化學家納尤斯從這種茜草科常綠小喬木的樹皮中找到了具有抗瘧功效的生物鹼奎寧。南美洲還有「雞納」等好幾種同屬同功效植物。奎寧能防治各種瘧疾的發作，但愈後容易複發；此外，副作用強烈，能造成耳鳴、重聽、噁心、嘔吐等「金雞納反應」。然而不管怎樣，南美洲是有「天然抗瘧植物」的。那麼，中國有沒有？蘇冠蘭早在齊魯大學就開始了「本草」研究。他發現古代典籍中記載著「青蒿」有抗瘧功效，而這種野生植物遍布從東北到西南的中國大地，隨處可見。可是，經過對來自遼闊地域的幾百個標本進行測定，大多數青蒿並無抗瘧效能，少數標本雖有藥效，但極其低微，且無法提取有效成分。但有兩個來源於川、鄂、黔交界處深山中的標本表現出明顯的抗瘧性。
蘇冠蘭一直認為中國傳統的「水土」之說有道理，並認為「水土」的本質之一是微量元素——而微量分析恰好是他的專長。於是他組織了七個志同道合者，帶著瓊姐從美國寄來的設備和器材出發了，先是乘坐破舊汽車，後是人扛馬馱，在三省交界的松桃、沿河、花垣、保靖、秀山和酉陽一帶崇山峻岭中出沒，夜以繼日地工作，搜集青蒿和當地水源、土壤樣品進行分析測定，而且往往在自己身上做試驗。迷路遇險，風餐露宿，雨雪圍困，蟲蠍叮咬，猛獸襲擊，饑渴折磨和藥物試驗後的毒副反應成了尋常事。但畢竟取得了可喜成果：在某處山谷中發現一種高近三米、品種奇異的青蒿，其提取物具有強大的抗瘧功效，且沒有發現毒副作用，與奎寧鹽類的化學結構和作用機理也大不相同。還是為了戰時保密，蘇冠蘭將這種純「國貨」新型抗瘧藥物取名「菊茶」——青蒿是一種二年生菊科草本植物。
正在此時，戰場形勢發生變化：日軍佔領仰光，乘勝北進，企圖包抄中國的戰略後方。一九四二年一月，盟軍中國戰區成立，中國派十萬遠征軍赴緬甸作戰，重創日軍，但自身傷亡亦達五六萬人。緬甸氣候炎熱，森林沼澤密布，隨著溽暑雨季來臨，條件更加惡劣，大批官兵感染瘧疾，而藥品的運輸和供應非常困難……
形勢嚴峻。正常情況下，一種藥物從初始研究到臨床使用要經歷幾年或十幾年。但現在不能這樣。不能提取「菊茶」有效成分製成精緻的片劑或針劑，更談不上合成，只能進行粗加工，將特定地點收割的青蒿精選後加以粉碎和乾燥，添加某幾種成分後便包裝成袋，供患病官兵煎服。蘇冠蘭及其小分隊遵照大本營指令僱用農民大量收割這種特殊青蒿，製備「菊茶」，火速運往前線和疫區……
「道奇」車上滿載的就是「菊茶」，還有其他藥品。蘇冠蘭負責「押運」，還要把貴陽醫學院和小分隊的幾十份標本及樣品送西南聯大進行檢驗或鑒定；順便，他想看望妹妹和凌雲竹教授，還有父親……
抗戰爆發後，北京大學、清華大學和南開大學遷至長沙，二十六年 八月合併成立長沙臨時大學；二十七年 四月再遷至昆明，在原有文、理、工、法商四所學院外增設師範學院，將原有十七個系擴充至二十六個系，更名「國立西南聯合大學」。雖然戰亂給學校造成巨大損失，但一大批名教授和好學生不畏艱難，不遠萬里，隨學校遷徙至此，堅持教學和研究，使聯大的學術實力保持著國內的頂尖地位。蘇冠蘭聽說凌雲竹教授現任西南聯大理學院院長，喜出望外，想藉機看望凌教授。從一九二九年夏季在火車上相識後，他與這位著名物理學家已有十三年不曾謀面。
內遷「陪都」重慶的國家觀象台，由趙久真繼任台長。內遷昆明的中央研究院天文研究所即「紫台」改稱鳳凰山天文台，由黎濯玉任台長。德高望重的蘇鳳麒仍是國家觀象台特聘「首席科學家」和鳳凰山天文台「首席天文學家」，還兼著西南聯大教授。鳳凰山設備簡陋，生活艱苦，只能勉強維持太陽黑子常規觀測等研究。在極其困難的條件下，六十三歲的蘇鳳麒老當益壯，親自披掛上陣，帶領一批科學人員在日機轟炸掃射之下長途跋涉數千公里，遠赴甘肅臨洮成功進行了我國第一次現代日全食觀測，並拍攝了世界上第一部彩色日全食影片，隨後發表的《日機轟炸下的日食觀測》轟動了國際天文學界。
女兒姍姍已十八歲，隨父親輾轉來到昆明後，剛考入雲南大學醫學院。蘇冠蘭跟父親的關係一如既往，父子之間從不通信也不見面。但他很喜歡妹妹，兄妹通信頻繁，姍姍的來信經常談到父親近況。蘇冠蘭對父親積怨未消。不過隨著時日遷延，特別是在他得知蘇鳳麒的臨洮之行和讀到《日機轟炸下的日食觀測》一文後，情緒發生了變化。
早在盧溝橋亊變前夕，格林威治天文台就請蘇鳳麒回去任職並仍兼劍橋大學教授。後來，即使在戰爭期間，也還有加拿大多倫多大學、美國哈佛天文台、匹茲堡大學阿利根尼天文台和博爾登高山天文台先後聘請過蘇鳳麒，還讓他帶女兒去。但他均予謝絕。以他的資望，在那些地方將養尊處優，生活起居和做學問的條件都比國內好得多。還有一個很現實的問題，是在美加兩國沒有空襲造成的生命危險；即使在英國，這種危險對他而言也並不實際存在。姍姍在給哥哥的信中寫道我想跟爸爸一起出國。他當初就是因為去英國才有成就的，我也渴望這樣。但他堅持不肯。我問爸爸為什麼。問多了，他終於喟然長嘆：「山河破碎，羞對世人！」沉思良久之後又轉過臉來望著我說：「廉頗老矣！但廉頗就是廉頗，國難當頭，寶刀不老。」
人們很快看到了這把「寶刀」：從臨洮回到昆明的蘇鳳麒開始研究開發最先進的技術，要使鳳凰山天文台兼具導航功能，為美國援華空軍服務。
天文台之所以稱「台」，是取其「高」，古代建在高台上，現代多建在山上。這樣做，空氣更加澄明，有利於觀測。所以，中國的天文台多有「山」字：佘山、紫金山、鳳凰山，還有蘇鳳麒曾經夢寐以求的香山——香山海拔一千八百八十九英尺，紫金山一千四百七十英尺，佘山僅三百二十二英尺，而鳳凰山達六千六百三十四英尺，合公制二千零二十二米——回中國之後，老教授花很長時間才逐漸疏遠英制，開始適應公制。
昆明地處海拔一千八百米的高原上，相對而言鳳凰山並不算高，便於建築施工。加之這裡四季如春，空氣潔凈，極少塵埃、水蒸氣和燈光干擾，確實是最佳台址。蘇鳳麒第一個想到讓這座天文台兼具軍事導航功能。他本是第一流的天文學家和數學家，又是拔尖的光學精密儀器專家，還一直關注雷達技術的應用。他的深謀遠慮和廣博學識，今天再度發揮了作用。
陳納德把航校建在昆明。隨著時間和戰局推移，美國援華空軍隊伍日益壯大，基地遍布重慶、成都、西安、桂林、芷江等地，但大本營始終設在昆明——這是導航問題引起蘇鳳麒關注的原因。
蘇鳳麒認為，昆明位於中國戰略後方的地理中心，即使把緬甸考慮在內時仍然如此——這種地理位置在飛行器導航方面具有突出的優越性。他運用天文導航原理，對當時已是最新技術的雷達作了重大改進，打破原有的非自主式導航台必須設在機場或航線上的局限，以風凰山為中心建立起高效率的和穩固的信號網路，為我方飛機航行和空軍作戰指揮提供了堅實保證，美國飛機失事或被日機擊落的幾率大大降低，乃至鳳凰山被美國飛行員們盛讚為「指南台」……
「老頭子畢竟還是愛國的，抗日的，而且