段祺瑞很早就知道了徐樹錚遇險的消息。原因是時任交通總長龔心湛為段派人物，當徐樹錚的專車在廊坊被扣時，鐵路局的段長第一時間就向龔心湛報了信。
段祺瑞聽到消息後震驚莫名，可是又無計可施，只好抱著僥倖心理，想慢慢地找尋渠道，設法把徐樹錚給解救出來。
然而不久之後，他就得到報告：「專使下車，什麼話也沒有問，就被槍斃了。」
段祺瑞一生以沉穩老練著稱，無論遇到多大的險情和困難，都有一種泰山崩於前而面不改色的鎮定從容。可是這一報告卻讓他幾乎暈了過去，他老淚縱橫，痛哭失聲：「斷我股肱！斷我股肱！」隨從段祺瑞多年的人都說：「跟老頭子這麼久，還沒有見過他這麼傷心呢！」
悲傷之餘，段祺瑞欲派人找回徐樹錚的遺骸進行裝殮，可是卻沒有人知道遺骸到底被埋在了哪裡。過了幾天，他忽然收到一封信，信是廊坊駐軍司令部的一名姓洪的軍醫寫來的，他自述原名段大槐，後歸宗姓洪。清末時他曾在段祺瑞的江北提督衙門給幕府當差打雜，徐樹錚教他讀書寫字，洪軍醫遂拜徐樹錚為師，並在徐樹錚的幫助下考進了天津軍醫學校。
洪軍醫說他代收了徐樹錚的遺骸，將即日運至北京。原來張之江的部下處決徐樹錚後，只是隨便挖了個坑，將他的遺骸埋在了附近的野地里。
洪軍醫聽到後便去向張之江請求說：「我小時候在江北提督衙門裡伺候做幕的師爺們，徐師爺看我不錯，把我送到天津學醫，這才有我的今天。他跟都統（指張之江）有什麼仇恨，我不知道。念他過去待我有恩，可否容我給他收屍？」
張之江殺徐樹錚不過是奉命行事，他跟徐樹錚之間也沒有什麼大不了的個人恩怨，便也樂得做個順水人情，於是就說：「大丈夫恩怨分明，你收你的屍吧，我不攔你！」
得到張之江的允許，洪軍醫把徐樹錚的屍體從泥土中刨出來，放進自備的一具薄木棺材，然後用驢車運到北京，停放在永定門外的土地祠里。
段祺瑞為徐樹錚的遺骸重換了裝裹和棺木，並親撰「神道碑」，回顧了二人相與的過程，對徐樹錚極盡褒揚。他還囑咐自己的子孫後代，要求以後每年擺供祭祖時，必同時祭供徐樹錚牌位。
在徐樹錚被害的第二天，京津各報就都登出了陸承武的通電。這份通電實際上是鹿鍾麟的北京警備司令部事先早就擬好的，在通電中，他們以陸承武的口吻指稱是陸承武親手殺死了徐樹錚，「以雪國人之公憤，藉報殺父之深仇」。一般不曉內情的人都知道陸承武的父親陸建章系徐樹錚所殺，所以對於陸承武的舉動也深信不疑。
段祺瑞則深知事情沒有這麼簡單，「所謂仇者偽也」，他堅決主張明令緝兇。此前迫於各方特別是馮玉祥方面的壓力，執政府已成立了國務院，內員多為親國民軍或與國民軍方面有淵源的人。國務總理賈德耀是馮玉祥的把兄弟，又系馮玉祥一手推上台，看到段祺瑞所發的緝兇令後，執意不肯在上面副署，事情最後只能不了了之。
段祺瑞雖然暫時不得不忍氣吞聲，但經過這件事，他和馮玉祥之間的關係也就走向了徹底破裂。
徐樹錚能夠成為段祺瑞的「靈魂」，不僅是由於他的謀劃和活動能力，更在於二人在政治理想上高度契合。段祺瑞曾親自撰寫《內感篇》一文，在這篇文章中，他分析道，國內的一般學人在遊歷歐美後，都想把西方的政治思想和制度立刻移植過來，就好像是拿別人的裝飾物，來美化自家廳堂一樣。殊不知上層建築的東西絕非如此簡單，畢竟西方人對他們的那一套早已習慣，而國人在此前的三千多年裡，一直都有自己的歷史和文明，如果一定要強行移植，只會帶來東施效顰的結果。
段祺瑞與徐樹錚一樣，都認為中國的「立國要素」仍是傳統的孔孟之道，是「老吾老以及人之老，幼吾幼以及人之幼」。由此出發，其治國之道可以用四個字來概括，即「綱紀為先」。
作為段幕後起的重量級幕僚，章士釗的政治理念與段祺瑞、徐樹錚可謂如出一轍。他是一個「以農立國」論者，竭力主張恢複體現「農國」精神的中國傳統文化，特別是儒家的禮教，並視禮教為拯救社會危機的對症良藥。
可是此時的社會風潮卻與他們的想法完全背道而馳，各地學生運動此起彼伏，對北京政府的「綱紀」形成了極大的衝擊。段祺瑞慨嘆：「最奇特者，人之所無，而我更有澎湃之學潮，可謂新之又新。」
為此，在執政府尚能維持局面時，段祺瑞便讓章士釗由司法總長兼署教育總長，想通過這位名士出身的政治家來整頓學風。