在無法與國民黨合作的前提下，段祺瑞不得不獨自與張作霖、馮玉祥周旋。儘管他沒有什麼自己的力量，看似高居朝堂之上，其實只相當於中國古代歷史上的周天子、漢獻帝，但他本人卻決不以此自居，一旦進入執政的角色，仍然堅持按自己的想法辦事，甚至遇到與張、馮相抵觸的地方，也照舊敢於函電相責。
在段祺瑞的心目中，張作霖是鬍子出身，馮玉祥在他做統制時還是一名小兵，這二人雖然手下兵多將廣、勢力強大，但要坐下來跟他談治國理政，都還差得遠哩！
與每一次上台執政一樣，段祺瑞首先要解決的仍然是錢的問題。當時各省稅收盡為地方截留，分文不上繳中央，就算是中央政府名義上可以過問的京畿地區，有油水的地方也盡為馮、奉兩軍所得，而這兩軍還要反過來向中央索取軍餉，其中尤以奉軍索取最急。
段祺瑞在召開善後會議時曾提出財政案，希望通過立法使地方能分一杯羹給中央，但因遭到各省代表的反對而被迫擱置。此時，中國因參加「一戰」而得以停付庚子賠款的「紅利」早已結束，中央得到的關稅、鹽稅在償還庚子賠款後便無餘款，而軍政及教育等各項費用卻都積欠頗多。
過去段政府用於緩解類似危機的主要辦法是對日借款，可是現在這一套路已經不靈了——「西原借款」除第一筆外，全都本利無歸，日本政府在不得已的情況下，只好發行債券歸還銀行。同時，寺內在任時所謂的「中日親善」也沒能實現，反日浪潮在中國國內呈風起雲湧之勢。日本國內輿論認為寺內內閣是賠了夫人又折兵，對此大為不滿。
雖然段祺瑞執政後親自寫信給時任日本首相田中義一，希望日本繼續給予經濟援助，但田中為免重蹈「西原借款」的覆轍而遭受本國輿論的攻擊，對段祺瑞的這封信始終未予答覆。
眼見北京政府的財政瀕臨絕境，段祺瑞不能不寄望於加快解決「金法郎案」（當時也稱金佛郎案）。金法郎案是法國提出的一種還款辦法。中國原來都是以法郎向法國償還賠款，但是一戰後，法國金融混亂，發生了通貨膨脹，法郎跌價嚴重，已不能維持其票麵價格。
法國政府認為，如果還按老辦法還款，他們吃虧了，於是便希望中國在還款時以「金法郎」代替貶值的法郎。所謂「金法郎」並不是實有貨幣，只是確保法郎不貶值的一種虛擬貨幣。
法國是庚子賠款的大戶，約佔總數的百分之十五。如果中國政府按照金法郎計算還款，須多付整整八千多萬元！這當然是中國所不情願的。
西方人談判時，習慣胡蘿蔔與大棒一道上，在提出金法郎案的同時，法國表示可以將部分還款退還中國，其中一部分用於中法合辦教育及慈善事業，另一部分用於恢複一戰期間倒閉的中法實業銀行。後面這家銀行曾吸收了中國的大量私人存款，如果恢複，歷年存款自然就可以兌現了。
由於很多政府要員都在中法實業銀行有存款，所以歷屆政府中都有人為此奔走說項。1922年7月，由曹、吳控制的北京政府以照會回覆法國公使，表示贊同金法郎案。消息傳出，遭到舉國一致反對，在輿論壓力下，北京政府只得決議否認以金法郎償付賠償款。
你這邊否認了不要緊，那邊卻已答應人家了。這關係到國際信用問題，而在國際社會中，信用問題通常又非常重要，乃是國與國交往的第一法則。徐樹錚在自己所著的《建國銓真·邦交章》中曾寫道：「抱信者，事可許人，許之，勿待苛求。不可許，至死勿許也……」
覺得不能贊同對方的提議，便死也不要答應；一旦答應了，則最好不要中途反悔，否則就得承擔相應的後果。法國認為中國出爾反爾，遂通過總稅務司、英國人安格聯，按金法郎所應折算的賠款數，將1922年12月1日以後的中國關余、鹽餘（即關稅、鹽稅扣除庚子賠款後的所餘款項）盡數扣留，不準中國政府提用。
除此之外，法國還以批准「九國公約」作為交換條件，聲明若中國一天不批准金法郎案，他們就一天不批准相關協定。
到1923年上半年，曹錕希望能夠退回被安格聯扣留的款項，遂打算依照法國要求解決金法郎案，結果引起國內輿論鼎沸。北京政府不敢觸犯眾怒，金法郎案遂再次成為懸案。
段祺瑞在天津時也曾以在野身份通電反對金法郎案，但等他上台，解決金法郎案已成了執政府擺脫困境的唯一途徑。他對財政總長李思浩說：「你如再不辦（金法郎案），連執政府的日常開支也沒法應付了。」