有章士釗所做的前期設計和鋪墊，乍看起來，臨時執政似乎已經具有了可以不受任何方面掣肘的大權，完全能夠按照自己的設想大幹一番。段祺瑞也曾雄心勃勃地對幕僚們表示，自己將對政府做「根本改革」：政府用人將重才而不重黨閥派系，外交取獨立態度，財政要治本，不借外債。總之，就是要使國內實現不分派系的大統一，國際上則不再依賴於任何列強。
然而設想是美好的，現實卻是殘酷的。經歷直皖戰爭和江浙戰爭，皖系的軍事實力已喪失殆盡，「最後的堡壘」盧永祥也成了無兵無勇之人，段祺瑞所能依恃的僅為一批文人政客和官員，可以說是「手無寸鐵」。
沒有本系實力作為後盾，就算是有再精妙的制度設計，也無法按個人意志行使權力。最早讓段祺瑞體會到這一點的，是對章士釗的任用。作為段幕現階段的首席幕僚，章士釗在天津時即為段祺瑞的秘書長，到京後，段祺瑞已內定他為執政府秘書長。豈料張作霖力薦段祺瑞的另一個幕僚梁鴻志出任該職，段祺瑞拗他不過，只好改委章士釗為司法總長。雖說章士釗精通法律，當司法總長也算是專業對口，但畢竟非原來所願。
不僅張作霖對中央事務有插手欲，馮玉祥也同樣不遑多讓。就在段祺瑞抵京的當天，馮玉祥對他手下的重要將領說：「段已到京，張雨亭（張作霖的字）再到京，即是段、張、馮三大頭，若說不干涉政事是不可能的，就是段大元帥（『國民軍大元帥』，用以指段）出山，也是個木頭人。」
當時的報紙什麼都敢登。北京報紙就刊登了一幅漫畫，在圖上的三桿步槍交叉架上，有一頂寫著「臨時執政」字樣的軍帽，意思就是說段祺瑞是由馮、奉、直三大軍事勢力捧上台的，他不但不能得罪馮玉祥、張作霖，連長江各省直系的臉色也要看。
面對尷尬的處境，段祺瑞的部下幕僚們開始從最初的興奮中清醒過來。某日，段祺瑞與曾毓雋談論局勢，曾毓雋表現得情緒悲觀，他認為段祺瑞能夠上台執政，只是因為推翻曹、吳後群龍無首，馮玉祥、張作霖拿他作為「暫時之馬首」，並非真心擁護，而且馮、張也是暫時互相利用對方，必定難以長久合作。
段祺瑞見狀說：「雲沛（曾毓雋的字），你不應當對國家事採取如此消極的態度。」
曾毓雋說他並非消極，而是覺得擔心，感到「老總」在如此形勢下急於上台，好比是一張兩條腿的桌子，一推便倒。
段祺瑞也沒想到入京之後所遇到的困難會這麼大，但他素來不以困難為懼，想想青少年時代靠「一塊錢起家」，動輒徒步跋涉千里，現在再難，會比那時候更難嗎？
正好手裡拿著一隻茶杯，段祺瑞就當場以茶杯為喻：「此杯固是鋸合而成者。我握之掌中，可暫不碎，若我放手，便落地碎矣。」
看到老段仍以「救世主」般的心態在做事，曾毓雋忍不住脫口而出：「杯不由我碎，待碎時由我全之，則反易耳。」
段祺瑞畢竟早已不是一個靠熱血和青春闖蕩江湖的少年，他不能不承認曾毓雋說的是對的，也就是說，他作為名義上的國家元首，不但要面對重重困難，還要承擔隨時可能「杯碎」的責任，而他實際上根本沒有能力保證「茶杯」不「落地碎矣」。
這麼一想，真不如冷眼旁觀，然後從容收拾時局來得輕省便宜啊！可是開弓沒有回頭箭，以前做總理時，還能跟總統耍耍性子、撂撂挑子，現在總不能自己掛冠跑回天津去吧。
遲疑半晌，段祺瑞對曾毓雋說：「你說得很對，那麼你的意思是怎樣呢？」
段祺瑞是想問曾毓雋有何補救之策。曾毓雋的建議是加強與南方的合作。當時的南方勢力之中，除西南的滇唐（唐繼堯）、蜀劉（劉湘）外，就數東南的孫中山聲勢最大，同時段、孫又曾同為反直三角同盟，因此曾毓雋建議段祺瑞迎孫中山北上，與之共商國是。
以段祺瑞之老到，並非不知孫氏之潛力。在與孫結成同盟時，他就曾評價說：「中山可稱中國之絕色人物，確守一定主張，始終不渝，此余所以深悅與之攜手也。」
後來曹、吳敗走，有人主張開國三大元老同時入京，開國是會議。所謂開國三大元老，孫中山、段祺瑞、黎元洪是也。段祺瑞當時也接受了這一建議，並向馮玉祥解釋：「中山西南領袖，吾們與雨亭（張作霖）偏向北方，故統一西南事，應徵取中山意見，吾遲遲入京以此。」
曾毓雋說段祺瑞「急於上台」，其實是指他沒有能夠堅持這一主張，把聯孫進行到底——在被擁戴將成為臨時執政後，為了進一步取得長江各省的支持，段祺瑞在事先未與孫中山商量的情況下，就單方面發布了宣布政見的「馬電」，令孫中山大為不滿。
接著，梁鴻志、段宏業等人又慫恿段祺瑞先入京，並且說：「先入關者王，主人也；中山後至，賓也，何必候孫？」段祺瑞聽信了他們的話，放棄等待孫中山，先一步到京就職，這就意味著段祺瑞一人執政之局替代了「三元老方案」。孫中山當時已即將抵達上海，聽到這一消息後，只好繞道日本，推遲入京。