外界對段祺瑞不善用將的批評，並非僅從直皖戰爭開始，南北戰爭時的傅良佐、張敬堯、吳光新都可以說是很失敗的例子。
與傅、張相比，吳光新要強上一些。他的學識相當不錯，可以說是文武全才，但為人脾氣古怪，對部下高高在上，同時還不能與士卒同甘共苦，帶領軍隊其實是不太適宜的。段祺瑞將他用在南方戰場上也始終沒有成功過，皖系多有人對此表示不滿。
有一次，陝督陳樹藩就趁著打牌的機會脫口而出：「老師（指段祺瑞，陳樹藩曾是他的學生）一生許多事都誤於吳三爺（即指吳光新）。」段祺瑞便說：「小學生又在亂說，小學生又在亂說。」段祺瑞用笑話來解嘲，一方面是承認吳光新不免讓自己失望，但另一方面也有袒護和不肯認錯的意味。
隨著張敬堯早早折戟，皖系在南方所能依恃的就只剩下了吳光新。吳光新時任長江警備總司令，轄有第二十師及暫編一師，約一萬多人。隨著直皖戰起，吳部可隨時出兵河南，攻襲直軍後路。直系方面於是由鄂督王占元出面，邀請吳光新到武昌赴宴。
環境已經如此複雜微妙，這宴豈是好赴的？吳光新的一些親信部下極力勸吳光新不要去，恐有意外，吳光新卻驕傲自大，不但不聽，反而責備他們過於膽小。
第二天，王占元又來電話催請。「膽大」的吳光新帶著隨從和馬弁乘著「楚材艦」過江登岸，上岸後轉乘馬車直入王占元的官署，隨後便被王占元扣個正著。時人諷之：「方為座上客，即做階下囚。」
以扣押人質的辦法來擒賊先擒王，本是徐樹錚向段祺瑞所獻之計，老段沒有用，結果別人倒先用了。吳光新被扣之後，其部投鼠忌器，均不敢輕舉妄動，王占元則趁機派各師旅分途急進，採取分別包圍和解決的辦法，將吳光新所部或繳械解散，或接收改編。
戰事進行到此，皖軍雖然在西路和南方都落得了個大敗的結局，但直軍還遠不能說已經完全奠定勝局，因為在其他方面，勝的不是直奉軍而是皖軍——
徐樹錚所指揮的東路部隊已進入追擊階段，所部距天津僅三十里；邊防軍第三師在與直軍接觸後，節節勝利，距保定已不足百里；山東方面的邊防軍第二師已前進至河北省境內，自此以北，直軍只有舊巡防軍一旅，可以說是毫無戰鬥力。
即便是西路，也不是沒有辦法轉敗為勝。比如第一師除師長曲同豐及師部被俘外，全師的人員武器均未受到多大損失，可以說是全師而退。第十五師損失較大一些，但該師本來也沒有對皖軍作戰起到什麼積極作用，何況魏宗瀚的第九師還尚未投入，完全可以彌補第十五師的戰損。
就當時的全面戰事來說，皖軍不僅沒有失敗，而且極佔優勢。如果段祺瑞能夠迅速趕到前方，對西路敗退部隊進行督促整理，必能軍威復振，反敗為勝不是沒有可能。
實際上，皖軍的情況使得他們比直軍更適宜於持久戰。戰前安福係為皖軍討伐直軍提供了大筆軍費，僅在團河會議上，就籌集了五六千萬元。戰爭結束後，直軍繳獲到的皖軍給養之多，令他們也感到無比吃驚：麻袋裝著現洋，每五萬塊一麻袋，不計其數；五十多門各種大炮堆放在地上，炮衣都還沒有取下；步槍子彈遍地都是，誰也不知道確切數字。
戰爭才打了幾天而已，如果打它幾個月甚至半年，皖軍就算熬，也能把直軍給熬垮掉。不過，這一切的前提是段祺瑞還願意把戰爭繼續下去。
段祺瑞軍人出身，政治上主張武力統一，然而他基本的思想基礎卻是儒、佛觀念，並以此作為分析事物的標準。從這一角度出發，段祺瑞一向都認為，北洋軍無論直皖，都是一家人，是他這個北洋領袖的部下學生，傷了誰都痛心。他「討伐」直系也是被逼出來的，是沒有辦法的辦法，為的只是除去曹、吳這兩個北洋的「害群之馬」。
直皖戰爭爆發前，有人曾主張派飛機去保定轟炸曹錕居住地及其他重地。段祺瑞堅決不同意，說不服從中央命令的，只有曹、吳二人，不能殃及無辜。
段祺瑞發起直皖戰爭，要的是速勝，這樣才有可能在達到目的的同時，將雙方的損失降到最低，然而事與願違。現在倘若他不想速敗，就要抱著不惜玉石俱焚的決心與直軍死磕，而這又與他最初的願望和想法背道而馳。