靳雲鵬、徐樹錚同為段祺瑞的幕僚出身，也是段幕中被公認為最有才能，同時也最受段祺瑞賞識的兩個人。靳雲鵬雖然天資不如徐樹錚，但做事特別勤奮賣力，加之出道較早，名位一直在徐樹錚之上，所以被新聞界封為段幕四大金剛第一名（另三人依次為徐樹錚、曲同豐、傅良佐）。
靳、徐之間一向都互不買賬。在靳雲鵬看來，自己從小兵做起，一步一個腳印，不像徐樹錚原先一天兵都沒當過，只是因為留洋回來就做了軍官。同時，他在徐樹錚之前就受到了段祺瑞的提攜，因此理所當然地視徐為後生晚輩。
徐樹錚則以能文能武自豪，認為靳雲鵬出身行伍，雖然說不上是目不識丁，但也只不過粗通文字而已。他內心裡看不起靳雲鵬，也根本沒有靳雲鵬所期望的那種對「前輩」的敬畏感，平時有了分歧便照吵不誤，不肯給對方留一絲情面。
段祺瑞固然對徐、靳都很賞識，但如果一定要他從中選一個最欣賞最親近的，無疑仍是徐樹錚。
與靳雲鵬和段祺瑞的關係在師友之間不同，徐樹錚是段祺瑞真正的嫡系門生。朋友雖近，總不如學生可靠。更重要的是，徐樹錚只忠於段祺瑞，政治關係較簡單，靳雲鵬卻關係複雜，他和馮國璋做過同學同事，和曹錕是把兄弟，和張作霖是兒女親家，也就是說，幾乎和所有的當朝權勢人物都有瓜葛。因此，段祺瑞對靳雲鵬就不可能做到完全信賴，在對待二人的態度中，也不免有偏徐而抑靳的趨向。
靳雲鵬的功利心和虛榮心都很強。段祺瑞的這一態度毫無疑問對他造成了很大刺激，使其更加由妒生恨。
早在討伐張勳期間，段祺瑞將幕僚人員做了一個分工，讓靳雲鵬在天津負責策劃，徐樹錚、曾毓雋到外省進行聯絡。徐樹錚因為有事來津找段祺瑞商量，正好段祺瑞不在，徐樹錚沒進屋就離開了。
靳雲鵬知道後，以為徐樹錚是來找自己碴兒或到段祺瑞面前告自己狀的，於是馬上跑到辦公室門外，對著徐樹錚的背影怒目而視，並且用山東土話大罵道：「徐樹錚你奶奶個腿兒，你鬼鬼祟祟地幹什麼？你來查誰呀！你管得著嗎？婊子的兒，整天價不幹人事，出壞主意，你是人做的嗎？王八蛋！」
徐樹錚不屑與之對罵，便假裝沒聽見他那些不堪入耳的話，加快腳步離開了。
早在段祺瑞做國務總理時，徐、靳的矛盾就已由暗鬥走向表面化，靳雲鵬常常被氣得請假不來辦公。段祺瑞知道後，便授意吳光新、曲同豐等人進行調解，但二人關係並未得到根本改善。之後段祺瑞改變方法，轉派靳雲鵬代表他出外做聯絡工作，一方面利用靳雲鵬各方面關係較廣的優勢，另一方面也希望藉此減少靳、徐之間的摩擦。
可是這樣一來，靳雲鵬卻認為段祺瑞是有意對他疏遠，反而對徐樹錚更加懷恨在心。
徐、靳雖然一開始就不和，但爭鬥還不算激烈，圍繞著究竟該由誰來出任西北邊防軍總司令一職，雙方才逐漸變得水火不容。
靳雲鵬是督辦處督練，徐樹錚是督辦處參謀長，按照這個職位設置，靳在徐之上，有統轄邊防軍的權力，他似乎更有理由出任西北邊防軍總司令。可是在段派嫡系軍人這個圈子裡，多數人都認為靳雲鵬人品卑鄙，很看不起他，就是邊防軍的三個師長，也都跟他不對付，尤以第一師師長曲同豐為甚。
辛亥革命前，靳雲鵬在昆明任第十九鎮總參議。十九鎮統制是鍾麟同，靳雲鵬與之不睦，曾陷害過鍾麟同。當時曲同豐也在十九鎮任協統，和鍾麟同關係很深。因為這段過節兒，他每談及靳雲鵬便咬牙切齒。
靳雲鵬是三個師長的直接領導人，後者距離段祺瑞還隔著一層。可是師長們的心目中都只有段祺瑞，並不把靳雲鵬放在眼裡，有些事情甚至還會直接去向段祺瑞請示。這樣靳雲鵬就被懸在中間，成了一塊掛名的招牌。
靳名位較高但難得眾心，徐能夠服眾卻職務不夠，雙方各有優勢短長，又互不相讓，令段祺瑞一時也難以決斷，西北邊防軍總司令一職也就只好長久地空缺在那裡。直至徐世昌用徐樹錚為西北邊防軍總司令、靳雲鵬為國務總理，這樁懸案才算了結。
靳雲鵬與徐樹錚有宿怨，不願看到對方建功，所以儘管外交部也支持徐樹錚對「六十三條」的看法，但他仍給徐樹錚潑去了一盆冷水。
徐樹錚主張不應按王公要求撤治，靳雲鵬就說內閣已經如此決定，不可出爾反爾，自損威信，至於後果如何，等辦理後再說，縱有不便，再行取消也沒有損失。他還直接否決了開會進行研究的提議，認為籌邊會議只可在邊防範圍內討論問題，而外蒙古撤銷自治案，已經交給陳毅專辦，不必他人越俎代庖。
徐樹錚對靳雲鵬的指示置若罔聞，他致電國務院：「撤治但求成功，何分畛域？」
以徐樹錚的性格，只要他認為做得對而且能做好的事，必然一往無前，天王老子也擋不住，更別說靳雲鵬的指示了。在給徐世昌的另一封電文中，他聲明自己從抵達庫倫之日起，沒有做錯過任何一件事，「自問無負於政府，無負於道義……樹錚只重國事，決不以榮枯毀譽介意」。