1917年7月14日，段祺瑞以「三造共和」的英雄姿態凱旋迴京。他在請願團事件中受損的社會聲譽及其威望大幅反彈，許多人都對他歌功頌德，就連段公館內部對這位他們熟悉其實又不太熟悉的老段也開始刮目相看。有的家人說：「還是老頭兒有辦法，上次一個電報，就叫清室讓了位。這回又是一個電報，攆走了張勳，取消了復辟。」
段祺瑞入京後正式組閣。在陸續發表的閣員名單中，除他繼續自兼陸軍總長外，主要由段派、研究系、交通系成員組成，可以說是三派的聯合內閣。
在討逆一役中，梁啟超功勞不小，加上對其學識人品的賞識，段祺瑞在醞釀內閣名單時即力邀其共事。梁啟超半是謙虛半是認真地說：「我只能給總理當個書記，寫個稿子，別的事恐怕我擔當不下來。」
最終梁啟超被任命為財政總長，研究系的另一個領袖湯化龍出任內務總長。在新內閣里，研究系佔有很大份額，一共九個閣員，研究系便獨佔五席。這既標誌著研究系進入了它的極盛時期，同時也預示著段祺瑞在重新執掌中央政權後，暫時不會再像以往那樣受到來自院方自身的羈絆。
段祺瑞入京的當天，便與黎元洪會面並向對方表示慰問。復辟期間，黎元洪先欲到法國醫院藏身，遭拒後又以平民身份轉往日本使館避難。直到張勳逃往荷蘭使館，他才敢從東交民巷裡出來活動，猶如是在換防，一國元首的臉面掃地以盡。
儘管段祺瑞仍請黎元洪回總統府就職，但經此劫難，黎元洪在羞愧難當的同時，也已心力交瘁，不願再當總統。他向段祺瑞表示：「我已打定了辭職的主意，今天決不能再回公府。」返回私宅後，他又連發兩通電報，以「心肝俱在，面目何施」的沉痛措辭，聲明自己決不再復任總統。
就段祺瑞來說，黎元洪當初毫不留情的免職之舉，無疑給他造成了刻骨銘心的精神傷害，即便討逆成功，這種心理陰影也不可能完全消退。現在他之所以出面挽留黎元洪，很大程度上只是為了體現一個獲勝者的寬宏大量和既往不咎，但既然黎元洪退意已決，他也就不再勉強了。
黎元洪不做總統，就輪到了馮國璋。馮國璋在討逆期間以副總統代行大總統職權，通電還是黎元洪一手草擬的，由馮國璋繼任總統可謂合情合理合法。
段祺瑞隨後接二連三發電報邀馮國璋北上，還派人到南京勸駕，但馮國璋卻遲遲未動身。
馮國璋本人對繼任總統自然是求之不得，問題是他的部下幕僚已經分成了兩派意見。一派主張接受段祺瑞的邀請，由代理大總統轉正。他們認為，黎元洪既不肯復職，馮國璋就應到北京正式繼任，如果長期在南京代行下去，不但影響國際觀感，而且妨礙政令的推行，就算以代理大總統的責任來衡量，也說不過去。
北上派還有著自己個人的小九九，用他們私下的話來說：「我們好不容易盼得有這麼一天。現在我們要捧著老頭子（指馮國璋）去當大總統了。這個機會，怎麼可以錯過呢？」
為了能夠攀龍附鳳、雞犬升天，北上派便竭力慫恿馮國璋北上，並且強調目前中央無主，元首虛懸，正是他擴大權勢、擺脫土皇帝身份的好機會。
相對於北上派，另外一派可稱為留寧派，也就是建議馮國璋留在南京，將大總統繼續「代」下去。他們提到的反證，就是先前人盡皆知的府院之爭，由此引申出：做正式的大總統，只有像袁世凱那樣完全執掌大權，才有可能做得好，其他人都不行。「像那黎大總統（黎元洪），由於他手裡沒有實權，所以就讓人給端下來了。」
有人這樣給馮國璋分析利害：「古人云，猛虎在山，藜藿不採。不要看總統（指馮國璋）在這兒威震八方，可是一到北京，人家處處拿法律限制你，就什麼事也辦不通啦！」
馮國璋曾親眼見識過府院之爭的激烈程度，對黎段二人是如何相互把對方逼到絕境的整個過程也知之甚詳，所以對這一派的意見很聽得進去。當時馮國璋的夫人、女婿也都勸他不應離開經營多年的地盤和軍隊去北京，以免輕者做個空頭總統，重者淪為黎元洪第二。
如果能夠像留寧派所說的那樣，繼續留在南京做代理大總統，而由段祺瑞在北京處理政務，對馮國璋而言，無疑是最好的結果。可是畢竟魚與熊掌不可兼得，而且這時西南方面又通電擁黎元洪復任，馮國璋便覺得還是應該慎重從事，再觀望一下，於是便發表通電，宣布停止代行總統職務，仍以副總統身份兼領江蘇督軍。