除了爭奪兵權外，府院雙方還常常在官吏任免上較勁：院方想要任用誰，府方會故意挑剔；反過來，府方提出的官員名單，有時也得不到院方的同意。由於府院相持不下，許多已經擬定的官吏人選最後都中途擱淺了。
黎元洪的幕僚們想在外省扶植本方勢力，便鼓動黎元洪任命孫發緒為山東省長。任命書已經寫好並加蓋總統府大印後，黎元洪派時任總統府侍從武官長的哈漢章持令去找段祺瑞，以完成國務院加蓋印章這一環節。
哈漢章與段祺瑞有師生之誼，他見到段祺瑞後說：「總統因為山東省長缺人，今物色了一位安徽同鄉孫發緒，認為人地相宜，即請老師蓋令發表吧！」
孫發緒是安徽人，段祺瑞出生於安徽，也以安徽為原籍，哈漢章強調孫發緒「安徽同鄉」的身份，自然是以為這樣好通過一些。可是段祺瑞雖然極重鄉情鄉誼，但在任用鄉人的問題上卻很清醒——在他權位極盛之時，家鄉常有人來看他，段祺瑞總是熱情接待，臨走時還要贈送路費和禮品，然而從不委派或推薦鄉人當官。
聽哈漢章口出「安徽同鄉」四字，段祺瑞勃然大怒，當場拍案罵道：「什麼東西！我不認得這個同鄉，難道說安徽同鄉就該做省長嗎？」
見段祺瑞發了火，哈漢章情知不妙，趕緊起身溜走了。
段祺瑞固然講原則，但作為一個務實的政治家，他也並不缺少靈活權變的一面。哈漢章走後，有人向他透露，說黎元洪其實在山東省長這一席位上考慮了三個人選，孫發緒在三個人中尚屬「勢利官僚」，看風頭行事的角色，對段派並不敵視。另外兩個都是厲害角色，兩害相權取其輕，還不如任命孫發緒。
段祺瑞聽了覺得頗有道理，便勉強同意了這一任命。
嘗到甜頭的黎幕又開始在更為重要的閣員名單上做文章。按照「臨時約法」及民國慣例，只有國務總理由大總統提名特任，其他閣員人員均應由總理提出，但黎元洪卻在幕僚們的慫恿下，擅自擬定了另外一份閣員名單，然後一面通知段祺瑞，一面徑行提交國會。
進入黎元洪所擬名單中的大部分人，或為結好黎幕的議員，或與黎私交素厚，或為黎的同鄉，其中最為矚目的是唐紹儀，他被提名為外交總長。作為民國改元第一任總理，唐紹儀資望較崇，黎幕推他出山的目的，是預備將來黎段交惡乃至決裂時，可以把段祺瑞換掉，以唐紹儀繼任總理。
段祺瑞拿到名單後內心很不痛快，但因為擔心引發府院之間新的大衝突，所以當場未做任何表示。見段祺瑞默然不語，徐樹錚一時也不便多言。
被人按著頭不吱聲，從來不是徐樹錚的性格。退出帳外後，他忽然心生一計，決定不直接向黎元洪提出任何抗議，而是以唐紹儀為突破口，通過各省北洋軍人對黎元洪進行施壓。
在徐樹錚的策划下，由馮國璋、張勳領銜，二十多名北洋將領發出聯名通電。通電不僅列舉了唐紹儀的各項「罪狀」，而且稱如果政府執意讓唐出掌外交，以後各省將對外交部與各國所訂條約一概不予承認。
此時唐紹儀已由上海到達天津，正準備赴京入閣，通電一出，只得又返回上海。
黎元洪是個經受不住壓力的人，通電自然令他心驚膽戰，開始後悔自己在內閣名單上採取了過於輕率的態度。黎元洪的幕僚們原來嚷得很兇，如今也被一紙通電給壓得沒了一點聲音——他們多為文人政客，膽子再大，也不敢真的與一群持槍在手的武人叫板。
黎元洪前倨後恭，親自打電話邀請段祺瑞過府，以便重新商定閣員名單。
段祺瑞儘管又一次佔據了主動，但為了使新內閣能夠儘快通過，還是決定以混合制方式組閣，在閣員人選上做了最大程度的讓步。除陸軍總長由他自己兼任外，其他閣員都盡量依照黎元洪的推薦和提名，從不同集團和政黨中選用。
在不斷升級的府院爭鬥中，夾在中間的「千年和事佬」張國淦也漸漸招架不住，於是索性掛冠而去，辭掉了包括總統府秘書長在內的所有職務。
黎元洪選用的繼任者為丁佛言。他是第一個出來做官的國會議員，此人性格浮躁，愛興風作浪、賣弄聰明，雖說能力可能不及徐樹錚，但在不安分和好鬥方面倒絕對與徐樹錚有一拼。
丁佛言不再像張國淦那樣好說話，他利用總統府秘書長的職權，時常將國務院呈交的公文和命令留下或不蓋印。徐樹錚被惹得三天兩頭地跳腳，二人爭吵甚至互相謾罵的事屢有發生。
跟徐樹錚爭尚不過癮，丁佛言還要跟段祺瑞斗。他對一位議員說：「決與歪鼻子（指段祺瑞）較量一番。」那人勸他：「你的力量不足以推倒段，相反要壞事。」丁佛言哪裡聽得進去，他不服氣地說：「那就試試看吧！」
為了限制段祺瑞的權力、提高黎元洪的地位，丁佛言提出「府院辦事手續草案」，主張總統要參加國務會議，以及當院方呈請總統用印時，如黎元洪有不同意見，必須交國務院再議，等等。
黎元洪看到這個草案，沒有不表示支持的道理；相反，段祺瑞則被氣得火冒三丈，乃至於提出要辭職。
黎元洪已經見識過對方的厲害，在段祺瑞的一番示威下不得不讓步，而段祺瑞認為時局還不夠穩定，不能把與黎元洪的關係搞得太僵，因此也同意進行折中處理。
幾經磋商，雙方擬訂了一個彼此都可以接受的方案。與此同時，段祺瑞也針對部下們以往對黎元洪的不恭敬行為進行了一定約束，段黎關係一度有所緩和。
府院之爭的高潮剛剛落下，國務院內部又起爭端——以孫洪伊為首的黎派閣員與段祺瑞、徐樹錚鬧起了彆扭。