蔣百里有一個少年侍衛，十六七歲即跟隨其左右，對蔣百里的行為特點很了解。他從未見到過蔣百里如此悲憤，又看到對方伸手摸腰際，預感到情形不對，就做好了衝上講台的準備。
及至蔣百里真的拔出手槍，這名侍衛不顧一切地奔上講台，拼盡全力把蔣百里握槍的右手往外拉。經這麼一拉扯，子彈偏離了方向，沒有危及心臟。
蔣百里在住院養傷期間，痛斥魏宗瀚：「我從此認識了這一班狐群狗黨的下流軍人！」他所受的打擊出於段祺瑞的陸軍部，魏宗瀚又是段的親信，因此後來不管段祺瑞及其皖系多麼炙手可熱，蔣百里始終未再與其有過任何關聯。
蔣百里自殺事件在社會上引起了很大反響。雖然表面看來它僅僅是蔣百里和魏宗瀚的衝突，可明眼人都能看出，這是袁世凱和段祺瑞發生矛盾的結果，並顯示出他們的矛盾已經日趨嚴重。
儘管如此，在自己立足未穩、尚須借重段祺瑞的情況下，袁世凱暫時仍無法採取過激措施。對這些磕磕絆絆的事，他只能睜一隻眼閉一隻眼，輕描淡寫地敷衍過去。
袁世凱在等待著時機。當選正式總統後，他挾軍事優勢，一步步鞏固著自己的政治地位。1913年年底，國民黨議員與李烈鈞的數十封往來密電被軍警查獲，袁世凱以此為由，借口國民党參與叛亂，下令解散國民黨，同時收繳國民黨議員的證書、證章。
國民黨議員超過國會議員半數以上，因不足法定人數，國會只好關閉。袁世凱趁勢宣布解散國會，將議員全部資遣回籍。
1914年5月1日，北洋政府正式公布了由袁世凱授意制定的「中華民國約法」，「臨時約法」被取而代之。新「約法」由於制定於民國三年，故又稱「民三約法」。按照「民三約法」的規定，總統府內的政事堂替代了內閣，政事堂的國務卿也成了總統的辦事人員。
在一手包攬全部行政大權後，袁世凱感到收回軍事大權的時機業已成熟。他決定在原總統府軍事處的基礎上，建立陸海軍大元帥統率辦事處。與軍事處不同，統率辦事處由袁世凱本人親自掌握，陸軍部、海軍部、參謀部三部總長都成了袁世凱的高級辦事員，實行輪流值班，大事唯袁世凱一人定奪。
統率辦事處存在的目的，表面是統籌軍事，其實就是要削奪陸軍部之權，段祺瑞怎能看不出來。他對此非常惱火，明抗不行，就進行消極抵制。在袁世凱召集眾人開會，商討統率辦事處成立事宜時，段祺瑞總是緊繃著臉，坐在那裡一言不發。
蔣百里傷勢痊癒後，被袁世凱任命為統率辦事處參議，段祺瑞就指示陸軍部不發委任狀。這時王士珍在袁世凱的再三邀請下重新出山，袁世凱提議讓王士珍擔任統率辦事處座辦，也就是主持常務，為此他特地徵詢段祺瑞的意見：「芝泉，你看這事行不行？」
「行，總統要辦的事哪還有不行的。」段祺瑞沒好氣地回答道。
統率辦事處成立不久，袁世凱又授命成立軍需處。陸軍部、海軍部本來都有自己的軍需司，成立軍需處顯然也是針對段祺瑞的陸軍部而來的。這一部門直接對袁世凱負責，大到購買軍火、軍隊擴編費用，小到特別費用，處處插手，與陸軍部不斷產生摩擦。
段祺瑞素性剛愎，極有主見，發現自己的用人權和軍需調配權都受到嚴格制約，馬上就渾身不舒服起來。他向袁世凱提了個建議，說以後關於軍官的任免，不如這樣：旅長以上的，由總統主持，團長以下的，才交陸軍部辦理。
陸軍部當然不可能只管團長以下的軍官，段祺瑞只不過以此來大發牢騷罷了。袁世凱知道段祺瑞不滿意，便又任命他為建威上將軍，兼管將軍府事務，以此表示對他功勞的肯定以及繼續借重之意。
這種哄小孩兒的招數並沒有真正起到效果，段祺瑞仍舊開心不起來。他除了常常借故不參加辦事處的會議外，也基本不到陸軍部上班。
「二次革命」後，國務院各部增設次長一人，徐樹錚已升為陸軍部次長。雖然有了兩個次長，但徐樹錚依舊事事不與另外一個次長蔣作賓商量，就自己決定了，蔣作賓只剩下被動署名的份兒。
很多時候，徐樹錚還做著總長的主。他以陸軍總長名義發給各省督軍和各師師長的電報信件，不必經段祺瑞批閱即可發出，事後只需口頭向段祺瑞報告一下。
都是替對方做主，不同的是，蔣作賓很不高興，而段祺瑞非常樂意。
有徐樹錚在部里主持，段祺瑞上不上班都無所謂，他對徐樹錚說：「我這總長當得已無意義，今後部里的事務均由你代行吧！」