在「看透孫、黃」這一點上，段祺瑞與袁世凱基本步調一致。他也認為國民黨人不聽約束，「左又是搗亂，右又是搗亂」。別的不說，當初揪住張案不放，對他又是質詢又是彈劾的，不正是國民黨籍議員們的所為嗎？
議員無兵無勇，相對而言還容易對付，令段祺瑞深感威脅的還是那幾個國民黨籍都督。早在1913年年初，江西都督、國民黨人李烈鈞就未經陸軍部批准，將採購到的一批槍械彈藥由上海運往江西。段祺瑞聞訊密令九江駐軍將槍械予以扣留，隨後通知李烈鈞：「此項彈藥已分給各水師軍艦。」
李烈鈞通電錶示抗議，聲明購買這批槍械是南京臨時政府曾經批准的，只是最近剛剛從上海起運而已。
對李烈鈞的通電聲明和要求發還槍械的要求，段祺瑞不予理睬，他在相應文件中批示道：「今日李督，通告天下，謂部扣留軍械，是李不受善，莫可救藥。」
雖然段祺瑞態度強硬，但鑒於李烈鈞「多方布置」，「志極堅定」，袁世凱不得不做出讓步，指示段祺瑞將扣留的槍械發還給他。
這一事件毫無疑問刺激了段祺瑞。事後，河南都督張鎮芳寫信給他，對共和政體下的民主表示不滿，並建議對國民黨人用兵。段祺瑞讀信如遇知音，他隨即在複信中吐露了自己的心聲：「至於黨派競爭，不顧大局，非武力鎮懾不可，自當密為籌備。」
在準備用武力進行鎮懾，以防止孫、黃「搗亂」上，袁世凱、段祺瑞可謂一拍即合。袁世凱在長電中也說：「自信政治軍事經驗、外交信用不下於人……彼等（指孫、黃）若敢另行組織政府，我即敢舉兵征伐之。」
1913年4月30日，袁世凱在總統府內召開秘密軍事會議，段祺瑞出席會議，並參與部署軍事，其中包括「多購軍火，增置募兵」和「分布軍隊辦法」等項。
第二天，由於趙秉鈞涉嫌宋案而被迫辭職，袁世凱命令段祺瑞以陸軍總長代理國務總理。這一任命被外界解讀為袁不惜用武力對付國民黨的信號，國內政治氣氛瞬間就有了火藥味，段內閣也因此被稱為「戰時內閣」。
5月5日，就參議院對借款案提出的質問案，段祺瑞以代總理身份到部接受質詢。當天，他身著陸軍上將軍服，挎著軍刀，昂首挺胸，目不斜視地走進了參議院會場。在國務院席入座後，依舊雙手握著刀柄，其神情彷彿不是來回答質詢，而是來主持軍事會議的。
議員當然也沒有這麼好嚇唬。除了親袁議員默不作聲外，國民黨籍議員都對段祺瑞群起而攻之。他們根據「臨時約法」發出嚴厲質問：政府為什麼不先咨請國會討論，就在借款合同上簽字？這是非法簽字，應判定借款合同無效！
議員們越說越氣，開始控制不住情緒。有人跳到凳子上大罵袁世凱破壞約法，欺凌國會，有人拍案高喊打倒袁世凱的口號，甚至還有人向段祺瑞摔擲墨盒。
不管議員們問什麼，罵什麼，或者摔什麼，段祺瑞始終神色自若，傲然不動，一副不屑一顧的樣子。
輪到他發言了，他走上講台，對議員們質問的一大堆問題一個都沒有正面作答，只是簡單地說了一句：「木已成舟，毋庸再議！現將借款案送交國會確認。」再質問，還是那句話，多一個字也別想。
參議院的質詢就這麼草草結束了。眾議院緊接著也提出了質問案，但段祺瑞的出場和答覆方式與在參議院一般無二。
這是段祺瑞自張振武案後第二次接受質詢，可以看出他的態度有了明顯變化，對議員們的輕慢和蔑視盡在不言中。
當然，袁世凱、段祺瑞也不是真的就敢不把國會放在眼裡。自發現國民黨在國會佔據優勢後，他們就採取措施「收復失地」，其中包括組織小黨群，以及將共和黨、民主党進行合併，組成足以與國民黨相對抗的進步黨。
小黨林立，不僅分散了國民黨的勢力，而且相當一部分小黨都得到了袁世凱的支持和資助，說白了就是袁家黨。比如有一個新共和黨，黨費主要由袁世凱撥付，所以在小黨之中最為闊綽。這個黨別無黨綱，唯知擁袁到底，其活動甚至比親袁的進步黨更加賣力，以至於進步黨有時也被弄得啼笑皆非。
質詢會期間，進步黨和親袁小黨的議員們明知政府理虧，卻還跑到休息室進行疏通，要求國民黨議員滿足段祺瑞的要求，對借款合同予以追認。
國民黨議員雖然對段祺瑞輕視國會的態度感到不滿，但當場也不能拿他怎樣。質詢會結束後，國民黨本部召集兩院的本黨議員商量，認為借款合同既已簽字，使用國會否決權也來不及了，同時如果使用國會否決權，勢必還要對責任人進行彈劾。彈劾案一起，親袁議員勢必不會善罷甘休，在其現有力量已極大增強的情況下，到時彈劾不了不說，所掀起的政海波瀾還將無止無休。商量下來，國民黨決定對借款案不做硬性決議。
在國民黨方面立場鬆動之後，借款案很快得到眾議院的追認。參議院對借款案進行了自由投票，最後也以過半數通過。