總務廳廳長的許可權本身也可大可小，全憑跟主管長官的關係而定——如果與長官的關係不深，便只能辦理一些文書、庶務之類的事務性工作；而如果是長官的親信，其許可權就可無所不包，整個陸軍部的工作都可以被「總」在裡面。
徐樹錚是段祺瑞親信中的親信。眾所周知，段祺瑞起來得快乃是袁世凱一手提拔的結果，而段祺瑞提拔徐樹錚也跟袁世凱提拔他自己一樣，並且有過之無不及。
段祺瑞進京後，不但北京軍政界的要人經常要來段公館問候起居，就是由外省進京的官員也免不了要到段公館稟見、稟辭、稟謝。按照段公館的規矩，每天晚上都要在號簿上登記這些賓客的名字、官銜，有時還要把對方的住址、電話也一併記下來。在這本號簿中，「小徐」屬於當之無愧的頭面人物。
「小徐」是段家人背後對徐樹錚的稱呼。段公館來賓，無論官職大小，一般都要預約和通稟。只有小徐是個例外，他是隨來隨見，用不著號房代他通稟便可徑直闖入，而且闖入的還是內客廳——段祺瑞會見其他賓客都是在外客廳！
新來段公館的家人往往會覺得奇怪，為什麼老段對小徐這麼信任呢？時間一長，他們也就慢慢明白了。首先是小徐對老段的確忠心耿耿，一心護主。其次，小徐是真有學問和本事。他具有驚人的記憶力，所有政府有關部門和負責人的電話從不用查問，全都可以清清楚楚地記在腦子裡，絲毫不差。如果有某個問題需要找有關部門聯繫，他會立刻親自打電話去問。
除此之外，徐樹錚竟然還能做到五官並用：辦公的時候可以會客；會客的時候，可以一隻手批公文，另一隻手拿著話筒跟別人通話……
清末時，有人說張之洞有這種五官並用的本事，而在北洋時代，似乎只有徐樹錚能夠做到這一點。
徐樹錚雖然暫時沒能當到次長，卻勝似次長。因為段祺瑞對他太信任了，徐樹錚可以在段祺瑞面前說一不二，段祺瑞從不駁回，反過來，段祺瑞吩咐下來的事，他卻可以不照辦。
徐樹錚的說一不二，並不是那種表面的驕橫跋扈。事實上，別人找他辦事時，他一般都是滿面春風、彬彬有禮，從不當面讓人下不了台，但客氣歸客氣，辦起事情來仍然沒有一絲一毫的通融餘地。
曾經發生過這麼一件事：有個姓李的軍官被軍隊撤職了，窮得沒有飯吃，他寫信給段祺瑞，請求段祺瑞給他個差使乾乾。段祺瑞看他說得可憐，便答應給安排個職位。
文件批交徐樹錚辦理，但徐樹錚簽呈後又打了回來，打回來的文件上只有簡單一句話：「查該員無大用處，批駁，驗過。」段祺瑞看後沒說什麼，於是李軍官重新謀職的事就只好拉倒了。
如果是面談，為了照顧來人的面子，徐樹錚一般不會一口回絕，而總是說：「這可要向老總（段祺瑞）請示。」只要他這麼一說，對方就只能絕望了，因為知道事情肯定辦不成。
陸軍部的實質狀況是，大大小小的事基本都是由徐樹錚一人說了算，不僅有職無權的蔣作賓做不了主，就連身為總長的段祺瑞本人說的都不一定算數。可也正是在徐樹錚的輔助下，陸軍部的日常運作保持了較高的效率，而段祺瑞則可以騰出手來，集中精力思考和主持一些大事。
段祺瑞履職時，國內軍制比較混亂，北方軍隊沿用的是前清舊制，比如部隊編製中有鎮、協、標、營、隊。段祺瑞仿照南方革命軍的體制，相應改稱師、旅、團、營、連，軍官官階也從原來的都統、參領、軍校分別改稱將、校、尉。此外，地方軍政長官一律改稱都督，並設都督府。
袁世凱看到段祺瑞辦事有主張有魄力，且善於體察自己的心思，對段祺瑞也更加信任。有關軍事方面的重大措施，像各省裁軍、改革軍事官制、決定各省軍民分治等，幾乎都要先與段祺瑞商量，然後再做決定。
身為袁世凱的老部下兼政治盟友，段祺瑞對袁世凱同樣忠心耿耿，政治策略上始終緊隨其後。時任國務總理的唐紹儀與袁世凱產生了矛盾，段祺瑞便站到袁世凱一邊，與唐紹儀對抗。
唐反對總統壟斷一切大權，段就反對劃清總統府與國務院的許可權，主張凡事都要由大總統親自決定；唐堅持內閣集體負責，段就否認國務院為有機組織，強調各部應奉行「獨立主義」，各行其是；唐欲與同盟會合作共事，讓接近革命黨人的王芝祥當直隸都督，段就策動直隸各路的北洋軍隊集體發通電，反對王芝祥督直。
在袁世凱、段祺瑞的夾擊之下，唐紹儀度日如年，不得不辭職走人。
當然這種緊隨有時也是有壓力和風險的，最典型的便是張振武被害事件。張振武是武昌首義元勛之一，他很瞧不起黎元洪，從黎元洪被推上台起，就「既推重又加以賤侮，甚至抽刀拍案，嘲弄辱罵」。
北洋政府成立後，黎元洪被選為副總統兼領鄂督。這時全國各地因為欠餉和裁軍，不斷有嘩變事件發生。湖北為辛亥革命首義之區，鄂人喜動惡靜，武昌起義中的部分有功官兵也恃功而驕，甚難節制。在湖北發生的一次兵變中，據說黎元洪就查到主謀人是張振武和湖北將校團團長方維，而且張振武還曾公開宣稱：「鄂政不良，我等當再度革命。」
1912年8月15日，袁世凱、黎元洪合謀，以「蠱惑軍士」、「倡謀不軌」的罪名，逮捕殺害了張振武。在殺張的執刑命令上，段祺瑞以陸軍總長的身份簽字副署，使之生效，因此對此案負有直接責任。
張振武被害事件發生後，輿論為之大嘩，認為張案的辦理不符合法治精神。參議院立即向政府提出質問案，要求大總統袁世凱、副總統黎元洪給予答覆。
袁世凱見勢不好，趕緊將皮球踢給黎元洪，而黎元洪為了逃避責任，又趕緊髮長電委託段祺瑞到參議院登台答辯。