1760年，羅伯特·克萊武動身前往英格蘭並於1765年回到印度。
從1760年起，印度的狀況就變得極其糟糕且不光彩。正如我們之前所看到的那樣，孟加拉的納瓦布名義上向政府負責但沒有權力，而東印度公司有實權卻不用負責任。最終，孟加拉納瓦布的統治毫無意外地垮台了，而東印度公司的員工則趁機大發橫財，各種掠奪財富的機會也隨之而來。米爾·賈法爾也用事實證明自己是個極其糟糕的統治者——儘管當時的條件也並不利於本地統治者的統治。當東印度公司的當地代表罷免了米爾·賈法爾並用其養子米爾·卡西姆取而代之的時候，他們不僅索取巨額現金，同時還要求得到三個最富有的孟加拉省的管理權。這也是英格蘭人（不是英格蘭政府）首次進行直接管理，他們還大大提高了管理效果。
米爾·卡西姆也努力改善在其他省份中的管理，雖然他獲得了來自總督范西塔特和沃倫·黑斯廷斯的同情和支持，但東印度公司的其他重要代表卻堅持發動起義，並再次用米爾·賈法爾取代了米爾·卡西姆。奧德的納瓦布與名義上的莫卧兒皇帝想趁孟加拉混亂時渾水摸魚，但他們最終於1764年被東印度公司的一小支軍隊在伯格薩爾擊潰。東印度公司也由此將其控制範圍從孟加拉擴展到奧德，甚至還控制了皇帝本身。
不過，印度的情況仍然無法令人滿意，於是，已經成為貴族的克萊武於1765年被派往印度以建立一套更好的制度。新實施的制度，雖然其本意是好的，但在現實中卻不起作用。本地統治者負責維持秩序和軍事事務，而東印度公司則負責收稅。這套二元體制算是印度的老傳統了，只是現在東印度公司取代了之前的本地稅務官——儘管它也是將其分包出去。英格蘭政府看到其中將會帶來巨額收入後，也第一次插手東印度公司的事務。
在當時正為美洲事務焦頭爛額的財政大臣查理·湯森德的呼籲下，議會於1767年要求東印度公司每年上繳四十萬英鎊給英格蘭政府。此時，不管是聲望極高的克萊武還是其能力稍差的繼任者沃利斯特，都不能有效解決印度本土的災禍。
1770年，印度爆發了有史以來最嚴重的饑荒，大約有三分之一印度人被餓死。而此時的本土英格蘭人還聽到一個消息——也不知這個消息是否屬實——在印度的英格蘭人在這場可怕的災難中大發橫財，激起了印度人的強烈怨恨。
此外，馬拉塔人再次行動起來並危及東印度公司的利益。在南方，一個伊斯蘭教冒險家海德爾·阿里已經積攢了一定的力量，直接威脅到了馬德拉斯，並已與那個區域的當權者打了幾仗。在如此暴風雨的席捲之下，本來平靜的印度人的生活，也掀起了滔天大浪。另外，由於內部管理不善和貪污，東印度公司非但沒有搜刮到預想中的巨額財富，反而於1772年走到了破產邊緣。在過去的艱苦歲月里已經因其正直和能力而卓爾不群的沃倫·黑斯廷斯臨危受命，被派往印度挽回局勢並重新建構東印度公司與當地統治者和政府間的關係。
在兩年多的時間裡，黑斯廷斯成功地在孟加拉建立起了所有印度省份都從沒享受過的最好的管理制度。他公平、老實地徵稅；建立法院；保證孟加拉不被馬拉塔人侵擾，維護了孟加拉的安全；團結親英的奧德。雖然他沒能糾正之前的所有惡習，但無論在挽救公司還是在引入良好管理以為印度人服務上，他都出色地完成了任務。從此開始，印度本地人也開始得到了建立在責任感基礎上的現代服務。
英格蘭國內也在興起一種新精神。《1773年調整法案》是英國議會第一次試圖控制東印度公司及其資產的努力，雖然它最終導致了災難性的後果，但其本意還是好的。議會試圖讓東印度公司處於政治控制下，並通過母國政府監管其政治活動。它還愚蠢地通過印度的最高法院將英格蘭的法律引入東印度公司，讓所有人都能夠擁有反對公司職員的權利；它還成立了一個由五人組成的理事會：其中包括在管理事務中擁有同等表決權的總督。
不幸的是，於1774年抵達加爾各答的理事會成員完全就是個禍害。其中包括菲利普·弗朗西斯，他對黑斯廷斯深懷嫉妒並且野心滿懷。弗朗西斯和另外兩個理事會新成員都沒有關於印度的任何閱歷和知識，而且這個年輕人還認定黑斯廷斯是一個徹頭徹尾的流氓，是個專橫的人。由於另外兩個人也一直站在弗朗西斯那邊，這讓黑斯廷斯在開展工作時束手束腳，以致不能繼續推進其改革。不過，即使是這樣的三重干涉也沒有完全毀掉他之前已經完成的深入改革。
但他們卻慫恿所有人都來控告總督，甚至還接受了一無是處的英國人馬哈拉賈·南達庫馬那臭名昭著的偽證：馬哈拉賈·南達庫馬指控黑斯廷斯收了巨額賄賂。後來最高法院判處馬哈拉賈·南達庫馬絞刑，而黑斯廷斯的敵人則由此捕風捉影、倒打一耙，並毫無根據地指控黑斯廷斯設計陷害了馬哈拉賈·南達庫馬。黑斯廷斯就是在這樣的環境下開展工作的，雖然一個理事會成員於1776年死了，其工作環境也有了很大的改善，但弗朗西斯於1780年返回英格蘭後卻極盡毀謗和撒謊之能事來中傷黑斯廷斯。
幸運的是，黑斯廷斯的地位不降反升。在1779～1784年的五年里，黑斯廷斯獨自為不列顛保住了本已希望渺茫的印度帝國。期間，東印度公司和馬拉塔人與海德爾·阿里之間爆發了駭人的大戰。法國於1778年宣戰並派了一支艦隊前往印度支援那些與東印度公司作戰的印度人。其時，東印度公司的金庫幾近枯竭，但黑斯廷斯仍然希望能夠給英格蘭寄回數量不菲的紅利。為此，依附於東印度公司的貝拿勒斯的王侯不得不支付五十萬英鎊的保護費。但儘管如此，黑斯廷斯也未能從英格蘭得到任何幫助，不得不獨自作戰。因為此時的英格蘭已經忙著應付美國革命引致的世界大戰了。
通過奪取法國人的據點，黑斯廷斯讓法國艦隊喪失了基地並使其無法施展拳腳。通過戰鬥和外交，黑斯廷斯不僅成功維持了英國在印度的權力，甚至還大大提升了英國的聲望。在戰爭過程中發生的一件事，即向貝拿勒斯的王侯徵收保護費或說是罰金，將會成為彈劾黑斯廷斯的重要依據。
奧德省欠了東印度公司一大筆錢，但其納瓦布根本無法償還，因為他的母親和祖母（被稱為「穆斯林貴婦」）在弗朗西斯和其他反對黑斯廷斯的其他理事的同意下非法地佔有了該納瓦布已故父親的巨額財富。奧德省的納瓦布無疑有權繼承其父親的這些遺產，於是黑斯廷斯借給了他一支軍隊以從其家族的女士那裡奪回財產。
該納瓦布後來也償還了對東印度公司的欠款——這筆錢在危急時候可是相當重要的救命錢。
單槍匹馬的黑斯廷斯，不僅在不丟失絲毫領地或其他東西的情況下挽救了印度，他還在其任總督期間為構建更好的政治秩序奠定了基礎。在東印度公司的所有公務人員中，他幾乎還是唯一能夠理解印度問題並真正同情印度本地人的。由於理事會滿懷惡意的愚蠢行為以及馬德拉斯和孟買總督所做的蠢事，黑斯廷斯不得不做了他不願意做的事情以讓公司擺脫險境。不過，英格蘭的政治家，如著名的埃德蒙·伯克和查爾斯·詹姆士·福克斯，開始覺得印度的問題實在是太大了，而它對於政府的誘惑也太大了，因此再也不想讓一個商業公司來控制印度。黑斯廷斯能夠從公司那裡借兵到貝拿勒斯的王侯或是貴婦那裡收錢，但其他總督，不管比黑斯廷斯貪婪還是清廉，都不可能得到公司的類似信任。
1783年的聯合政府提議剝奪東印度公司對印度的所有管理權，將管理權授給由七個委員組成的委員會，並規定開始時由這個法案任命委員而後則由國王任命委員。
由於當時政治圈子裡的唯利是圖，該議案最終沒有獲得通過，但不列顛經歷了對美國問題長達十二年甚至更長些時候的錯誤處理後，它在印度的管理明顯要做得更好，更能得到民意支持，也更加尊重本地人和統治者的權利。
東印度公司與其他同時期創立的二十多個公司一樣，起初都僅僅是為了謀取商業利潤，但後來它被一系列不可預見的因素所影響，並最終成為富饒且人口眾多、擁有古老文明但已衰落的印度的實際統治者。這種不正常的地位是不可能長久維持的，且其問題也無先例可循，不過在黑斯廷斯的領導下，不管是公司方面還是政府方面，他們最後幹得還算不錯。
皮特後來在1784年成功通過了一部比之前被否掉的聯合法案要好得多的法案。根據該法案，東印度公司保留了除對總督及其他一兩個高層官員外的所有其他人的任免權。雖然印度政府在名義上也由東印度公司控制，但實際上卻被國王的內閣控制。這種二元控制形式一直持續到1858年。