1661年春天，新議會召開，這屆議會一直持續到1678年，彼時查理解散議會開始個人獨裁統治。不過在第二年，查理又深陷麻煩之中。與西班牙那名存實亡的戰爭也於1662年結束，通過和平協議，英格蘭還得到了敦刻爾克。
當年秋天，在議會放假的時候，查理以四十萬英鎊的價格將敦刻爾克賣給了法國。查理的這一行為讓議會和國民都極其憤怒。
在上一年，當軍隊被解散的時候，倫敦爆發了一場小規模的叛亂，這讓查理找到借口招募了五千人的軍隊。查理的這一行為也已引起了民眾的猜疑。但他沒錢維持這支軍隊，而現在通過出售敦刻爾克，查理似乎無需議會撥款就有錢了，不過這種行為卻玷污了國家的榮譽。
的確，敦刻爾克的價值可能並不大，每年還得花十萬英鎊駐防和維護；但國王那專橫的行為及其可能的計畫卻讓這個國家深感不安。國王還頒布了前面所講的第一版《大赦諭告》，這種試圖重新獲得特權並凌駕於議會立法之上的行為也讓下議院暴怒不已。
此外，通過迎娶葡萄牙攝政女王的女兒凱瑟琳·布拉干薩，查理得到了一大筆財富。凱瑟琳的嫁妝相當於如今的八十萬英鎊，還帶來了領地丹吉爾和孟買。如果英格蘭實施的是激進的地中海策略的話，那麼丹吉爾就會是個寶貴的基地；但英格蘭最終沒有採取這種策略，丹吉爾的駐軍也被撤走，這個地方也被遺棄。孟買成了英格蘭國王在印度的第一塊屬地，但查理覺得它沒什麼價值，並於1668年將它轉交給了東印度公司。
就民眾而言，國王婚姻的最重要目標就是生育一個繼承人，以免那討人厭的詹姆斯最後繼承了王位；不過他們並沒有生育。但這場婚姻也創造了一個重要的臨時陣營，即讓英格蘭與法國組成了統一戰線，共同反對西班牙——此時葡萄牙也正與西班牙開戰。
年輕、隨和的查理二世也由此被他那光彩奪目的表弟路易十四深深觸動，極其羨慕、嫉妒路易十四那不斷壯大的榮耀和絕對權力。
查理的婚姻還開啟了與葡萄牙超過兩個半世紀都不曾中斷的傳統友誼和緊密的貿易關係。
不過，儘管與國王的不和在不斷加劇，議會於1664年撤銷的《三年法》將會給國王留下一個獨裁的機會，後來國王也利用了這個機會。這個法令的最初版本是想要定期召開議會而且每次的間隔不少於三年。不過議會在臨近這個時間點的時候，深恐這個法案會成為解散議會的借口，於是通過了新版的《三年法》，其中明確規定議會至少三年開一次。但可惜的是，它沒有設計出能夠抵制國王干涉的機制。由於存在這個錯誤，該法也就為查理留下了實行獨裁的可能性——如果他傾向於獨裁而非召集兩院議員開會的話，或是至少在他能夠這樣做的任何時候。
與此同時，與荷蘭人的戰爭再次打響。雖然查理與荷蘭人之間有私人恩怨——荷蘭人罷免了他的外甥奧蘭治的威廉，也即前總督在荷蘭共和國里的所有職務，但這次戰爭的主要原因卻是貿易競爭。在正式宣戰前，英格蘭人已經佔領了新阿姆斯特丹，而荷蘭人則奪取了英格蘭人在非洲海岸的絕大部分奴隸貿易港口。不過在1665年，議會承認了這場戰爭並撥付了二百五十萬英鎊的巨款；英格蘭海軍也在洛斯托夫特外大獲全勝。但大瘟疫卻緊隨勝利而來，並使得英格蘭艦隊再也無力保衛海洋。我們在後面還會講到這場席捲全英格蘭的可怕災難。
此外，路易十四也依照協議協助荷蘭人，並於1666年1月1日向英格蘭宣戰；不過他基本上什麼也沒做。夏天，英格蘭艦隊和荷蘭艦隊之間有過幾場大規模的海戰，但英格蘭再次遭受災禍：這次是倫敦大火，其破壞程度僅次於大瘟疫。
英格蘭人已經作好了迎接和平的準備，但戰爭還要持續一年。
在此期間，路易十四與查理二世簽訂了一份秘密合約：如果查理同意他全權擁有西屬尼德蘭，他就同意不再給荷蘭人提供任何幫助。西班牙的腓力四世已在1665年去世，歐洲各國也隨之捲入其廣闊、分散的帝國的繼承問題。當法國軍隊逼近其在尼德蘭的邊境時，荷蘭很快同意簽訂和約；而《布雷達條約》（Treaty of Breda）也被認為不費吹灰之力就可簽訂下來。為了省下錢來娛樂，查理遣散了水手和艦隊。當荷蘭人溯流而上進入麥德威河時，英格蘭人都覺得屈辱難忍並怒火衝天。不過，雙方最終還是簽訂了和約，雖然英格蘭放棄其在香料群島的最後據點，但仍然保有了之前所征服的荷蘭人在美洲的殖民地。
下議院的怒火直接指向作為國王首輔的克拉倫登，大家對其指揮戰爭的方式極其不滿。不僅如此，下議院又朝現代實踐邁進了一步，他們要求國王說明他從議會那裡領到的撥款都是如何花的。之前，下議院已經決定如果沒有議會的同意國王不能籌款；現在下議院作出進一步要求，這些錢如何花也要徵得下議院的同意。克拉倫登反對這個要求，但他最終卻被查理卑鄙地拋棄——查理還認為他獲得王位的最大功臣就是克拉倫登呢。這個傷心欲絕的政治家只能逃往法國，餘生流亡國外。
克拉倫登下台後，查理就自己擔任起首輔一職，儘管他也諮詢別人，尤其是克利福德（Clifford）、阿林頓（Arlington）、白金漢（Bugham）、阿什利（Ashley）和勞德戴爾（Lauderdale）。這五人後來以「陰謀小集團」（Cabal）的名聲著稱，而這個詞就是以他們名字的第一個字母拼寫而成的。現在，我們就來看看查理統治期間最為可恥的部分。
法國的路易十四已經和西班牙的查理二世開戰。這個查理二世是腓力四世的兒子，身體羸弱而且有點低能，也是西班牙帝國的國王。法國國王這種什麼都想要的勢頭也引起了其他國家的警惕，瑞典、英格蘭和荷蘭形成三國聯盟試圖牽製法國國王。
1668年，他們之間簽訂了《亞琛和約》（Peace of Aa）；但英格蘭國王卻將三國聯盟的秘密出賣給了路易十四，而且不久還將出賣自己及國家。第二年，約克公爵詹姆斯公開承認自己是天主教徒，查理二世自己也轉而皈依天主教但沒有公開。查理已經開始和路易討價還價，但他的要價太高了。作為他放棄信仰自由的條件，議會在接下來的八年里每年給他三十萬英鎊。而後他就讓議會休會了。
不過，這些撥款對於他來說還是太少了，完全不能滿足需求；而且，儘管他曾信誓旦旦，但他仍然渴望擺脫議會的控制。
1670年6月1日，他和路易十四在多佛協商一份秘密協議：他許諾英格蘭將幫助法國人反對荷蘭人，並支持路易想得到西班牙遺產的野心。不過，如果萬一是英格蘭有幸繼承這些遺產的話，路易許諾查理在其不得不公開自己的天主教徒身份的時候支持他對抗國民：給他十五萬四千英鎊並提供一支六千人的軍隊。此外，在戰爭期間，法國還將會借給他三十艘軍艦，並且每年給予二十三萬英鎊。
為了掩蓋其秘密協議，查理在第二年又與路易簽訂了一份公開條約。在這份公開條約里，絲毫沒有提及他宗教信仰的改變；法國許諾的錢財和幫助似乎也只是為了戰爭需要。他另外還從議會那裡拿到八十萬英鎊。不過查理為了個人享樂簡直是貪得無厭。
他那來自法國的新情婦——路易派來的棋子——被封為朴次茅斯公爵夫人，每年有四萬英鎊的收入。據說查理每年還給她不少於十三萬六千英鎊。
1672年，他為了防止自己徹底破產而採用了孤注一擲的做法：註銷他那一百四十萬英鎊的借款本金，這導致很多金匠破產。
與此同時，法國還賄賂瑞典人拋棄荷蘭人。由此，荷蘭只得獨自迎戰歐洲最強大的法國了。與英格蘭的海戰並不是戰局的全部；在陸地上，荷蘭人在已經被召回的威廉的領導下英勇自衛。
他們打開堤壩，引來洪水，讓敵人陷入絕境。英格蘭人在感情上開始轉而支持荷蘭人、反對法國人。此時，關於秘密協議的傳言也愈演愈烈，查理被迫議和。沉默、不屈的威廉已經在歐洲大陸找到了同盟，為其國家從路易手中取得了和平——儘管只是暫時的。正處於其權力之巔的法國國王，決定要成為歐洲之王。雖然他的計畫最終在威廉和英格蘭的打擊下流產了，但整個過程卻是漫長且迂迴曲折的。
約克公爵詹姆斯的二婚讓英格蘭人再次焦慮不安。作為一個天主教徒，他繼承王位的這個可能讓英格蘭人深感不安，但最起碼，他的繼承人——即他的兩個婚生女兒瑪麗公主和安妮公主——還是新教徒。這兩位公主的母親是他的第一任妻子安妮·海德——安妮是克拉倫登伯爵的女兒，也是一個新教徒。但約克公爵的第二任妻子摩德納的瑪麗卻是一個天主教徒，如果他們生下一個男孩的話，英格蘭似乎就註定要爆發革命，除非接受一支信仰天主教的王脈。
1677年，詹姆斯的大女兒瑪麗公主與他的表兄、奧蘭治的威廉結婚。這個事件對英格