我們可以首先討論下宗教和解這個棘手的問題。與伊麗莎白一樣，查理二世並沒有堅定的宗教信仰或是宗教偏見，而他那隨和寬容的性格似乎也預示著能夠就這個問題達成很好的妥協。但不幸的是，查理非但沒有伊麗莎白那樣的政治才能，還比伊麗莎白多了一樣東西，即對逐漸強大的羅馬天主教的偏愛。在其《布雷達宣言》中，查理曾經承諾給予良心的自由，不會再有宗教迫害。
但他同時指出，議會對他的這個承諾以及所有其他承諾具有最終決定權。而早期的麻煩也正是議會而非查理或其首輔克拉倫登所造成的。
重新掌權的保王黨人想要恢複主教制度和《公禱書》。長老會也願意恢複主教，但認為需接受英格蘭教會的控制。查理也願意妥協，並希望加入一條，即接受天主教。但上述兩個教派都對查理的這個提議感到害怕，這個妥協最終也被議會駁回。在薩伏依會議（因在薩伏依宮殿舉行而得名）中，兩派未能達成協議，這個問題於是也被扔給了下一屆議會。
除了宗教分歧外，當時還有很多其他問題。在之前的戰爭、共和國和護國公時期中失去了財產和土地的保王黨人，現在渴望著復仇。那些不從國教者曾經讓他們蒙受重大損失，這就進一步擴大了宗教裂痕。
1662年，議會通過了《克拉倫登法典》——不過議會和克拉倫登都不是這部法典的作者。
《統一信仰法》將那些不能完全接受《公禱書》的教士或是教師趕出公職崗位，大約有兩千名教士被迫辭職。隨著各種法案的通過，不從國教者也被趕出大學——而這也將對他們的文化帶來限制並讓他們的視野變窄。其中，我們可以關注下1664年懲罰嚴厲的《集會法》。根據該法令，如果一個人參與非英格蘭教會的宗教儀式，那他將會被流放至別國；根據參與的次數，最高可以流放七年。查理二世之前曾要求議會准許他能以國王的名義寬恕個人，並想以此來緩和《統一信仰法》，但議會卻以《集會法》以及堅持驅逐天主教神父作為答覆。
1665年又通過了《五英里法》，禁止所有被《統一信仰法》驅逐的牧師返回其之前教區的五英里範圍內，除非國王發誓永遠不會嘗試改變國家或是教會的統治。這些法令部分體現了保王黨人對天主教的憎恨和恐懼、對不從國教者的恐懼和對復仇的渴望。
這與發生在美國內戰後的南部重建中體現出來的政治動機和經濟動機在某種程度上是相似的。這些正在經受迫害的不從國教者由各種教派組成，比如浸信會、獨立派、正在成長中的貴格會以及長老會。其中長老會的很多教徒都接受了《公禱書》，但他們仍然在議會裡為放寬對那些不願意接受《公禱書》者的法律限制而鬥爭。不管怎樣，有很多人因此遭受痛苦並被流放，而這基本上就是意味著被賣到西印度群島當奴隸了。
總體來說，不從國教者主要是下層和中層民眾，而後者中又主要是城鎮市民和商貿從業人員。上流社會和擁有地產的士紳階層則傾向於支持英格蘭教會。這樣，國教與非國教之間的鬥爭就開始了，並將一直持續下去。查理多次試圖干預，但他僅能使用的君主特權又恰恰是已經被議會否決了的。如在1672年的《大赦諭告》（或叫《信教自由令》）中，查理認為天主教徒和不從國教者都有宗教信仰的自由。而對天主教的反感和對斯圖亞特君主特權的抵制都是如此強烈，以致那些受益於這個法令的不從國教者都對這個法令深感憂慮。限制國王的權力似乎的確是必要的，但議會並沒有獲得對王權的徹底勝利。雖然才華橫溢的都鐸王室保住了王位，但現在這個國家看似不太可能繼續和它的君王繼續保持之前的那種關係。不幸在於，危機的到來過於迅猛，而這個國家還沒有作好準備。如果此時的議會能夠真正代表人民，那麼權力從國王那裡轉移到議會就會順利得多。不幸的是，要想奪取查理的權力，看來還需要先發展出真正具有代表性的立法機構以及能夠快速作出反應、現代形式的執行機構——內閣。如果一個「不會犯錯」的國王會對自由構成威脅，那麼不具代表性的議會也同樣會對自由構成威脅。
在宗教事務上，雖然國王仍然擁有「信仰守護者」的頭銜，還是教會的首領，但顯然，真正說了算的是議會而不是國王。而查理也被迫在一年之內撤銷了他宣告的《大赦諭告》。雖然我們還要在下一部分才討論查理與議會的關係，但可以先在這裡預告一下，查理將大敗於議會手下。而全體民眾，甚至包括那些遭受議會迫害的人，都寧願由議會而非國王來掌權。
人們雖然不清楚查理與天主教會的關係，但他們深感憂慮，尤其是考慮到查理沒有婚生子，而他那將繼承王位的弟弟約克公爵詹姆斯又是一個天主教徒。1673年，議會通過了《忠誠宣誓法》，禁止天主教徒擔任公職。查理也被迫簽字同意，否則下議院就拒絕給他撥款。
雖然我們前面已經指出，只要他那不討人喜歡的弟弟是他唯一的繼承人，查理就無性命之虞，但實際上仍有人密謀反對他。
其中對公共輿論影響最大的就是由提圖斯·奧茨（Titus Oates）——一個完全不可信的無賴——所捏造的陰謀，人們戲稱其為「天主教的陰謀」。這個故事是這樣的，查理將會被謀殺，而天主教徒詹姆斯將在耶穌會的幫助下登上王位。而在關於這個完全不真實的陰謀的消息被散布出去之前，民眾對天主教問題的擔憂就已經達到頂峰。尚有一些信奉天主教的貴族的議會於是通過了一部新的《忠誠宣誓法》，驅逐了除約克公爵（被特意點名）以外的所有天主教徒。五名天主教貴族被關入倫敦塔，詹姆斯妻子的秘書也被處決。
這件事大大增強了詹姆斯對能否成為英格蘭下一任國王的憂慮。查理二世時代所追求的宗教政策實際上體現的是人民的意願——就議會所能夠代表他們意願的程度而言，而不是那個在國內和殖民地都培育宗教寬容的國王的意願。正如前面所言，查理那混雜了其他因素的動機是如此不可信，以致他提倡的宗教寬容——經常還囊括了天主教——根本是不可能的。
另一方面，一些知名英國歷史學家認為當時處理（而不是解決）宗教問題的方法可能比純粹的妥協來得更好。通過讓其他所有教派而非部分教派置身國教之外，英格蘭教會之外的成員以及他們的重要性和財富將在未來開創一種新的寬容，這比當初教會只是容納了部分教派但又排斥其他教派的做法更能實現宗教寬容。而且，對教會和宗教立法的控制權掌握在議會手上，而非國王或者主教手上，也使得這種控制能夠更加徹底地暴露在民意的壓力之下，也就能夠更加及時地感受到民意的壓力。事實上，即使是在查理二世統治的後期，也還有很多兩院議員與不從國教者的利益有關聯，輝格黨這個小黨派對此也持支持態度。
如前所述，查理二世在其《布雷達宣言》中承諾支持改善宗教政策和政治政策，但小心謹慎地將這個決定權及具體方法留給議會，而議會也不想讓查理擁有他父親宣稱的那種絕對權力。查理的雙手實際上被相當有效地捆綁住了。那些特權法庭如星室法庭、高等法院等都被廢除，並且得到了查理的第一屆議會的批准。此外，國王在流亡期間還欠債大約三百萬英鎊，他的開銷很大，不僅為他自己，也為他那數量眾多的情婦，所以他經常入不敷出，需要議會不斷撥款。
雖然我們不能依據某個公式來改變君主與立法機構之間的關係，但復辟事實上導致了國王權力的明顯弱化和議會控制的加強，這是君主立憲制發展的里程碑。查理雖然在情況完全不一樣的蘇格蘭還能夠實行專制，但在英格蘭他可比他父親精明多了，更加清楚什麼時候該屈服。