查理重回倫敦時已經三十歲，其生命的大半時光都在流亡。
他個人的淫蕩讓許多人感到震驚，儘管在復辟時期人們是不會輕易對此類言行感到震驚的——除了清教徒。他沒有什麼榮譽感或說是榮譽原則，沒有宗教信仰。他性情溫和、懶惰，喜歡玩弄陰謀詭計，常常將政務交給其他人打理。他聰明、風趣、樂觀、平易近人、不喜迫害他人、風度翩翩，這都讓他很受歡迎。在他統治早期，管理重任壓在能幹的克拉倫登（Clarendon）伯爵身上。克拉倫登伯爵曾是查理一世的首輔，在年輕的查理二世流亡期間，他也盡心儘力地給予指導。後來，查理二世還找了一大批能幹的人來幫他。
其中特別著名的就是查理二世時期殖民政策的發展，這也是我們所要跟蹤的幾條線索中最值得稱讚，也是唯一成功的。查理二世統治期間，不僅殖民帝國的版圖擴大了，英格蘭也第一次清晰地勾勒出了帝國的殖民政策，而且其中涉及的人物都非同凡響——不管是國內的還是國外的。在英格蘭國內有克拉倫登以及後來的第一任沙夫茨伯里（Shaftesbury）伯爵等領袖。樞密院下屬的殖民委員會的工作也相當出色，在很大程度上使得殖民事務免遭當時不斷加劇的腐敗的侵蝕。
此外，查理二世挑選誠實、能幹的總督派往各個殖民地，這些總督與下個世紀的總督形成了鮮明的對比，後者基本上都是政治投機客和庸才。當然，這並不意味著查理二世沒有犯錯誤。比如，於1664年派往新英格蘭調查情況的特派員就很不稱職；而將殖民地直接賞賜給寵臣們的這類行為也令人反感。但總體來說，復辟政府非常嚴肅、認真地對待殖民地。
美國人容易將注意力集中在新英格蘭的特定歷史上，關於這點我們稍後也會提到，但我們必須把帝國當作一個整體來看待，而對查理二世國內治理的批評也不能簡單地類推到整個帝國的治理上。那些總督，如巴貝多島的威洛比勛爵，利瓦德群島的斯特普爾頓、林奇、阿特金斯，以及其他地方的人，都證明自己是有能力的、誠實的、獨立的。而後來的殖民地文職部門在很大程度上就是因襲自那個時候。很明顯，國王及其大臣們的確是在努力尋找合適的人，甚至不是保王黨成員的托馬斯·莫迪福特也被任命為牙買加的總督。
由於絕大多數殖民地都聽命於共和國——不管是自願的還是非自願的，查理二世復辟後面臨的殖民地形勢就相當困難，但查理從沒採取懲罰性措施。在查理統治期間，他不僅讓每個殖民地自己選舉產生對總督有很大約束力的議會，還給予這些殖民地宗教寬容，或者是強加給他們宗教寬容。這些在英格蘭國內無法實現的東西都在海外殖民地得到了貫徹。沙夫茨伯里伯爵甚至提出了一個相當現代的想法，他建議將那些殖民地當作是立法實驗室，就如美國人對他們的州的看法一樣。
這些都是在直面危險的情況下完成的。
1640年以前，成熟的殖民地多半產自英格蘭，並與這個母國關係密切。不過到1660年，在殖民地本地出生的一代人成長起來了，他們從沒見過英格蘭，其中還夾雜了很多英格蘭之外的其他血統；很重要的一點是在過去的二十年，殖民基本上是——如果不是完全——獨立地行使自己的權力。對於新英格蘭來說就更是如此了，當馬薩諸塞灣移民從一開始就將他們公司的特許狀用於美洲之時，他們就採取了一個相當獨立的態度。
海外領地的疆域和人口一直在穩步增加，帝國的貿易、生產和運輸變得越來越重要。英格蘭完全沒有想過要拋棄這個帝國或是不再充當帝國的中心。擁有自治制度和宗教自由的英屬殖民地具有其他國度都不具有的優勢。但英格蘭本來就在這兩個方面比其他國家先進很多，還想讓它做得更多就顯得有點過分了。但讓人意外的是，它居然真打破了當時關於殖民帝國的流行觀念——認為帝國應該主宰與殖民地的商貿——的束縛，作出了革新。
這也是所謂的商業理論所信奉的觀點。簡單來說，這裡面包含了當前盛行的兩個錯誤觀點。一是由於認為財富由貴重金屬組成，所以只有那些能夠為國家帶來黃金和白銀的貿易才是有利可圖的。而由利息回報、服務等組成的所謂「看不見」的貿易平衡，要麼根本不存在，要麼被完全忽視。二是每個帝國都應該儘可能地在金融、原材料和製造商方面實現自給自足——很不幸的，這又被現在的我們當作是基本法則。
現在與那個時期的相似性，解釋了我們為什麼會信奉祖先的這套理論。這套理論雖然盛極一時，但後來最終被這個世界拋棄、責難。如果一個國家總是和另一個國家處於交戰狀態，那麼它的確最好能夠自給自足。早期的國家的確總是或是經常處於這種狀態，而今天的國家則一直試圖避免陷入那種狀態。
1938年的歷史學家就比一個1900年的歷史學家能夠更好地看出，17或18世紀的殖民理論和我們自己所遭遇到的強烈批評都是毫無根據的。
各個帝國在發展過程中，幾乎所有殖民地——除了新英格蘭外——的主要產品都是各類原材料，如西印度群島的糖和糖漿、弗吉尼亞的煙草，以及其他地方的木材、香料、魚、毛皮等；而母國則發展製造業和世界貿易。於是就有了這樣一種想法：每個國家和地區都應該只做自己擅長或是已經習慣的事情。這樣，殖民地就該堅持生產母國的製造業或貿易所需的原材料，而且不要和母國的製造業或商業進行競爭。
與其他法規一樣被複辟王朝終止的1651年的《航海法》，其目的是要加強英格蘭的海軍力量，而1660年和1663年的兩部則是要加強帝國內部的貿易和合作，甚至還想在一定程度上促進公平。
其中規定，各國的殖民船（除了蘇格蘭的）在運貨上和英格蘭的船隻享有同等的權利；但也增加了一條，它列舉了一長串貨物名單，規定這些貨物只能運到英格蘭的市場。
這是中世紀的「斯塔普勒觀念」的復活，即特定物品只能在特定地方銷售。但也存在促進公平的努力，如美洲的煙草只能在英格蘭銷售，但同時規定在英格蘭本土不能種植煙草、不能和殖民地競爭。不過長遠來看，這種規定會讓殖民地的利益從屬於母國商人的利益，也相當不公平地扼殺了殖民地內正在萌芽的製造業和國際貿易。雖然在那個時期，製造業和國際貿易的量都還不大，但如果殖民地發展起來，並不斷渴求開發它們自己的權力和利潤，那麼很明顯，會給這套體系製造摩擦和麻煩。
一個熟悉這些真相的政治家，很容易發現大麻煩會首先在哪裡出現。新英格蘭氣候嚴寒、地形破碎、土壤貧瘠，不適於農作物種植，所以如果它想要購買英格蘭人的產品，就必須從事貿易和製造以獲得原材料並與英格蘭人進行交換。雖然也有一些殖民地反對，但在下一個世紀到來之前，這些反對都不算嚴重。
查理二世的殖民政策，其目標是為因內戰而多少有點混亂的局勢帶來秩序，同時也想讓帝國各個部分間的聯結更加緊密。不管就時代還是就其本身而言，都不能認為其殖民政策是嚴酷的或者不公正的。即使是在最難對付的馬薩諸塞，英格蘭政府的權力也要為不斷增長的民主和宗教自由讓路。我在其他地方詳細地描述過寡頭統治的政府是如何獲得對殖民地的高度控制權的，但在英格蘭，殖民地則在獲得母國保護的同時尋求完全獨立。殖民地此時也正步入其才智上和道德上的最低谷，它將因為心胸狹窄而臭名昭著：不僅選舉權僅限於依照新英格蘭的方式組織起來的教會成員，而且還對浸信會教徒和貴格會教徒進行血腥迫害。
英格蘭政府堅定地要求殖民地信守忠誠誓言，並要求給英格蘭教會的成員予寬容，給所有擁有不動產的人予選舉權——只要他「在言行中不邪惡、在宗教上正統」，它還要求停止對貴格會教徒的迫害。馬薩諸塞曾想威懾的羅得島也被授予了皇家特許狀。
我們前面提過的《航海法》在實施過程中對新英格蘭造成了災難性的影響，人們已經就是否要終止該法爭吵了好幾年。而總督愛德華·倫道夫在這個困境中未能夠做到客觀中立，也為殖民地人們所憎恨。
未能認識到新英格蘭的內在商貿需求，可能是復辟王朝的殖民政策的一個嚴重失策，並最終導致馬薩諸塞的特許狀在1683年被粗暴地廢除。不過從長遠來看，這個結果並沒有損害殖民地的最大利益。
查理治下的帝國不僅在管理上更加小心謹慎，同時也不斷擴展。伊麗莎白時代的私掠船早已絕跡，取而代之的是海盜和冒險家。這些海盜很長時間以來就一直出沒于海洋，但在亨利·摩根（Henry Man ）的率領下，他們於1671年對巴拿馬的掠奪可謂達到了頂峰。不過，這些人可不是帝國的締造者，海外殖民地的擴展是要通過正當戰爭或是和平移民來實現的。
作為英荷戰爭的一個結果，荷蘭在新阿姆斯特丹和特拉華的殖民地割讓給了英格蘭人。前者被改名為紐約，以示對國王的弟弟約