儘管鎮壓了叛亂、打敗了外敵，但英格蘭政府，尤其是議會，卻越來越不受歡迎。人們反對其不公平、不公正的籌款方式，反對其某些成員的受賄和腐敗，反對其不具代表性。范恩曾提過一個改革議案，但克倫威爾及其他政府領導認為如果真的實行自由選舉的話，這個國家還會召回國王——當然，這個判斷很可能是對的。
有一個方案提出，議會的現有成員無需經過選舉就是下屆議會理所當然的成員，並有辭退和選舉成員的權利。克倫威爾不同意這個方案，大家也同意延後這個方案。但就在第二天，克倫威爾卻聽說下議院正在準備通過這個方案。
他立即衝到議會，並在其演講被打斷的時候突然大聲呼喊：「得了，我們受夠了。讓我來做個了斷吧，你們再也不適合坐在這裡了。」他叫來士兵清場。縱使其他人對解散這個不合憲法的殘缺議會不感到惋惜，但接下來該怎麼做呢？這仍然是個問題。既然覺得自由選舉是不可行的，克倫威爾和其他一些領導就通過委任組成了一個議會，也就是所謂的「貝爾朋議會」（Barebone''s Parliament），因為其中有個成員名叫讚美-上帝·貝爾朋——一個清教徒的名字。
這個由一百四十人組成的議會（其中有五人來自蘇格蘭、六人來自愛爾蘭）曾一度被視為未來的希望所在，但「聖徒的統治」很快被證明是失敗的。軍隊里所謂的「第五王國派」——他們宣稱之前的四個王國亞述、波斯、馬其頓和羅馬都已經衰落，現在要由聖徒也就是他們自己來接管這第五個王國——被證明並不比議會強。這個議會裡的一小部分人，在一天早上早早爬起來，在其他人覺察出不對勁之前，就解散了議會並將最高權力交到克倫威爾手上。
接下來還是那個問題，即怎麼辦？如何管理？在被統治者同意的基礎上建立某種形式的立憲政府越來越不可能，而形勢也逼迫克倫威爾走上獨裁之路。領袖們欣然接受了新起草的《政府約法》（Instrument of Gover）。依照《政府約法》的條款，克倫威爾成為護國公，擁有以前國王的一些權力和責任；由議會而非護國公控制的樞密院協助他進行管理。議會中只有一個下議院，至少每三年開一次會，但其權力已經被《政府約法》嚴格限制，且不能夠制定任何與之相衝突的法律。而歷經多個世紀緩慢發展的英國憲法，仍然只是紙上談兵、不切實際。
在選舉新議會議員的時候，新選民的範圍被確定：所有保王黨人和資產少於兩百英鎊的人沒有選舉權。不過，儘管做了這樣的防範措施，於1654年召開的新議會還是立即宣稱：不是隨便一個私人團體都有起草憲法的權利。新議會直接質疑《政府約法》的合法性，並宣稱根據選舉權，議會的權力要在《政府約法》之上。
克倫威爾為此驅逐了大約一百名不願簽字接受《政府約法》的議員，並再次清洗了議會。在克倫威爾的准許下，剩下的議會成員起草了一部新憲法。要是其中不涉及究竟是議會還是護國公應該控制軍隊這個問題的話，克倫威爾或許會同意這部新憲法的。但結果是，克倫威爾解散了議會。客觀環境還將推著克倫威爾在其宿命之路上越行越遠。
在英格蘭和蘇格蘭還有一些小規模的叛亂，但都被輕易平息。
克倫威爾一直面臨一個困境，即沒有能力在大家都同意的基礎上建立一個可以阻止國王復辟、維持清教徒統治的政府。於是他利用當時混亂的局勢，放棄了建立立憲政府的主張，走上了軍事獨裁之路。他將國家分為十一個區，每個地區都由一個少將進行獨裁統治。他對所有保王派成員徵收10%的收入稅，甚至還禁止那些仍舊使用《公禱書》的人做私人禮拜。而不滿足於只是維持秩序的少將們，在很多時候開始依照嚴格的清教主義來改造他們的民眾，如對整個安息日的奉行，再如娛樂活動、喝酒、咒罵等方面。
英格蘭人可能是最個人主義、也最不願意順從管轄或命令的，因此當太多的權力被賦予一個人或是被一個人所攫取，自由和法律不可避免地喪失的時候，克倫威爾的統治將會變成什麼樣子呢？這是個很有意思的問題。
根據《政府約法》，在議會休會期間，護國公有權擬定條例，而且這些條例還具有法律效力。克倫威爾也的確這樣做了，不過現在有些法庭質疑他的這項權力。而克倫威爾也跟之前的斯圖亞特王室一樣將這些法官撤職，並將一些律師關入倫敦塔。此類一人統治遲早會發生的事情再次在英格蘭出現，克倫威爾甚至相信有必要廢除出版自由。
1655年，他宣布全國只准發行兩份周報，而且必須經過政府代表的編輯。
克倫威爾那用來轉移對國內事件的注意力的外交政策也同樣為人們所熟悉：法國和西班牙還在打仗，而護國公跟這兩個國家都建立了聯盟關係。而當他沒有從西班牙得到他想要的東西時，他直接派出一支艦隊去佔領西印度群島上一些有價值的島嶼，為大英帝國大廈添磚加瓦，如牙買加自此之後就一直是英格蘭的領地。當然，戰爭耗費大量錢財，於是克倫威爾決定在1656年再次召開議會以籌集短缺的資金。看起來肯定有不少人會反對，但護國公也有兩樣法寶。
首先，少將們已經儘可能讓合適的人進入議會；其次，克倫威爾自己也準備禁止那些自己不喜歡的人進入議會大廈。當議會召開的時候，他無禮地驅逐了大約一百人，而後繼續和剩下來的人談判。正如其他所有獨裁者治下的立法機關一樣，議會正在成為一出鬧劇。最終，議會同意撥款，甚至可能還願意多給呢。因為據說英軍俘獲了部分西班牙運寶船，四十八車的戰利品很快就會運到倫敦。
不管怎樣，這個國家正變得越來越難以管束。有人密謀要取克倫威爾的性命，甚至是相當友好、精挑細選出來的議會也有點渴望恢複之前的舊政體。下議院在他們提交給克倫威爾的《恭順的請願和建議書》中，請求克倫威爾修改憲法，登基為王。克倫威爾還設立了一個由他自己提名的上議院。另外，他還將放棄使用他過去常常使用的驅逐下議院議員的權力，但仍然為自己及其繼承者保留了在選擇上議院議員時的否決權。這樣，他也就為清教法規修築了一道防護牆，使其能夠有效應對下議院的所有敵意行為。
儘管克倫威爾專斷獨行、違背憲法，但我相信，克倫威爾自己也真心實意地想要找到一種合法憲法的、一勞永逸的解決方案：這種方案既要與這個民族的特性相符，又要符合舊憲法的基本精神。克倫威爾與英格蘭的這個例子相當有意思，因為這是最不願意順從於獨裁統治的民族，而獨裁者也一直在探索某種不那麼專制的政府形式。幾年前，克倫威爾曾對勒德洛說過，「我也跟其他人一樣渴望建立一個民意政府，但是民意在哪裡？」現在，當他推出這個新的政府形式的時候，他又說，「是時候擯棄那些不能為人民所接受的專制並尋求解決之道了」。
克倫威爾關心的是自己在職場的晉陞和事業上的成功，而不是國家的福祉，從這個意義上來說，他算不上是個有抱負的人。
克倫威爾曾為了某種事業而不是僅為自己而戰，他雖贏得了勝利，但最後卻陷入僵局，回到了之前斯圖亞特王朝時的模式，一切的勝利似乎又都付之東流。但他的信念是對的，接下來的大約四十年時間也將證明不受約束的斯圖亞特王室無法治理英格蘭。當然，這也是克倫威爾自己的問題所在。
他也探尋民意政府，但如果他真這樣做的話，被驅逐的太子查理估計就會回來繼續當國王了。「他應該順從國家的意願」，或是如果早停止探尋其他形式的政府治理的話，他或許可能贏得國民同意，而斯圖亞特王朝也不至於復辟，等等。這些話說起來輕巧，但實際上問題沒有那麼簡單。比如，美國人很欣賞華盛頓那不屈不撓的——你也可以說是頑固的——意志和勇氣，當國家已經對他的不屈不撓感到厭煩的時候，他仍然不屈不撓。事實上，克倫威爾並不是一個獨裁者，但他的確成功地將其意願強加給國民和軍隊。一個民族已經對其之前的目標感到厭倦，而它的領袖仍在執著追求的時候，這個領袖是否值得繼續被認可？
不管怎樣，克倫威爾在大眾認可的基礎上抓住機會建立了政府。其中也有之前國王政府里的一些機構，如上議院和下議院，儘管稱謂可能有所不同。沒有人知道他是否想過要當國王，但縱觀其人生歷程，尤其是考慮到軍隊並不反對，他本可以自立為王的——即使出於恢複這個民族所深深喜愛的舊體制而非出於個人野心。但他婉拒稱王，而是走了一條新路。不過，這條新路最終還是失敗了。
當議會於1658年召開第二次會議時，曾經被克倫威爾驅逐出去的好幾百人重回議會。當然，他為此也不得不讓他的很多支持者進入新的上議院。不過，此時上議院遭到了下議院的攻擊。兩周後，克倫威爾解散了議會，並說「我們之間的是非就交由上帝來裁決吧」。英格蘭此時在海外還獲得了一些勝利：布萊克在特訥呂弗海戰中大