與此同時，議會忙於商貿事務。世界將進入一個全新的時代，由於其對帝國的巨大影響，我們也將不得不提到它。
1648年是變革開始的標誌。那一年，西班牙終於承認了荷蘭的獨立。雖然西班牙和法國還會打上一段時間，但《威斯特伐利亞和約》（ThePeace of Westphalia）也算是結束了諸多歐洲國家都卷進去的三十年戰爭。這不僅意味著和平的到來，也標誌著歐洲宗教戰爭的結束。
從此之後，歐洲各國間的戰爭主要圍繞爭奪威望、貿易或領土，宗教不再是戰爭之源。中世紀最終結束，而現代新紀元也終於到來，接下來將會是一個為了殖民帝國和商業利益而鬥爭的世界。
在威廉二世總督 去世後，荷蘭共和國落入荷蘭省大商人的控制中，這標誌著變革即將發生。大海港如鹿特丹和阿姆斯特丹開出的船隊開始壟斷歐洲的大部分海運。在我們今天看來，這個小小的荷蘭在當時的貿易競賽和帝國競賽中可是遙遙領先的。為了應對這個局勢，英格蘭議會於1650年和1651年通過了兩部法案。
大部分歷史學家都將注意力集中在後面的那部法案上，而第一部法案的重要性通常被忽略了。它表面上是關於巴貝多島、百慕大群島、弗吉尼亞和安提瓜島這些保王區的實際或潛在的叛亂，但包含了被應用於整個帝國的三條原則，而正是這三條原則將帶來災難。
這三條原則是：議會對殖民地擁有最高權力；禁止殖民地的貿易交由他國船隻運輸；賦予國務委員會撤銷任何私人或公司特許狀的權力。雖然這部法案只在1660年前才具有實際效力，但這些原則實際上等同於賦予了英國政府在商貿中的政治股權，在一定程度上甚至最終導致下個世紀的美國獨立戰爭。
第二年通過的第二部《航海法》，雖然針對的完全是貿易和運輸，但其真正目的卻是國防。不過很多人沒看到這一點。除個別特例外，它規定英格蘭及其殖民地在貿易過程中只能使用英格蘭、愛爾蘭或者其他殖民地的船隻來運輸，而且這些船隻的船員中英格蘭人還要佔大多數。
通過法律來控制海運並非什麼新鮮事，然而，比如查理一世的相關法規只是想影響貿易，而這一部法規卻是唯一想建立帝國的海運體系的。就如其序文所言，它是「共和國財富和安全的重要保障」。至於貿易——不管是哪一行業，抑或是帝國的哪個地區——是增長還是衰退，根本不是重點，關鍵是要建立英格蘭商船隊。這有多重要？想想當艾斯丘（Ayscue）在1650年鎮壓西印度群島和美洲殖民地的叛亂時，因為缺乏船隻而不得不延期了整整一年就知道了。斯圖亞特王室基本忽略了海軍，到查理二世才開始建立一支海軍和商船隊伍。主要在城市商業利益的影響下，共和國政府第一次認識到，在這樣一個正在發展中的海外帝國，不管就抵擋敵國還是聯結帝國各個部分而言，一支強大的海軍都是必不可少的。
國務委員會裡由亨利·范恩領頭的海軍委員會創建了一支品質優良的新艦隊，並任命布萊克為司令官。布萊克在五十歲之前沒有下過海，而且他對海戰這種不同的戰爭模式幾乎一無所知。不過，海軍委員會的選擇最終被證明是個幸運的選擇。與此同時，艾斯丘也最終出海了。雖然他在對付巴貝多島時，足足封鎖了這個島三個月才迫使對方投降；但在對付其他三個也宣稱效忠於國王的殖民地時，他基本上沒有遇到什麼麻煩。
這樣，在1652年與荷蘭開戰之前，整個帝國——包括愛爾蘭、蘇格蘭和殖民地都被迫接受了共和國政府。
與此同時，布萊克在與魯珀特親王的較量中也贏得了一系列的勝利。布萊克一直追到了地中海，這也是英格蘭海軍軍旗第一次飄揚在地中海上方，同時也展現了布萊克作為一個司令官的才能。魯珀特其實也是一名偉大的將領，但不幸的是，他在陸地上遇到了克倫威爾，在海上又遭遇了布萊克。布萊克隨後也將遭遇一名能力能夠與之抗衡的荷蘭艦隊司令特龍普（Tromp）。
荷蘭人和英格蘭人之間的仇恨情緒，已經滋長、孕育了整整一代人的時間。英格蘭的《航海法》雖然不是兩國戰爭的唯一原因，但荷蘭人的確憎恨這部法令，因為它威脅著荷蘭人對海上貿易的控制，並使事情發展到了緊急關頭。在伊麗莎白時代以後，事情已經發生了變化：雖然兩國的海軍艦隊的規模大致相當，但荷蘭水手可要比英格蘭水手有經驗多了。而且，荷蘭人的貿易也要比英格蘭的大得多，這讓荷蘭人獲得極大優勢的同時也製造了兩個不利因素。第一個，由於其在海上的財富量更大，因而其在戰爭中所可能遭受的損失也要比英格蘭大得多。事實上，據估測，英格蘭在戰爭中所獲得的戰利品是其戰爭初期整個英格蘭的商船隊的兩倍，也由此永久性地削弱了其對手的財富和力量。第二個，荷蘭人如此依賴海上貿易，如果它在戰爭中失敗或是被重創，那麼它將再無能力贏回之前在貿易競賽和帝國競賽中的地位。
在八次大戰以及其他一些較小規模的交戰中，布萊克和蒙克獲得了一連串的勝利。雖說這些勝利還沒有直接導致荷蘭的徹底衰落，但起碼已標誌著荷蘭海上霸權的永久性衰落。英格蘭人從荷蘭人手裡奪過海上霸權。
1654年，荷蘭不得不簽訂合約，黯然接受了英格蘭的《航海法》及其帶來的影響，並同意為上一代人在安汶島的大屠殺 支付賠償金。一直為此怨恨不已的英格蘭人如今終於復仇了。